Table S1: Primer sequences used for SNP genotyping on a MassARRAY platform.

Locus / Multiplex / Forward Primer / Reverse Primer / Fragment length / Extension Primer / Alleles
P0000025 / W1 / ACGTTGGATGTCTTCTCTCATTTGATAAG / ACGTTGGATGATGGTTAGTAAGTAGAGGAC / 103 / ttAAACTATAATGGTGCCGCT / T/C
P0000225 / W1 / ACGTTGGATGTAGCCATGAGGTACGTACGC / ACGTTGGATGACATGTTAGACTTCTCATCC / 98 / CATGCGATCGAGCTAGT / G/C
P0000226 / W1 / ACGTTGGATGACCCAGCACTACATAAAGCC / ACGTTGGATGAGCCCCCGAAGGTTTTTTAC / 94 / tccAGCCAGCCACACCAG / C/A
P0000259 / W1 / ACGTTGGATGTATCTTGTCTGTCTCCATGA / ACGTTGGATGGTTGGTGCTCTGTCTCTTTG / 94 / ccTCTCCATGAATCGCC / A/G
P0000342 / W1 / ACGTTGGATGTGCAGAAGCCTGTTCAGGTC / ACGTTGGATGAGATGACTGGGAGGAGCCGA / 82 / gggtgCAGGTCTCACCGACT / G/A
P0000364 / W1 / ACGTTGGATGGACACCTGTTGTTCACGTTC / ACGTTGGATGGTCTGCTCCCTTGATTGAAG / 101 / cttcTTCTCTCTTCCACCAGG / C/T
P0000590 / W1 / ACGTTGGATGGCCCTACTACTGAAATAACC / ACGTTGGATGTACAGAGTAAAGAGCACACG / 101 / ggggACCATGCACATAGAGCAGTAC / C/A
P0000606 / W1 / ACGTTGGATGTCTGGGATTACTCGTGTAAG / ACGTTGGATGCCATCAATCTTATATGTCCCG / 101 / ctgTGTTCCATGCTATATTTCATTCAAT / T/C
P0000622 / W1 / ACGTTGGATGACTGCCAATCTGCATCTTTC / ACGTTGGATGACAGTGAAAAAGTGCCACCG / 100 / gCCAGGAATAAGACCAGG / G/A
P0000695 / W1 / ACGTTGGATGACACGGCTTGGTGTTGACGA / ACGTTGGATGTGGCGAAATGGACGTTGAAG / 94 / cccccGTGTTGACGAGAATCCAGT / C/A
P0000769 / W1 / ACGTTGGATGTTGCCCCGCAAGACAATTAC / ACGTTGGATGTTGTTTATGGGGTAAATCCG / 95 / tCAAGACAATTACATACCAATTC / G/T
P0000784 / W1 / ACGTTGGATGATGTTGCCGGTTTCACATGC / ACGTTGGATGTTGGCTGGCCATGTCTTATG / 97 / TCACATGCCCCTTCT / G/C
P0000858 / W1 / ACGTTGGATGGAAACCCATGTGTAAATAC / ACGTTGGATGCATGACAAGATATCAAGGAC / 88 / ccCCCATGTGTAAATACATGACTGTA / C/T
P0000882 / W1 / ACGTTGGATGCCTATTCTTCTATGCAGGAC / ACGTTGGATGACCTGACAATCACCATGAAG / 102 / aacGTCAATGGTAAAAAGTCATTTATC / A/G
P0001014 / W1 / ACGTTGGATGGCCTACAACCTTTGTGAAAC / ACGTTGGATGGCCTAAAGCATACATCCGTG / 100 / cccgcGAAACAATGCTGCCTCC / A/G
P0001097 / W1 / ACGTTGGATGCTACAACTCGTGCAACGTAT / ACGTTGGATGCTTACCGCGAAAATAAAAAC / 107 / cggGCAACGTATAACAAAGTATTAGTTA / G/C
P0001289 / W1 / ACGTTGGATGCAGATCCTGATGCACTTAATC / ACGTTGGATGGCCAACAATATATTTCTTAC / 114 / agGGAGAAAGTAAGTTGTTACTTAAC / G/A
P0001369 / W1 / ACGTTGGATGATATCGAGTTGCGAAGCTCC / ACGTTGGATGAGTCCGATATGCCATGGAAG / 100 / GGAGCTTGTCGCAAA / G/A
P0001597 / W1 / ACGTTGGATGTCTCTTAGCAGCCCTCCTC / ACGTTGGATGGGTTGTCGTCGGTGACGAT / 103 / gCACATCCGCCTTCCG / C/T
P0001840 / W1 / ACGTTGGATGTGAAAAGAAAATAATACCAG / ACGTTGGATGTGGTCGAAGAGTACTTTTCC / 100 / tacAGAAAATAATACCAGTAATTGTCA / G/A
P0002109 / W1 / ACGTTGGATGAGCAAACATTCACGAGGGAC / ACGTTGGATGGCTGAATAATTCTGCAGCCC / 92 / ACGAGGGACTAAAGGATA / C/T
P0002115 / W1 / ACGTTGGATGGCAGTTCCAAAGTCGAAAAG / ACGTTGGATGACTGATGACAGCCGGAATTG / 98 / AGTCGAAAAGAGTAAATTCTGA / G/A
P0002126 / W1 / ACGTTGGATGGCAAAGTACCAAAACTCCAC / ACGTTGGATGATATACAGAACTTCTGCGGG / 87 / ggggaCAAAACTCCACTTACCAG / C/T
P0002161 / W1 / ACGTTGGATGGCTAGTCTTTGGTAGTGTGC / ACGTTGGATGCTGTAAAGACAAACACATGC / 89 / ttGTAGTGTGCATTCCTCT / G/A
P0002254 / W1 / ACGTTGGATGACACCAAAAAACATCTGCTC / ACGTTGGATGTGAGGAAAGTGGTGAGGAAC / 101 / gagGCTCATGATTATGCATAAGA / G/T
P0002511 / W1 / ACGTTGGATGGCAAAGGCCTCGATGAAATC / ACGTTGGATGGAGAACTCGTCCACAACCC / 99 / gaggaCTCGATGAAATCGACACCGC / A/G
P0002547 / W1 / ACGTTGGATGTCCACTCGAGCCTTTCTTTG / ACGTTGGATGGCATCATGTATATTCTAAAA / 113 / cttttTAAGTTTTTCTCACAAAGACATC / G/A
P0002601 / W1 / ACGTTGGATGACTGGCCTTCTTCCAAACTG / ACGTTGGATGTCATTGCCCAATGCAGATG / 100 / TCTTCCAAACTGATTAAAAGG / G/A
P0002669 / W1 / ACGTTGGATGAAGCAACCTCTCTACATGTC / ACGTTGGATGAGAAGGTCCAAATCGCCCTC / 96 / CCTCTCTACATGTCATCCTA / G/A
P0002685 / W1 / ACGTTGGATGCCGTTGGCACCTTGAAAATG / ACGTTGGATGTATCGCAAACACACTGGAGC / 116 / GCTCTTGGCCGTAAA / C/T
P0002743 / W1 / ACGTTGGATGGCGTGACTTGTTCAACAAGG / ACGTTGGATGCCCACAGCATCTATCTCATC / 92 / aaggGTTCAACAAGGCAAAGG / G/A
P0002902 / W1 / ACGTTGGATGGGACGTTGCAAAAGAACGAC / ACGTTGGATGCGACCAGGAAATCGAATATG / 86 / CATCGCAGCAGCCATCAC / C/A
P0002910 / W1 / ACGTTGGATGCCACCTTCCAATTACGCAAA / ACGTTGGATGGTTTCTACTATAGAAGTTCC / 108 / ttttcCAAACCACACTCAAAGGTAGG / A/G
P0003102 / W1 / ACGTTGGATGTCCTCTTCCAAGAACCTCTC / ACGTTGGATGAGAGCAAGATCCTCGTCAAC / 117 / cccaaTCCTCAGGGTTCTTCCAATG / C/T
P0003176 / W1 / ACGTTGGATGCATATTTATGATCTGCCGCC / ACGTTGGATGGGGCGGATAGAAGCAAATAC / 99 / aaagGGTGGCATGATGATGAAAAT / G/A
P0003230 / W1 / ACGTTGGATGCGTGCATATGCACAAACTGG / ACGTTGGATGTCAAGAGGTGATTAGCTTAC / 106 / acccCACTCCGGTGGAAAG / A/G
P0003269 / W1 / ACGTTGGATGAACCCAAGGAAGAGCCAAAG / ACGTTGGATGTTCCTCGCCTTCTGGTTTCG / 91 / gggaAAAGATGCCAAGAAAGAGCCAG / C/T
P0000088 / W2 / ACGTTGGATGTTCAAGCTTATCTCCACCAC / ACGTTGGATGTGCAGATTCCAATCCATGCG / 98 / aagaaTTGGCCAGTGGAATCGCAG / G/A
P0000125 / W2 / ACGTTGGATGTCCTCCATGACACCACATTC / ACGTTGGATGGAAATACTATCATCACCATC / 83 / gTCGGTGGGGCTAGAATTT / C/A
P0000442 / W2 / ACGTTGGATGAGAGCAGTAATTGGCTACCC / ACGTTGGATGATGGATGCGCAAAACATGTC / 98 / TTGGCTACCCAAATTTTC / G/A
P0000480 / W2 / ACGTTGGATGACACTCCCCCTATGTACGTT / ACGTTGGATGATTTACAAATGTGCAGTGGG / 81 / tTTTGCATGAACACGGC / T/C
P0000557 / W2 / ACGTTGGATGTTAGGAACATGAATATAGG / ACGTTGGATGGGCAATAGTAAATCACCACG / 95 / TAGGAACATGAATATAGGAACTTAAA / G/A
P0000676 / W2 / ACGTTGGATGAAGGACCGTACGATCCTAAC / ACGTTGGATGAAAAAGGCGCCGAGGAAAAC / 118 / AATGCGATCTCCACG / C/T
P0000682 / W2 / ACGTTGGATGTGAGGTAAGCTACTTCTCTG / ACGTTGGATGGCAATAAGATTTGGTCTCAC / 95 / gtcttTACTGTCTGCAATAATTTTAATC / G/A
P0000705 / W2 / ACGTTGGATGCTGCAGTTGTTGCTGCAAAA / ACGTTGGATGGGTAGGGCCTTTTCAACAAC / 102 / ttCTGCAAAAAAGGTGATACTTTACA / G/C
P0000803 / W2 / ACGTTGGATGCACATCAAACTCAAATTAGC / ACGTTGGATGCTTCCAAGCATAGCCTTTTC / 97 / gATTAGCTAATAATTATTTTCATTCATC / A/G
P0000837 / W2 / ACGTTGGATGTCCTTCGGACAGACCTTCAC / ACGTTGGATGGGTTCTGTAACCCAATGGTG / 102 / ctCCGCCAATTCTAGAACA / T/C
P0001140 / W2 / ACGTTGGATGGGCCTAATTGAATTGCAACC / ACGTTGGATGTTATCCAATATATTATGACG / 98 / TTTGGCCATTAACTAAGAAGT / G/T
P0001253 / W2 / ACGTTGGATGAAAAGAAGCATACTAGTGGC / ACGTTGGATGCCAACTCGGTAGATATGAAAC / 103 / aaacaATACTAGTGGCAAATATACAAGA / G/C
P0001428 / W2 / ACGTTGGATGCTGCTTTGATATCCTTTTG / ACGTTGGATGAGGTTTGACATGGAACTTTC / 112 / ccctcTTTATTTGGCCAGTCTCTT / T/A
P0001438 / W2 / ACGTTGGATGACTAATGCCTAACCTGACCG / ACGTTGGATGGATTATAACCCTTTTGAAG / 91 / CGCTTGATTGTGTCTCTAA / C/A
P0001650 / W2 / ACGTTGGATGTGAGTTTCATCCCGGGTTTG / ACGTTGGATGGCGGATGCGAGATATTTTTC / 105 / agGCTCCCCAACCTCAC / C/T
P0001671 / W2 / ACGTTGGATGTTTGACCGTTGAACAGTTAG / ACGTTGGATGGATTAGCTCTATATAGGCACG / 106 / tgAAAGAACAGTTTGGTGTG / T/C
P0001990 / W2 / ACGTTGGATGGATCATGTGGGCAAACAGTC / ACGTTGGATGCAGCATCTGCAAATTTCCAC / 99 / tttGTGGAATCCCGGAAG / G/T
P0002182 / W2 / ACGTTGGATGTAGATCGTTACATTTTTTTC / ACGTTGGATGGGAAGAAATTCTAACATGC / 82 / cccccTTTTTCTTTTACAAATGTTGGT / A/T
P0002202 / W2 / ACGTTGGATGCTCTATAGGGTCAAGAGTGC / ACGTTGGATGACGGCCCTGCATACGAAAAA / 100 / AGAGTGCAATCGATGTG / G/A
P0002240 / W2 / ACGTTGGATGGCAACAATCTTCATGGGCAG / ACGTTGGATGATATGTGATATATTACAGAG / 97 / ggcATCTCTTTTCAACATGAGTT / G/C
P0002241 / W2 / ACGTTGGATGTTCTTAGTTATTAACGCGGG / ACGTTGGATGCGGCATAATGGGAGGATTTC / 99 / gtagCGCGGGATAAATATTATAGTTATG / A/G
P0002327 / W2 / ACGTTGGATGATGCTTCCATATGCCCTCTG / ACGTTGGATGCAACTTTCAACTGTCATACC / 106 / CTGGGATCTCACTATCGTTGAAG / A/T
P0002357 / W2 / ACGTTGGATGGTTCTTAGAATCTTGTTGGC / ACGTTGGATGCAGCGAAATGCTTGGATGTG / 94 / gggcgTGTTGGCAAGAATGTTCAACT / A/G
P0002418 / W2 / ACGTTGGATGCCCATAGCTACTAACATGAA / ACGTTGGATGTGCCAAGTTACCAACAATGC / 111 / cccttAAGGCAGATGCACTAA / C/G
P0002452 / W2 / ACGTTGGATGCGAGAGTTTCTGACTTACCC / ACGTTGGATGATAACAATACTGTGGTTGG / 91 / CCGTTCTCCAAGTCG / C/T
P0002621 / W2 / ACGTTGGATGTATGGTGCACATGCTGTTGG / ACGTTGGATGGTCTTTCGTGCCTCGACTTC / 95 / GCTGTTGGAAAAATAAATGG / G/A
P0002631 / W2 / ACGTTGGATGCATCCATTCTCCTCACGAGC / ACGTTGGATGCTTGAAAGCTTTTCCTTGCG / 95 / acCATCAGCAAAAGCATCTC / C/T
P0003047 / W2 / ACGTTGGATGTTTCTCCGAATTCGCTAGCC / ACGTTGGATGTTCAATAAAGCGGCACGCTC / 99 / ggtggATTCGCTAGCCACGCGGAA138 / C/T
P0003062 / W2 / ACGTTGGATGAAAGGGAGGACAGAGAGAAC / ACGTTGGATGGGTGAATCTAGATATACACCC / 109 / gCGTAGCATTTTTAATTTTTCATAC / C/A
P0003068 / W2 / ACGTTGGATGCCAAGTGTATAGCATGAATTG / ACGTTGGATGGGCTGATGAATATGGTTGAG / 101 / ggggAAACACGTTTGCATGATT / G/T
P0003137 / W2 / ACGTTGGATGTGACATCACAGTTGTGTGGG / ACGTTGGATGCTACTTGGGACCAACAGATG / 87 / TGTGTGGGACTGGAA / C/G
P0003143 / W2 / ACGTTGGATGAGCTACAGCAGCAGAGATTG / ACGTTGGATGCACTACATCCAGTACTATTG / 104 / ccccCCATGCTGTTTGGTACT / A/G
P0003186 / W2 / ACGTTGGATGTACTCCCTCACCAAATTGAC / ACGTTGGATGGACTTCTGATCACTTCTTGG / 100 / cccgTCATCAACATTCAATTTTGGCA / G/A
P0003246 / W2 / ACGTTGGATGTTAGGAAGTTCCCTTGGTGC / ACGTTGGATGTGCCAAGCAGTACTAGCATC / 99 / GGGTGCAAGATCTCTC / C/T
P0000011 / W3 / ACGTTGGATGACATTTGAAGCCTGGATCGG / ACGTTGGATGCCAAACAGCCATACTCTTCG / 100 / TCGGCACGCAAACAA / G/T
P0000020 / W3 / ACGTTGGATGCTGCTCATTTTAACAGTCGG / ACGTTGGATGCCTTTTATCTTTGTTGCCATC / 94 / ccctGCCAACCTGCAGTTT / T/C
P0000040 / W3 / ACGTTGGATGCATCAGCTGTTGAAGGCCTA / ACGTTGGATGAATGGGTCTTCACCAACTCC / 102 / aaATGTCTCCACTGGGG / G/T
P0000095 / W3 / ACGTTGGATGTACTTCCAACTATCCGGGTC / ACGTTGGATGTTGGAGAAGTTGAAGTGCGG / 100 / ccctcTCAGATTGTCTTCCATTGAAGC / C/T
P0000110 / W3 / ACGTTGGATGTGACTCGCCATGTCTCAATG / ACGTTGGATGTGAGAGAACATACCCAGGAG / 100 / CCATGTCTCAATGATTTCAATTA / C/T
P0000204 / W3 / ACGTTGGATGAGAAATATCCTTGGATGGGC / ACGTTGGATGTTGATCATGAACAACTCCAG / 92 / ccatcTGGGCAGAATTTTAGCAAGAACA / C/T
P0000261 / W3 / ACGTTGGATGCTTATGATGAGCATACGTGG / ACGTTGGATGCGTCCATGACAAATACCATC / 99 / GTGGGTTTTGGGAGAA / C/T
P0000526 / W3 / ACGTTGGATGGTCTAGGTTGGCAATTAGGG / ACGTTGGATGGATTACGTGACCAAAAAGAC / 99 / ggTGGCAATTAGGGCTAATAATGC / T/C
P0000734 / W3 / ACGTTGGATGGGGCTTGCTGTAAGTGAATA / ACGTTGGATGGGTTGATATTGTGAAGGAATC / 96 / gCCATTAAACCAATCACATCATTTA / C/T
P0000763 / W3 / ACGTTGGATGTCCATGCACAAGTCATTGCG / ACGTTGGATGGCGTCTGATTGTTTGACTTC / 100 / CGAGTCCAGCCCTTC / A/G
P0000879 / W3 / ACGTTGGATGTTACAGTCATGAAGCCTGCC / ACGTTGGATGACTTATCCTGTTCTGATGGC / 81 / gaatCCTGCCTGGTATAAAAGAAT / A/G
P0000917 / W3 / ACGTTGGATGTGACCCAATGTCAAACAGGC / ACGTTGGATGGTATCCATTATCATTTTTACC / 93 / ggaacGAGGCTCAGAATGAGACGACA / C/G
P0000969 / W3 / ACGTTGGATGAGATAATCAATGCCTAACCG / ACGTTGGATGAACAGGAGAAGATCCGTCTG / 92 / ggtcATCAATGCCTAACCGTTGGATA / C/A
P0001002 / W3 / ACGTTGGATGGTTTGTTAATTCGAGTTGTC / ACGTTGGATGCTATAAAATCACATCTCAG / 86 / gggtAGTTAACGCTGAGACG / G/A
P0001007 / W3 / ACGTTGGATGGTCTTCGTTTGTTTCATAAG / ACGTTGGATGGGTTTGTTGTTTCGAACAT / 115 / AAGTTTAAATTATTATTCAAACCTTTTT / T/C
P0001076 / W3 / ACGTTGGATGAGAAACAGCTGAAGGAGGAG / ACGTTGGATGCATCATGGCATAGTATTGCG / 100 / tAAGGAGGAGTTTAGTAAGAA / C/G
P0001107 / W3 / ACGTTGGATGAGAGGAATCCTTCAATCCAC / ACGTTGGATGTAGTGTTTTCTTCTTTATTTA / 107 / gcATCCACAAAAGAAGATGATTCC / T/C
P0001218 / W3 / ACGTTGGATGTCAGCTACGGTCTTCTCTTC / ACGTTGGATGAACCTGGAGATTGTTGGAGC / 109 / CGGTCAACTCAGAGATTTC / C/A
P0001736 / W3 / ACGTTGGATGCTTCACTTGACTATGATTGC / ACGTTGGATGGTGTTTCTAACATGCGACAA / 114 / ccccCACTTTTATAACTCCAAGCA / G/A
P0001932 / W3 / ACGTTGGATGCTGTAAATAGAGCCATTCAC / ACGTTGGATGTGACCGCGATATTCGAAGTG / 96 / ccTAGAGCCATTCACTTAGTTG / G/A
P0001997 / W3 / ACGTTGGATGAAAGTATTGAGCTTGTGTG / ACGTTGGATGCGAGTCAAGTATGCATTTAG / 114 / ggtgATTGTATGACTTGAGTTGTGACTT / A/G
P0002064 / W3 / ACGTTGGATGGCCAGAGATTGGTGCATACG / ACGTTGGATGCCCCGTGGTTGAGTCATATA / 113 / ccccgAGACATTAACAATGCCTTTTTT / T/C
P0002106 / W3 / ACGTTGGATGACAACACAAGTAAAGACTCG / ACGTTGGATGGGCAACCACTTATAGATCTT / 114 / AAACTCTTAACTTCCATGAC / T/A
P0002133 / W3 / ACGTTGGATGCAGAACTCTTGTGGGCTTTC / ACGTTGGATGGCAGTCTCTTTGTTTCACAG / 111 / ttcAGCATCTCAATGATGTTTTC / T/C
P0002163 / W3 / ACGTTGGATGCTATGACAGCTTTGAGAGAG / ACGTTGGATGTTCTACATATCACCGAACAG / 98 / GAGCTTAATGAGTGTGGT / A/G
P0002231 / W3 / ACGTTGGATGGTCTGTTACAGTTGTTGCCG / ACGTTGGATGGGCTAGACTTCGGAAGTGAG / 104 / GCCGTTTCTGAAGTAGG / T/A
P0002274 / W3 / ACGTTGGATGCTAGTAGGCACTTACAGAAG / ACGTTGGATGTCATCTACGCTGTTTATGCC / 97 / CACTTACAGAAGTGAAGATTAA / C/A
P0002527 / W3 / ACGTTGGATGTCCATAGGAGGCAATTTTCG / ACGTTGGATGTTAGCAGCCAAGATTTCCCC / 105 / GAATCAATGACGCCCTT / C/A
P0002576 / W3 / ACGTTGGATGCACGAACGACAATGTAACAG / ACGTTGGATGGATGGAAATGAGGTGTCTAC / 117 / GTATGTTGGAGATACTCTTG / C/T
P0002860 / W3 / ACGTTGGATGAGGTAGAACCATTCCAATGT / ACGTTGGATGGTAAGGTACATAATGTGGAG / 81 / caacCCATTCCAATGTTAGCGATTC / T/C
P0002909 / W3 / ACGTTGGATGAGAGTGAGAATTATCCGTAG / ACGTTGGATGCCCATTACTGATGGACATTAC / 114 / ggAGTTAAAAAACTCAAGTTATAAACCT / T/C
P0002992 / W3 / ACGTTGGATGTGAAGGAACTCCTCCCTAAG / ACGTTGGATGTTATTGAGCAGAGTGTTGGG / 95 / GAACTCCTCCCTAAGTTGAAG / C/T
P0003278 / W3 / ACGTTGGATGACCAACATTTGCTCTCCTTG / ACGTTGGATGAAATCGAGCTGCTCTCTCGG / 105 / ggtttTTCAAAACAAAATCCCACAAG / T/C
P0000067 / W4 / ACGTTGGATGCTCCAAAAACAGGATAGATAG / ACGTTGGATGGGGTGGATTCTCATTGGTA / 94 / ttttgGCGGTTAAAATTTCTGGTC / A/G
P0000148 / W4 / ACGTTGGATGTGGACCTACATCTGTTAATC / ACGTTGGATGCAACAATATTCCATGTCTC / 96 / aagaTGTTAATCTATTGAGTCAGTG / G/A
P0000222 / W4 / ACGTTGGATGTCACCAGATTCCTGCTTTCC / ACGTTGGATGATGGCAGCAGGATCGAGTTC / 101 / TGGAAGAGAGAGGTGG / G/A
P0000272 / W4 / ACGTTGGATGGTCCAATAACGACGTTACAG / ACGTTGGATGAAAGTGCTCGCTTTTGACCC / 100 / gaaGACGTTACAGGTGTATTAATAT / T/C
P0000421 / W4 / ACGTTGGATGGTCAAATAATCATTGAGTC / ACGTTGGATGTGTAAGTACTCAAAGAGCCG / 93 / ggatgGAGTCATTACATTATTTAGGGAT / T/C
P0000536 / W4 / ACGTTGGATGAAAAACCAATAGCCGTCGCC / ACGTTGGATGCTTGCGGGTTTTCGGCATTG / 96 / CACAAGCCGCGGATC / C/G
P0000538 / W4 / ACGTTGGATGCACTCGACGATGATGAGAAG / ACGTTGGATGACTCTTCATCAGATTGCAGG / 98 / ggtaTGACTCCCCGGGAAG / C/T
P0000828 / W4 / ACGTTGGATGTATGCTGATACTGCGCTTCC / ACGTTGGATGCAGCACTACAACTGAGGAAG / 106 / ccctcCCAAAACTGGTCAGTTC / T/C
P0000947 / W4 / ACGTTGGATGGACTGTCTTTTCAGATGGGC / ACGTTGGATGGCAGTGGAAAGACGTCATAG / 101 / ccccTGACAAGTTAATGTCATGTT / G/T
P0001001 / W4 / ACGTTGGATGCGTAACTTCACCGTTGTAAG / ACGTTGGATGGTTCATCATCTTGGAAACT / 98 / gggcCCGTTGTAAGGGCACAC / T/C
P0001118 / W4 / ACGTTGGATGCCTCTCTCTAAAAAGATCGC / ACGTTGGATGTTTTAATACCGGCGTTAAG / 101 / GCAGTGCTGTTCTTCTAA / G/A
P0001461 / W4 / ACGTTGGATGTGGAAGAGGAAAAACACAAG / ACGTTGGATGTTTTCTTTGGCTCCGCGTTC / 102 / GCAAAGCTATTGTTCAAGAA / C/G
P0001760 / W4 / ACGTTGGATGGCACTGTCAGAGATACTAGG / ACGTTGGATGTGAAGAGGTCTTGCATGGTG / 86 / ggggtAGATACTAGGCCAAGGAT / G/C
P0002086 / W4 / ACGTTGGATGAATGTTGAAAGGGGAAGAGC / ACGTTGGATGTCAGTACGGCCTTGTGTATC / 113 / AGAGCTATTATTAAGCATAATACCAAAA / G/A
P0002283 / W4 / ACGTTGGATGGTCACATGATTAAAATCAC / ACGTTGGATGCAAGCCAATAAATTTATATC / 95 / tTCACATGATTAAAATCACATCAAAA / G/A
P0002341 / W4 / ACGTTGGATGACTTGGCATGGAACCAAATC / ACGTTGGATGCGGCTGGTTCATTTGCTCAC / 96 / ctcACCAAATCCATTTGCTG / C/T
P0002402 / W4 / ACGTTGGATGCCTATACACGCATCTTTGCT / ACGTTGGATGCTCATTTCCTGAATTAAAGTC / 119 / TGTTTTTGTTAATTAAGACATCAG / C/T
P0002572 / W4 / ACGTTGGATGGTCTGTCTATTCCTTTAGAAG / ACGTTGGATGCATAGTTGATCTTTGAACTC / 89 / gggtgGAAGTTAAAGTGGCGTTTC / G/T
P0002609 / W4 / ACGTTGGATGCCATGGAATAGTTAAGTCAG / ACGTTGGATGTTGACCACACTACTGTCTGC / 110 / cacAATAATAATAAAGGAGGCTTAAAC / G/A
P0002615 / W4 / ACGTTGGATGGTTACACAGAAAGCATTCCAC / ACGTTGGATGAATTTAATATGTAATATGAAAC / 96 / gttccTGTCACATAAAATCCAAAGTA / T/C
P0002650 / W4 / ACGTTGGATGGCCGATTCATTCAGCAGAAG / ACGTTGGATGGATGCATGTGGGAGAACTTC / 102 / TGGGGACGAGAAGGC / T/C
P0002671 / W4 / ACGTTGGATGTCTTTGACTTTCCCTCCCAG / ACGTTGGATGGAATGCGCAGGGTGTAAAAC / 101 / ttctcAATTTTCAATTATCACCCCATA / G/A
P0002701 / W4 / ACGTTGGATGAGGTAAAGCCATGAGCTGAC / ACGTTGGATGATTTCTGGACTGTTCCTGAG / 81 / gATGAGCTGACACGTGG / C/T
P0002859 / W4 / ACGTTGGATGGGTGCTATTATTCTTGCTTG / ACGTTGGATGGGGAAAAGTGTAGGACAAGG / 90 / ttcTCTTGCTTGTGACGAT / T/C
P0002864 / W4 / ACGTTGGATGCATTCGTTGTAGTTGCTTTC / ACGTTGGATGGAGAAAGGCCTAGAATTCAC / 100 / AATACCGCGGCATATT / A/T
P0002889 / W4 / ACGTTGGATGCAGCCTGTCTTGACCATTAC / ACGTTGGATGGAAGGGATGTTAATGATAAGG / 95 / ctctgGACCATTACAAAGCCCAGAGTTC / T/C
P0002913 / W4 / ACGTTGGATGAGGCCCTATTTTTGAATCAC / ACGTTGGATGGTAGCAGAAAAAGAAATTGG / 99 / ATCACAATTCAAGTTTTTGTTA / G/A
P0002960 / W4 / ACGTTGGATGAGACTCACAAGTAATTATC / ACGTTGGATGGATGCGGTGTGTATACTAATC / 104 / tCAAGTAATTATCAAAGTAGATGCATAC / A/G
P0003057 / W4 / ACGTTGGATGGCAAAATGAATCTGTAAACG / ACGTTGGATGGTTCTCCTTTCTTAGCAAGC / 100 / ccccaTCTCATTTTCAAGTTTCAATTT / A/G
P0003129 / W4 / ACGTTGGATGTGTAAGTTAACCCACCAAGG / ACGTTGGATGCTAGTCGTAACTTCCACCAC / 94 / cAGGTTGTAGGGAGGTTGC / A/G
P0003215 / W4 / ACGTTGGATGTCTCAACCAAGAAGCGTAGG / ACGTTGGATGCAAGTTTGGAGTCACTCTGC / 86 / GAAGCGTAGGAATGAGAA / G/A
P0003218 / W4 / ACGTTGGATGGGTCTCATGCAGTTTTACAT / ACGTTGGATGGCAAGTTACCACTGGTGATG / 99 / gGAACCAGTTTGAAAAATCAGT / T/A
P0003299 / W4 / ACGTTGGATGTCGACGAAATAAATGCAACC / ACGTTGGATGCTAACCTTAGTATAACCACG / 105 / cattCAACCTAACCATTTGAGAG / C/A
P0003351 / W4 / ACGTTGGATGGAAGTGGAGAGAGTTAGAGG / ACGTTGGATGCCACTCGGCCTAGGATTTTC / 99 / ccccCCTGTTGATACCATTGC / A/G

Table S2: Average fixation index, genetic differentiation delta (Gregorius, 1987) and correlation between genetic and geographic distances of the 136 loci tested according to different grouping of the data.

Locus / % data / Mean F / Mean Differentiation / Correlation Genetic-Geographic distance / Final Set
Country / Region / Central Africa / Country / Region / Central Africa / Country / Region / Central Africa / Country / Region / Central Africa
P0000025 / 96.28 / 96.14 / 96.44 / -0.058 / -0.198 / -0.242 / 0.167 / 0.181 / 0.13 / 0.155 / 0.275 / -0.153 / W2
P0000225 / 96.19 / 96.14 / 96.44 / -0.31 / -0.297 / -0.275 / 0.211 / 0.214 / 0.132 / 0.092 / 0.498 / 0.095 / W1
P0000226 / 97.3 / 97.19 / 96.44 / -0.077 / -0.167 / -0.167 / 0.096 / 0.129 / 0.114 / 0.333 / 0.235 / 0.165 / W2
P0000259 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / 0.137 / 0.059 / 0.076 / 0.305 / 0.236 / 0.176 / 0.185 / 0.323 / -0.117 / W1
P0000342 / 96.26 / 94.82 / 93.44 / -0.185 / -0.204 / -0.212 / 0.305 / 0.268 / 0.09 / 0.09 / 0.591 / 0.071 / W1
P0000364 / 96.78 / 95.88 / 94.78 / -0.034 / 0.038 / 0.038 / 0.288 / 0.258 / 0.094 / 0.138 / 0.517 / -0.042 / W1
P0000590 / 96.78 / 96.14 / 95.11 / -0.17 / -0.246 / -0.246 / 0.338 / 0.276 / 0.161 / -0.057 / 0.461 / 0.166 / W2
P0000606 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / 0.217 / -0.05 / -0.043 / 0.293 / 0.305 / 0.143 / 0.055 / 0.396 / -0.238 / W1
P0000622 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / -0.134 / -0.232 / -0.232 / 0.182 / 0.19 / 0.169 / 0.769 / 0.43 / 0.209 / W1
P0000695 / 83.86 / 0.016 / 0.277 / 0.064
P0000769 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / 0 / 0 / 0
P0000784 / 97.3 / 97.19 / 96.44 / 0.144 / -0.005 / -0.005 / 0.324 / 0.278 / 0.068 / 0.092 / 0.543 / -0.222 / W2
P0000858 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / -0.09 / -0.153 / -0.156 / 0.065 / 0.059 / 0.062 / -0.257 / -0.12 / -0.189
P0000882 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / 0 / 0 / 0
P0001014 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / -0.143 / -0.143 / 0.042 / 0.013 / 0 / 0.207 / 0.195
P0001097 / 97.3 / 97.19 / 96.44 / -0.125 / -0.216 / -0.243 / 0.164 / 0.118 / 0.1 / 0.071 / 0.147 / 0.166
P0001289 / 96.28 / 96.14 / 96.44 / 0.373 / 0.058 / 0.058 / 0.127 / 0.132 / 0.147 / -0.007 / -0.032 / -0.04
P0001369 / 97.4 / 97.19 / 96.44 / 0.04 / -0.082 / -0.082 / 0.174 / 0.158 / 0.149 / 0.248 / 0.323 / 0.131 / W2
P0001597 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / -0.077 / -0.111 / -0.111 / 0.024 / 0.011 / 0.013 / -0.237 / -0.141 / -0.198
P0001840 / 97.3 / 97.19 / 96.44 / 0.203 / 0.005 / 0.024 / 0.323 / 0.25 / 0.143 / -0.039 / 0.399 / 0.11 / W2
P0002109 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / 0.522 / 0.308 / 0.295 / 0.225 / 0.234 / 0.22 / 0.079 / 0.148 / 0.158 / W1
P0002115 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / 0 / 0 / 0
P0002126 / 97.3 / 97.19 / 96.44 / -0.117 / -0.168 / -0.174 / 0.29 / 0.246 / 0.069 / 0.095 / 0.57 / 0.026 / W1
P0002161 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / 0.238 / 0.096 / 0.071 / 0.161 / 0.161 / 0.11 / 0.155 / 0.473 / 0.351 / W1
P0002254 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / 0.047 / -0.058 / -0.052 / 0.247 / 0.224 / 0.187 / 0.184 / 0.114 / -0.129
P0002511 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / -0.219 / -0.189 / -0.184 / 0.201 / 0.201 / 0.164 / 0.079 / 0.135 / 0.151
P0002547 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / 0.231 / 0.115 / 0.14 / 0.085 / 0.103 / 0.114 / 0.082 / -0.082 / 0.094
P0002601 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / -0.2 / -0.246 / -0.239 / 0.107 / 0.129 / 0.121 / -0.174 / 0.197 / 0.07
P0002669 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / 0 / 0 / 0
P0002685 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / -0.283 / -0.112 / -0.079 / 0.215 / 0.218 / 0.172 / 0.055 / 0.432 / 0.109 / W1
P0002743 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / -0.017 / -0.111 / -0.111 / 0.009 / 0.02 / 0.025 / 0.163 / -0.105 / -0.13
P0002902 / 97.3 / 97.19 / 96.44 / 0.211 / -0.113 / -0.113 / 0.309 / 0.264 / 0.151 / 0.07 / 0.507 / 0.178 / W2
P0002910 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / 0.227 / 0.162 / 0.162 / 0.112 / 0.134 / 0.119 / 0.819 / 0.286 / 0.19 / W2
P0003176 / 96.81 / 97.19 / 97.78 / -0.076 / -0.048 / -0.038 / 0.184 / 0.146 / 0.153 / -0.215 / 0.007 / 0.11
P0003230 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / -0.075 / -0.208 / -0.213 / 0.349 / 0.277 / 0.162 / 0.469 / 0.567 / -0.202 / W2
P0003269 / 97.92 / 98.25 / 97.78 / -0.228 / -0.259 / -0.253 / 0.198 / 0.153 / 0.116 / 0.23 / 0.239 / 0.12
P0000088 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / 0 / 0 / 0
P0000125 / 86.12 / 88.77 / 93.78 / 0 / 0 / 0
P0000442 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / -0.201 / -0.263 / -0.263 / 0.099 / 0.108 / 0.112 / 0.212 / -0.042 / 0.082 / W2
P0000480 / 98.27 / 97.89 / 98.67 / 0.059 / -0.099 / -0.172 / 0.261 / 0.252 / 0.126 / 0.172 / 0.573 / -0.164 / W1
P0000557 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / 0.091 / -0.079 / -0.079 / 0.309 / 0.272 / 0.097 / 0.066 / 0.528 / -0.009 / W1
P0000676 / 97.65 / 96.84 / 97.33 / 0.023 / -0.062 / -0.055 / 0.246 / 0.254 / 0.176 / 0.08 / 0.459 / 0.134 / W2
P0000682 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / -0.008 / -0.051 / -0.044 / 0.085 / 0.116 / 0.109 / 0.113 / 0.138 / -0.046
P0000705 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / 0.239 / 0.161 / 0.161 / 0.076 / 0.1 / 0.106 / 0.61 / 0.097 / 0.288 / W2
P0000803 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / -0.333 / -0.333 / 0.083 / 0.026 / 0 / 0.207 / 0.195 / W2
P0000837 / 98.24 / 96.84 / 96 / 0.001 / -0.183 / -0.188 / 0.27 / 0.251 / 0.106 / 0.143 / 0.512 / -0.06 / W1
P0001140 / 95.5 / 93.42 / 94.33 / -0.012 / -0.128 / -0.097 / 0.213 / 0.195 / 0.123 / 0.269 / 0.502 / 0.213 / W1
P0001253 / 98.77 / 97.89 / 97.33 / -0.053 / -0.052 / -0.052 / 0.312 / 0.266 / 0.135 / 0.015 / 0.506 / -0.015 / W2
P0001428 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / 0 / 0 / 0
P0001438 / 96.64 / 95.79 / 97.33 / -0.013 / -0.008 / 0.017 / 0.102 / 0.166 / 0.151 / -0.001 / 0.145 / 0.189
P0001650 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / -0.142 / -0.159 / -0.116 / 0.299 / 0.279 / 0.115 / 0.336 / 0.644 / 0.106 / W1
P0001671 / 88.27 / 88.42 / 98.67 / -0.206 / -0.091 / -0.014 / 0.263 / 0.184 / 0.124 / 0.704 / 0.339 / -0.083 / W1
P0001990 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / -0.043 / -0.127 / -0.127 / 0.022 / 0.022 / 0.028 / -0.228 / -0.169 / -0.066
P0002182 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / 0.099 / -0.1 / -0.1 / 0.043 / 0.069 / 0.081 / -0.092 / -0.149 / 0.018
P0002202 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / 0 / 0 / 0
P0002240 / 89.88 / 0.576 / 0.118 / -0.348
P0002241 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / 0.008 / -0.026 / -0.02 / 0.275 / 0.214 / 0.102 / 0.047 / 0.494 / -0.059 / W1
P0002327 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / -0.064 / -0.122 / -0.111 / 0.04 / 0.03 / 0.013 / 0.344 / 0.298 / -0.093
P0002357 / 97.72 / 95.53 / 94.33 / -0.01 / -0.048 / -0.038 / 0.435 / 0.317 / 0.1 / 0.701 / 0.742 / 0.295 / W2
P0002418 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / 0.134 / 0.096 / 0.096 / 0.095 / 0.127 / 0.126 / 0.445 / 0.102 / 0.016 / W2
P0002452 / 94.94 / 94.74 / 98.67 / -0.143 / -0.303 / -0.303 / 0.325 / 0.284 / 0.092 / 0.109 / 0.565 / 0.438 / W2
P0002631 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / -0.07 / -0.071 / -0.071 / 0.181 / 0.177 / 0.168 / 0.265 / -0.003 / -0.204 / W2
P0003047 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / -0.237 / 0.011 / 0.034 / 0.221 / 0.197 / 0.114 / 0.295 / 0.467 / 0.033 / W1
P0003062 / 70.18 / 80.56 / 80.38 / 0 / 0 / 0
P0003068 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / 0 / 0 / 0
P0003137 / 97.13 / 95.79 / 96 / -0.109 / -0.162 / -0.162 / 0.298 / 0.245 / 0.152 / 0.032 / 0.517 / 0.117 / W2
P0003143 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / -0.11 / -0.159 / -0.159 / 0.086 / 0.091 / 0.075 / 0.674 / 0.268 / -0.094
P0003186 / 98.27 / 97.89 / 98.67 / -0.013 / -0.02 / -0.127 / 0.217 / 0.176 / 0.031 / 0.084 / 0.584 / 0.057
P0003246 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / -0.106 / -0.21 / -0.21 / 0.092 / 0.109 / 0.11 / 0.488 / 0.208 / 0.28 / W2
P0003278 / 100 / 100 / 100 / -0.058 / -0.206 / -0.206 / 0.229 / 0.181 / 0.136 / 0.521 / 0.515 / 0.231 / W2
P0000011 / 93.29 / 91.18 / 90.16 / 0.652 / 0.674 / 0.764 / 0.215 / 0.177 / 0.186 / -0.173 / 0.002 / 0.111
P0000020 / 98.27 / 97.89 / 98.67 / -0.116 / -0.165 / -0.165 / 0.313 / 0.256 / 0.066 / 0.09 / 0.565 / 0.141 / W2
P0000040 / 97.78 / 97.89 / 100 / 0.132 / -0.025 / -0.005 / 0.223 / 0.269 / 0.213 / 0.394 / 0.358 / 0.043 / W1
P0000095 / 100 / 100 / 100 / 0.219 / 0.183 / 0.183 / 0.31 / 0.269 / 0.113 / 0.098 / 0.544 / 0.345 / W1
P0000110 / 100 / 100 / 100 / -0.057 / -0.125 / -0.124 / 0.298 / 0.228 / 0.178 / -0.021 / 0.301 / 0.061 / W2
P0000204 / 100 / 100 / 100 / 0 / 0 / 0
P0000261 / 99.48 / 98.95 / 98.67 / 0.083 / -0.2 / -0.2 / 0.287 / 0.258 / 0.236 / 0.313 / 0.326 / 0.096 / W1
P0000526 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / -0.055 / -0.109 / -0.147 / 0.237 / 0.211 / 0.151 / -0.124 / 0.34 / 0.06 / W1
P0000734 / 100 / 100 / 100 / -0.176 / -0.224 / -0.215 / 0.116 / 0.127 / 0.107 / -0.17 / 0.178 / -0.008
P0000763 / 100 / 100 / 100 / -0.109 / -0.181 / -0.111 / 0.277 / 0.232 / 0.013 / 0.098 / 0.566 / -0.176 / W2
P0000879 / 100 / 100 / 100 / 0 / 0 / 0
P0000917 / 100 / 100 / 100 / -0.163 / -0.219 / -0.2 / 0.239 / 0.119 / 0.081 / 0.128 / 0.111 / -0.11 / W2
P0000969 / 97.82 / 95.53 / 94.33 / 0.333 / 0.281 / 0 / 0.105 / 0.583 / W1
P0001002 / 93.33 / 93.68 / 100 / 0.075 / -0.138 / -0.163 / 0.15 / 0.188 / 0.115 / -0.072 / 0.371 / -0.048 / W2
P0001007 / 81.29 / 78.02 / 72.16 / 0 / 0 / 0
P0001076 / 100 / 100 / 100 / 0.015 / -0.143 / -0.143 / 0.272 / 0.246 / 0.118 / 0.145 / 0.534 / 0.114 / W2
P0001107 / 100 / 100 / 100 / 0 / 0 / 0
P0001218 / 90.7 / 93.33 / 91.56 / -0.208 / -0.298 / -0.298 / 0.29 / 0.253 / 0.134 / 0.122 / 0.523 / 0.334 / W1
P0001736 / 100 / 100 / 100 / -0.234 / -0.242 / -0.249 / 0.233 / 0.188 / 0.136 / 0.398 / 0.431 / 0.101 / W2
P0001932 / 100 / 100 / 100 / 0.459 / 0.356 / 0.356 / 0.086 / 0.108 / 0.105 / 0.203 / 0.089 / -0.043
P0001997 / 99.48 / 98.25 / 97.78 / 0 / 0 / 0
P0002064 / 62.57 / 0.155 / 0.316 / 0.083
P0002106 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / 0.018 / -0.054 / -0.054 / 0.314 / 0.27 / 0.076 / 0.083 / 0.563 / 0.005 / W1
P0002133 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / -0.072 / -0.119 / -0.143 / 0.258 / 0.226 / 0.097 / 0.557 / 0.592 / 0.167 / W2
P0002163 / 98.89 / 98.95 / 100 / 0.062 / -0.13 / -0.131 / 0.241 / 0.205 / 0.147 / 0.035 / 0.449 / 0.122 / W2
P0002231 / 100 / 100 / 100 / 0 / 0 / 0
P0002274 / 100 / 100 / 100 / -0.019 / -0.111 / -0.111 / 0.332 / 0.279 / 0.013 / 0.1 / 0.575 / -0.176 / W1
P0002527 / 99.38 / 98.95 / 98.67 / -0.017 / -0.117 / -0.158 / 0.267 / 0.208 / 0.183 / -0.234 / 0.233 / 0.209 / W1
P0002576 / 100 / 100 / 100 / -0.016 / -0.111 / -0.111 / 0.005 / 0.011 / 0.013 / 0.475 / -0.006 / 0.008
P0002860 / 100 / 100 / 100 / -0.402 / -0.359 / -0.343 / 0.209 / 0.205 / 0.108 / 0.083 / 0.583 / 0.155 / W2
P0002909 / 73.75 / 0.402 / 0.143 / -0.198
P0002992 / 98.89 / 98.95 / 100 / -0.093 / -0.146 / -0.146 / 0.322 / 0.263 / 0.066 / 0.081 / 0.557 / -0.106 / W1
P0003057 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.041 / -0.199 / -0.246 / 0.125 / 0.136 / 0.129 / -0.102 / 0.158 / 0.027
P0003129 / 97.13 / 95.79 / 96 / -0.027 / -0.155 / -0.155 / 0.303 / 0.248 / 0.123 / 0.081 / 0.579 / 0.115 / W1
P0003215 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.113 / -0.069 / -0.064 / 0.09 / 0.091 / 0.076 / 0.214 / 0.469 / 0.333 / W1
P0003218 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.098 / -0.185 / -0.191 / 0.27 / 0.221 / 0.142 / 0.135 / 0.358 / -0.162 / W1
P0003299 / 92.2 / 95.09 / 95.11 / 0.052 / 0.363 / 0.603 / 0.413 / 0.308 / 0.078 / 0.565 / 0.765 / 0.145 / W1
P0003351 / 97.13 / 95.79 / 96 / -0.16 / -0.153 / -0.103 / 0.331 / 0.286 / 0.092 / 0.318 / 0.646 / 0.333 / W1
P0000067 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / 0.032 / 0.104 / 0.166 / 0.087 / 0.114 / 0.117 / 0.136 / 0.174 / 0.409
P0000148 / 93.31 / 92.63 / 97.33 / 0.646 / 0.429 / 0.429 / 0.019 / 0.032 / 0.04 / -0.298 / -0.148 / 0.07
P0000222 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.19 / -0.329 / -0.239 / 0.115 / 0.082 / 0.064 / 0.177 / 0.094 / 0.058
P0000272 / 98.34 / 96.84 / 96 / -0.038 / -0.185 / -0.185 / 0.297 / 0.193 / 0.115 / 0.081 / 0.288 / -0.185 / W2
P0000421 / 97.72 / 95.53 / 94.33 / 0.044 / 0.063 / 0.11 / 0.242 / 0.22 / 0.09 / 0.159 / 0.563 / -0.053 / W2
P0000536 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.175 / -0.181 / -0.152 / 0.339 / 0.266 / 0.112 / 0.527 / 0.663 / -0.052 / W1
P0000538 / 97.75 / 96.84 / 97.33 / -0.17 / -0.283 / -0.292 / 0.192 / 0.182 / 0.157 / 0.187 / 0.252 / -0.166
P0000828 / 98.34 / 96.84 / 96 / 1 / 1 / 0.167 / 0.053 / 0 / 0.207 / 0.195
P0000947 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.016 / -0.111 / -0.111 / 0.005 / 0.011 / 0.013 / 0.475 / -0.006 / 0.008 / W2
P0001118 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.028 / -0.11 / -0.11 / 0.015 / 0.028 / 0.034 / -0.084 / -0.162 / -0.057
P0001001 / 97.75 / 96.84 / 97.33 / 0.492 / 0.444 / 0.444 / 0.015 / 0.024 / 0.03 / -0.084 / -0.182 / -0.166
P0001461 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.106 / -0.05 / -0.043 / 0.087 / 0.124 / 0.11 / 0.369 / 0.172 / -0.081 / W2
P0001760 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.156 / -0.084 / -0.05 / 0.218 / 0.224 / 0.166 / -0.076 / 0.361 / 0.03 / W2
P0002086 / 96.68 / 93.42 / 91.67 / -0.064 / -0.137 / -0.142 / 0.498 / 0.325 / 0.064 / 0.704 / 0.742 / -0.18 / W2
P0002283 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.108 / -0.195 / -0.195 / 0.17 / 0.214 / 0.185 / 0.588 / 0.235 / -0.014 / W2
P0002341 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.214 / -0.15 / -0.15 / 0.258 / 0.226 / 0.139 / 0.158 / 0.43 / 0.096 / W1
P0002402 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / 0.143 / 0.048 / 0.048 / 0.039 / 0.056 / 0.061 / -0.031 / -0.133 / -0.002
P0002572 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / 0 / 0 / 0.167 / 0.053 / 0 / 0.207 / 0.195
P0002609 / 97.75 / 96.84 / 97.33 / 0.102 / 0.025 / -0.196 / 0.131 / 0.065 / 0.04 / 0.079 / 0.073 / -0.206
P0002615 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / 0.583 / 0.432 / 0.432 / 0.109 / 0.136 / 0.135 / 0.658 / 0.317 / 0.413 / W1
P0002650 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.192 / -0.036 / -0.029 / 0.184 / 0.171 / 0.113 / 0.601 / 0.548 / 0.057
P0002671 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.225 / -0.251 / -0.271 / 0.268 / 0.181 / 0.143 / 0.19 / 0.397 / 0.757 / W1
P0002701 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.14 / -0.211 / -0.202 / 0.274 / 0.229 / 0.191 / -0.029 / 0.126 / 0.029
P0002859 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.144 / -0.188 / -0.191 / 0.234 / 0.192 / 0.106 / 0.086 / 0.549 / 0.137
P0002864 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.143 / -0.143 / 0.042 / 0.013 / 0 / 0.207 / 0.195
P0002889 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / 0 / 0 / 0.167 / 0.053 / 0 / 0.207 / 0.195 / W2
P0002913 / 98.86 / 97.89 / 97.33 / -0.018 / 0.007 / 0.076 / 0.08 / 0.079 / 0.075 / 0.142 / 0.112 / 0.242
P0002960 / 98.24 / 96.84 / 96 / 0.294 / 0.082 / 0.082 / 0.277 / 0.258 / 0.113 / 0.129 / 0.577 / 0.188 / W1

Table S3: Primer sequences for SNP genotyping on a MassARRAY platform of a selected set of loci.

Locus / Multiplex / Forward Primer / Reverse Primer / Fragment length / Extension Primer / Alleles
P0000040 / W1 / ACGTTGGATGAATGGGTCTTCACCAACTCC / ACGTTGGATGCATCAGCTGTTGAAGGCCTA / 102 / cATGCCGGTTTCCGTG / G/T
P0000095 / W1 / ACGTTGGATGTACTTCCAACTATCCGGGTC / ACGTTGGATGTTGGAGAAGTTGAAGTGCGG / 100 / tcctATTGTCTTCCATTGAAGC / C/T
P0000225 / W1 / ACGTTGGATGTAGCCATGAGGTACGTACGC / ACGTTGGATGACATGTTAGACTTCTCATCC / 98 / ggagTGCGATCGAGCTAGT / G/C
P0000259 / W1 / ACGTTGGATGTATCTTGTCTGTCTCCATGA / ACGTTGGATGGTTGGTGCTCTGTCTCTTTG / 94 / aTCTCCATGAATCGCC / A/G
P0000261 / W1 / ACGTTGGATGCTTATGATGAGCATACGTGG / ACGTTGGATGCGTCCATGACAAATACCATC / 99 / GTGGGTTTTGGGAGAA / C/T
P0000342 / W1 / ACGTTGGATGTGCAGAAGCCTGTTCAGGTC / ACGTTGGATGAGATGACTGGGAGGAGCCGA / 82 / CAGGTCTCACCGACT / G/A
P0000364 / W1 / ACGTTGGATGGACACCTGTTGTTCACGTTC / ACGTTGGATGGTCTGCTCCCTTGATTGAAG / 101 / cTCTCTCTTCCACCAGG / C/T
P0000480 / W1 / ACGTTGGATGATTTACAAATGTGCAGTGGG / ACGTTGGATGACTCCCCCTATGTACGTTTG / 79 / TGCAGTGGGGTTGAA / C/T
P0000526 / W1 / ACGTTGGATGGATTACGTGACCAAAAAGAC / ACGTTGGATGGTCTAGGTTGGCAATTAGGG / 99 / GAACATTGTACTCTGAAACT / C/T
P0000536 / W1 / ACGTTGGATGAAAAACCAATAGCCGTCGCC / ACGTTGGATGCTTGCGGGTTTTCGGCATTG / 96 / gcctCCGCCACAAGCCGCGGATC / C/G
P0000557 / W1 / ACGTTGGATGTTAGGAACATGAATATAGG / ACGTTGGATGGGCAATAGTAAATCACCACG / 95 / GGAACATGAATATAGGAACTTAAA / G/A
P0000606 / W1 / ACGTTGGATGCCATCAATCTTATATGTCCCG / ACGTTGGATGTCTGGGATTACTCGTGTAAG / 101 / TCCCGATGATATGCTTGA / C/T
P0000622 / W1 / ACGTTGGATGACTGCCAATCTGCATCTTTC / ACGTTGGATGACAGTGAAAAAGTGCCACCG / 100 / ggCCAGGAATAAGACCAGG / G/A
P0000837 / W1 / ACGTTGGATGTCCTTCGGACAGACCTTCAC / ACGTTGGATGGGTTCTGTAACCCAATGGTG / 102 / ccCCGCCAATTCTAGAACA / T/C
P0000969 / W1 / ACGTTGGATGAGATAATCAATGCCTAACCG / ACGTTGGATGAACAGGAGAAGATCCGTCTG / 92 / ggagGCCTAACCGTTGGATA / C/A
P0001140 / W1 / ACGTTGGATGTTATCCAATATATTATGACG / ACGTTGGATGGGCCTAATTGAATTGCAACC / 98 / gATATTATGACGAATTTACATATATGG / G/T
P0001218 / W1 / ACGTTGGATGTCAGCTACGGTCTTCTCTTC / ACGTTGGATGAACCTGGAGATTGTTGGAGC / 109 / cTCGGTCAACTCAGAGATTTC / C/A
P0001650 / W1 / ACGTTGGATGTGAGTTTCATCCCGGGTTTG / ACGTTGGATGGCGGATGCGAGATATTTTTC / 105 / GCTCCCCAACCTCAC / C/T
P0001671 / W1 / ACGTTGGATGGATTAGCTCTATATAGGCACG / ACGTTGGATGTTTGACCGTTGAACAGTTAG / 106 / AGGCACGTATAAAATTTATAATATG / C/T
P0002106 / W1 / ACGTTGGATGACAACACAAGTAAAGACTCG / ACGTTGGATGGGCAACCACTTATAGATCTT / 114 / cAAACTCTTAACTTCCATGAC / T/A
P0002109 / W1 / ACGTTGGATGAGCAAACATTCACGAGGGAC / ACGTTGGATGGCTGAATAATTCTGCAGCCC / 92 / ACGAGGGACTAAAGGATA / C/T
P0002126 / W1 / ACGTTGGATGGCAAAGTACCAAAACTCCAC / ACGTTGGATGATATACAGAACTTCTGCGGG / 87 / cACCAAAACTCCACTTACCAG / C/T
P0002161 / W1 / ACGTTGGATGGCTAGTCTTTGGTAGTGTGC / ACGTTGGATGCTGTAAAGACAAACACATGC / 89 / tGTAGTGTGCATTCCTCT / G/A
P0002241 / W1 / ACGTTGGATGTTCTTAGTTATTAACGCGGG / ACGTTGGATGCGGCATAATGGGAGGATTTC / 99 / cCGCGGGATAAATATTATAGTTATG / A/G
P0002274 / W1 / ACGTTGGATGCTAGTAGGCACTTACAGAAG / ACGTTGGATGTCATCTACGCTGTTTATGCC / 97 / CACTTACAGAAGTGAAGATTAA / C/A
P0002341 / W1 / ACGTTGGATGACTTGGCATGGAACCAAATC / ACGTTGGATGCGGCTGGTTCATTTGCTCAC / 96 / aGAACCAAATCCATTTGCTG / C/T
P0002527 / W1 / ACGTTGGATGTCCATAGGAGGCAATTTTCG / ACGTTGGATGTTAGCAGCCAAGATTTCCCC / 105 / gcGAATCAATGACGCCCTT / C/A
P0002615 / W1 / ACGTTGGATGAATTTAATATGTAATATGAAAC / ACGTTGGATGGTTACACAGAAAGCATTCCAC / 96 / gTGTAATATGAAACATGATGCT / C/T
P0002671 / W1 / ACGTTGGATGGAATGCGCAGGGTGTAAAAC / ACGTTGGATGTCTTTGACTTTCCCTCCCAG / 101 / ccccAAAACCGGAGTCTGCTAC / A/G
P0002685 / W1 / ACGTTGGATGCCGTTGGCACCTTGAAAATG / ACGTTGGATGTATCGCAAACACACTGGAGC / 116 / GCTCTTGGCCGTAAA / C/T
P0002960 / W1 / ACGTTGGATGAGACTCACAAGTAATTATC / ACGTTGGATGGATGCGGTGTGTATACTAATC / 104 / GTAATTATCAAAGTAGATGCATAC / A/G
P0002992 / W1 / ACGTTGGATGTGAAGGAACTCCTCCCTAAG / ACGTTGGATGTTATTGAGCAGAGTGTTGGG / 95 / CTCCTCCCTAAGTTGAAG / C/T
P0003047 / W1 / ACGTTGGATGTTCAATAAAGCGGCACGCTC / ACGTTGGATGTTTCTCCGAATTCGCTAGCC / 99 / ctTTGAAATGTGGAAACTTTCT / T/C
P0003129 / W1 / ACGTTGGATGCTAGTCGTAACTTCCACCAC / ACGTTGGATGTGTAAGTTAACCCACCAAGG / 94 / AGCGGGGCAATGCTCT / G/A
P0003215 / W1 / ACGTTGGATGTCTCAACCAAGAAGCGTAGG / ACGTTGGATGCAAGTTTGGAGTCACTCTGC / 86 / AAGCGTAGGAATGAGAA / G/A
P0003218 / W1 / ACGTTGGATGATCAATCCTGAACCAGTTTG / ACGTTGGATGGCAAGTTACCACTGGTGATG / 79 / tACCAGTTTGAAAAATCAGT / T/A
P0003299 / W1 / ACGTTGGATGCTAACCTTAGTATAACCACG / ACGTTGGATGTCGACGAAATAAATGCAACC / 105 / TCTTTCCGCATTTAGCTATA / C/A
P0003351 / W1 / ACGTTGGATGGAAGTGGAGAGAGTTAGAGG / ACGTTGGATGCCACTCGGCCTAGGATTTTC / 99 / CCTGTTGATACCATTGC / A/G
P0000020 / W2 / ACGTTGGATGCTGCTCATTTTAACAGTCGG / ACGTTGGATGCCTTTTATCTTTGTTGCCATC / 94 / ctGCCAACCTGCAGTTT / T/C
P0000025 / W2 / ACGTTGGATGTCTTCTCTCATTTGATAAG / ACGTTGGATGATGGTTAGTAAGTAGAGGAC / 103 / tcCTATAATGGTGCCGCT / T/C
P0000110 / W2 / ACGTTGGATGTGACTCGCCATGTCTCAATG / ACGTTGGATGTGAGAGAACATACCCAGGAG / 100 / CCATGTCTCAATGATTTCAATTA / C/T
P0000226 / W2 / ACGTTGGATGAGCCCCCGAAGGTTTTTTAC / ACGTTGGATGACCCAGCACTACATAAAGCC / 94 / cCGTTTTGTTATGTAGATTAAAGT / C/A
P0000272 / W2 / ACGTTGGATGGTCCAATAACGACGTTACAG / ACGTTGGATGAAAGTGCTCGCTTTTGACCC / 100 / ggCGACGTTACAGGTGTATTAATAT / T/C
P0000421 / W2 / ACGTTGGATGTGTAAGTACTCAAAGAGCCG / ACGTTGGATGGTCAAATAATCATTGAGTC / 93 / ccCCGGTAAATAACTTCACG / C/T
P0000442 / W2 / ACGTTGGATGATGGATGCGCAAAACATGTC / ACGTTGGATGAGAGCAGTAATTGGCTACCC / 98 / cctcCAGATATTCTGTTGCAGAC / A/G
P0000590 / W2 / ACGTTGGATGGCCCTACTACTGAAATAACC / ACGTTGGATGTACAGAGTAAAGAGCACACG / 101 / ATGCACATAGAGCAGTAC / C/A
P0000676 / W2 / ACGTTGGATGAAGGACCGTACGATCCTAAC / ACGTTGGATGAAAAAGGCGCCGAGGAAAAC / 118 / AATGCGATCTCCACG / C/T
P0000705 / W2 / ACGTTGGATGGGTAGGGCCTTTTCAACAAC / ACGTTGGATGCTGCAGTTGTTGCTGCAAAA / 102 / CACATTCTATGGAATTTTTAGTTTAT / C/G
P0000763 / W2 / ACGTTGGATGTCCATGCACAAGTCATTGCG / ACGTTGGATGGCGTCTGATTGTTTGACTTC / 100 / GCGAGTCCAGCCCTTC / A/G
P0000784 / W2 / ACGTTGGATGTTGGCTGGCCATGTCTTATG / ACGTTGGATGATGTTGCCGGTTTCACATGC / 97 / CATTTTAATATGTAATAATAGGTAGGA / C/G
P0000803 / W2 / ACGTTGGATGCTTCCAAGCATAGCCTTTTC / ACGTTGGATGCACATCAAACTCAAATTAGC / 97 / acgTTTCTATTGGAGAACCTCA / G/A
P0000917 / W2 / ACGTTGGATGGTATCCATTATCATTTTTACC / ACGTTGGATGTGACCCAATGTCAAACAGGC / 93 / CCATTATCATTTTTACCATCAACTT / G/C
P0000947 / W2 / ACGTTGGATGGCAGTGGAAAGACGTCATAG / ACGTTGGATGGACTGTCTTTTCAGATGGGC / 101 / ccAGACGTCATAGTAATCAAATCA / G/T
P0001002 / W2 / ACGTTGGATGCTATAAAATCACATCTCAG / ACGTTGGATGGAGTTGTCAATGAGTTAACGC / 74 / acaACATCTCAGCAAGCC / A/G
P0001076 / W2 / ACGTTGGATGCATCATGGCATAGTATTGCG / ACGTTGGATGAGAAACAGCTGAAGGAGGAG / 100 / AGACCAAAAATGTTGAAGAG / G/C
P0001253 / W2 / ACGTTGGATGAAAAGAAGCATACTAGTGGC / ACGTTGGATGCCAACTCGGTAGATATGAAAC / 103 / TACTAGTGGCAAATATACAAGA / G/C
P0001369 / W2 / ACGTTGGATGATATCGAGTTGCGAAGCTCC / ACGTTGGATGAGTCCGATATGCCATGGAAG / 100 / cGGGAGCTTGTCGCAAA / G/A
P0001461 / W2 / ACGTTGGATGTGGAAGAGGAAAAACACAAG / ACGTTGGATGTTTTCTTTGGCTCCGCGTTC / 102 / cGCAAAGCTATTGTTCAAGAA / C/G
P0001736 / W2 / ACGTTGGATGGCCAGAACTTCACTTGACTA / ACGTTGGATGGTGTTTCTAACATGCGACAA / 121 / CACTTTTATAACTCCAAGCA / G/A
P0001760 / W2 / ACGTTGGATGGCACTGTCAGAGATACTAGG / ACGTTGGATGTGAAGAGGTCTTGCATGGTG / 86 / GAGATACTAGGCCAAGGAT / G/C
P0001840 / W2 / ACGTTGGATGTGAAAAGAAAATAATACCAG / ACGTTGGATGTGGTCGAAGAGTACTTTTCC / 100 / AGAAAATAATACCAGTAATTGTCA / G/A
P0002086 / W2 / ACGTTGGATGTCAGTACGGCCTTGTGTATC / ACGTTGGATGAATGTTGAAAGGGGAAGAGC / 113 / TCACTGAAAATACCAGAAGT / A/G
P0002133 / W2 / ACGTTGGATGGCAGTCTCTTTGTTTCACAG / ACGTTGGATGCAGAACTCTTGTGGGCTTTC / 111 / TCTTAGAAAGCTGAAGCA / C/T
P0002163 / W2 / ACGTTGGATGTTCTACATATCACCGAACAG / ACGTTGGATGCTATGACAGCTTTGAGAGAG / 98 / ggTTTTAAATAGACAGGAAACCA / G/A
P0002283 / W2 / ACGTTGGATGGTCACATGATTAAAATCAC / ACGTTGGATGCAAGCCAATAAATTTATATC / 95 / aACATGATTAAAATCACATCAAAA / G/A
P0002357 / W2 / ACGTTGGATGCAGCGAAATGCTTGGATGTG / ACGTTGGATGGTTCTTAGAATCTTGTTGGC / 94 / GTGGACTCAAATAAATGTCTTA / G/A
P0002418 / W2 / ACGTTGGATGCCCATAGCTACTAACATGAA / ACGTTGGATGTGCCAAGTTACCAACAATGC / 111 / ccaAAGGCAGATGCACTAA / C/G
P0002452 / W2 / ACGTTGGATGCGAGAGTTTCTGACTTACCC / ACGTTGGATGATAACAATACTGTGGTTGG / 91 / CCGTTCTCCAAGTCG / C/T
P0002631 / W2 / ACGTTGGATGCATCCATTCTCCTCACGAGC / ACGTTGGATGCTTGAAAGCTTTTCCTTGCG / 95 / ttATCATCAGCAAAAGCATCTC / C/T
P0002860 / W2 / ACGTTGGATGGTAAGGTACATAATGTGGAG / ACGTTGGATGAGGTAGAACCATTCCAATGT / 81 / ggGGAGTTTCCCAACGG / C/T
P0002889 / W2 / ACGTTGGATGCAGCCTGTCTTGACCATTAC / ACGTTGGATGGAAGGGATGTTAATGATAAGG / 95 / accTTACAAAGCCCAGAGTTC / T/C
P0002902 / W2 / ACGTTGGATGGGACGTTGCAAAAGAACGAC / ACGTTGGATGCGACCAGGAAATCGAATATG / 86 / aATCGCAGCAGCCATCAC / C/A
P0002910 / W2 / ACGTTGGATGCCACCTTCCAATTACGCAAA / ACGTTGGATGGTTTCTACTATAGAAGTTCC / 108 / ccccACCACACTCAAAGGTAGG / A/G
P0003137 / W2 / ACGTTGGATGTGACATCACAGTTGTGTGGG / ACGTTGGATGCTACTTGGGACCAACAGATG / 87 / TGTGTGGGACTGGAA / C/G
P0003230 / W2 / ACGTTGGATGCGTGCATATGCACAAACTGG / ACGTTGGATGTCAAGAGGTGATTAGCTTAC / 106 / TCACTCCGGTGGAAAG / A/G
P0003246 / W2 / ACGTTGGATGTTAGGAAGTTCCCTTGGTGC / ACGTTGGATGTGCCAAGCAGTACTAGCATC / 99 / GGGTGCAAGATCTCTC / C/T
P0003278 / W2 / ACGTTGGATGACCAACATTTGCTCTCCTTG / ACGTTGGATGAAATCGAGCTGCTCTCTCGG / 105 / cCAAAACAAAATCCCACAAG / T/C