Figure S3
Sequence alignment of TT8 gene from B. rapa, B. nigra and B. junceacvsVaruna and Heera
5’UTR region
BRAD-TT8 CTCTACTGAAATATGTTATGCTTTTTTCCCAATAAAATTTTATAACATATTAAGAAGTAT
BjuA.TT8.v ------TTATAACATATTAAGAAATAT
BjuA.TT8.h ------TTATAACATATTAAGAAATAT
BjuB.TT8.v CTCTACTGAAATATGTTATACTTTTTTCCCAATAAAATATTATAACATATTAAGAAATAT
BjuB.TT8.h CTCTACTGAAATATGTTATACTTTTTTCCCAATAAAATATTATAACATATTATGAAATAT
************* *** ***
BRAD-TT8 GCATTCTGTATTCTTATATTCCAATCAGTGGATGACACGA-TTATAAGACCATT-AGGTT
BjuA.TT8.v GCATTCTGTATTCTTATATTCCAATCAGTGGATGACACGG-TTATAAGACCATT-AGGTT
BjuA.TT8.h GCATTCTGTATTCTTATATTCCAATCAGTGGATGACACGG-TTATAAGACCATT-AGGTT
BjuB.TT8.v GCATTCTGCATTTTGATTCTCCAATCAGTGGGGGACACGAATTACAAGACCATTTAGATC
BjuB.TT8.h GCATTCTGCATTTTGATTCTCCAATCAGTGGGGGACACGA-TTACAAGACCATTTAGATC
******** *** * ** ************ ****** *** ********* ** *
BRAD-TT8 TTTTTATTAATTTCATCTGTATTCTACTTTCTCATCCAACGTCTGGTGGACCAACCAGTC
BjuA.TT8.v TTTTTATTAATTTCATCTGTATTCTACTTTCTCATCCAACGTCTGGTGGACCAACCAGTC
BjuA.TT8.h TTTTTATTAATTTCATCTGTATTCTACTTTCTCATCCAACGTCTGGTGGACCAACCAGTC
BjuB.TT8.v TTTTTATT----TCATCTGTATTCTACTCTCTCATCCAACGTCTGGTGAACCAACCAGTC
BjuB.TT8.h TTTTTATT----TCATCTGTATTCTACTCTCTCATCCAACGTCTGGTGAACCAACCAGTC
******** **************** ******************* ***********
BRAD-TT8 AAAACTCATAAAAGTCAAA------ACATCTTGAGTTTTT-GGTCATGCATTTATACCC
BjuA.TT8.v AAAACTCATAAAAGTCAAA------ACATCTTGAGTTTTT-GGTCATGCATTTATACCC
BjuA.TT8.h AAAACTCATAAAAGTCAAA------ACATCTTGAGTTTTT-GGTCATGCATTTATACCC
BjuB.TT8.v AGAACTCATAAAAGTCAACTTTTACTACATCTTGAGTTTTTCAGTCATGCATTTATACCC
BjuB.TT8.h AGAACTCATAAAAGTCAACTTTTACTACATCTTGAGTTTTTCAGTCATGCATTTATACCC
* **************** *************** *****************
BRAD-TT8 ATACATAGAATTAATCTACATTAATTTACTTATGTCAGCATGTTACGAAAACATTAAAAT
BjuA.TT8.v ATACATAGAATTAATCTACATTAATTTACTTATGTCAGCATGTTACGAAAACATTAAAAT
BjuA.TT8.h ATACATAGAATTAATCTACATTAATTTACTTATGTCAGCATGTTACGAAAACATTAAAAT
BjuB.TT8.v ATACATAGAATTAATCTAGATTTCTTTACTTATGTCAGCATGTTACGAAAATATTAAAAT
BjuB.TT8.h ATACATAGAATTAATCTAGATTTCTTTACTTATGTCAGCATGTTACGAAAATATTAAAAT
****************** *** *************************** ********
BRAD-TT8 GGTATATATATATATATATACATACATACTTATATATTGAATTAGCC-GTGGTC------
BjuA.TT8.v GGTATATATATACATA----CATACATACTTATATATTGAATTAGCC-GTGGTC------
BjuA.TT8.h GGTATATATATACATA----CATACATACTTATATATTGAATTAGCC-GTGGTC------
BjuB.TT8.v GGTATATTTATACATG------CATACTGAATTAACCCGTGGTCCCAAAC
BjuB.TT8.h GGTATATTTATACATG------CATACTGAATTAACC-GTGGTCCCAAAC
******* **** ** *** ******* ** ******
BRAD-TT8 -AATTTAAATCAGCATAAAGAATATCTTCCTCTTTCATATCAAA-CTCCTTCAAGGTTGC
BjuA.TT8.v -AATTTAAATCAGCATAAAGAATATCTTCCTCTTTCATATCAAA-CTCCTTCAAAGTTGC
BjuA.TT8.h -AATTTAAATCAGCATAAAGAATATCTTCCTCTTTCATATCAAA-CTCCTTCAAAGTTGC
BjuB.TT8.v CAATTTACATCAGGATAAAGAATATCTTCCTCTTTCATATCAAAACCCCTTCAAAGTTGC
BjuB.TT8.h CAATTTACATCAGGATAAAGAATATCTTCCTCTTTCATATCAAAACCCCTTCAAAGTTGC
****** ***** ****************************** * ******* *****
BRAD-TT8 ACGATCTTACTCTCTTCATTAGAGAGAGAGAGATCGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGGGAG
BjuA.TT8.v ACGATCTTACTCTCTTCATTAGAGAGAGAGACA------GAGGGGGAG
BjuA.TT8.h ACGATCTTACTCTCTTCATTAGAGAGAGAGACA------GAGGGGGAG
BjuB.TT8.v AAGATCTTACTCTCTTAATTAGAGACAGGGA------
BjuB.TT8.h AAGATCTTACTCTCTTAATTAGAGACAGGGA------
* ************** ******** ** **
BRAD-TT8 AAAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGGGAGAGAGAGAGAG
BjuA.TT8.v AGAGAGAGGGAGAGGGAGAGAGAGATAGAGA------
BjuA.TT8.h AGAGAGAGGGAGAGGGAGAGAGAGATAGAGA------
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 GTAGAGAGAGGGATAATACAGGTTTTCATCTCGGGGAAAG
BjuA.TT8.v -TAGAGAGAGGGATAATACAGGTTTTCATCTCGGGGAAAG
BjuA.TT8.h -TAGAGAGAGGGATAATACAGGTTTTCATCTCGGGGAAAG
BjuB.TT8.v -----GAGAGGGCTAATAAAGGTTTTCATCTCGGGGAAAG
BjuB.TT8.h -----GAGAGGGCTAATAAAGGTTTTCATCTCGGGGAAAG
******* ***** *********************
ORF
+1
BRAD-TT8 ATGGATGAATTAAGTATTATACCGTTATGGAAAGTGATCGGGGCTGAGAAAGAAGAGATT 60
BjuA.TT8.v ATGGATGAATTAAGTATCATACCGTTATGGAAAGTGATCGGGGCTGAGAAAGAAGAGATT 60
BjuA.TT8.h ATGGATGAATTAAGTATCATACCGTTATGGAAAGTGATCGGGGCTGAGAAAGAAGAGATT 60
BjuB.TT8.v ATGGATGAATCAAGTATTATACAGGTATGGAAAGTGATCGGAGCTGAGGAAAAAGAGATT 60
BjuB.TT8.h ATGGATGAATCAAGTATTATACAGGTATGGAAAGTGATCGGAGCTGAGGAAAAAGAGATT 60
********** ****** **** * **************** ****** ** ********
BRAD-TT8 CAAGGGCTACTTAAGGCGGTGGTGCAATCTGTGGGGTGGACTTATAGTGTCTTCTGGCAA 120
BjuA.TT8.v CAAGGGCTACTTAAGGCGGTGGTGCAATCTGTGGAGTGGACTTATAGTGTCTTCTGGCAA 120
BjuA.TT8.h CAAGGGCTACTTAAGGCGGTGGTGCAATCTGTGGAGTGGACTTATAGTGTCTTCTGGCAA 120
BjuB.TT8.v CAAGGGCTACTTAAGGCGGTGGTACAATCTGTGGGGTGGACTTATAGTCTCTTCTGGCAA 120
BjuB.TT8.h CAAGGGCTACTTAAGGCGGTGGTACAATCTGTGGGGTGGACTTATAGTCTCTTCTGGCAA 120
*********************** ********** ************* ***********
BRAD-TT8 CTTTGTCCTCAACGAAGgttcactttcttttcatttcatccatctctcacagtatataaa 180
BjuA.TT8.v CTTTGTCCTCAACGAAGgttcactttcttttcattttatccatctctcacagtatataaa 180
BjuA.TT8.h CTTTGTCCTCAACGAAGgttcactttcttttcattttatccatctctcacagtatataaa 180
BjuB.TT8.v CTTTGTCCTCAACGAAGgttc----tcttttcatttcatccatctctcacaatatat--- 173
BjuB.TT8.h CTTTGTCCTCAACGAAGgttc----tcttttcatttcatccatctctcacaatatat--- 173
********************* *********** ************** *****
BRAD-TT8 gcaatatagttatctttattaattataataagtagaagtgactaaatgttaaatcgatta 240
BjuA.TT8.v gcaatatagtaatctttattaattataataagtagaagtgactaaatgttaaatcgatta 240
BjuA.TT8.h gcaatatagtaatctttattaattataataagtagaagtgactaaatgttaaatcgatta 240
BjuB.TT8.v ------ttataatccttatcaattataataagtagaagtgaccaaatgttaaatcgatta 227
BjuB.TT8.h ------ttataatccttatcaattataataagtagaagtgaccaaatgttaaatcgatta 227
* * *** **** ********************** *****************
BRAD-TT8 gGAAATTGATGTGGAGTAGTGGATACTACAACGGCGCAATAAAGACTAGAAAGACAACTC 300
BjuA.TT8.v gGAAATTGATGTGGAGTAGTGGATACTACAACGGCGCAATAAAGACTAGAAAGACAACTC 300
BjuA.TT8.h gGAAATTGATGTGGAGTAGTGGATACTACAACGGCGCAATAAAGACTAGAAAGACAACTC 300
BjuB.TT8.v gGAAATTGGTGTGGAGTAGTGGATTCTACAACGGTGCAATAAAGACTAGAAAGACAACTC 287
BjuB.TT8.h gGAAATTGGTGTGGAGTAGTGGATTCTACAACGGTGCAATAAAGACTAGAAAGACAACTC 287
******** *************** ********* *************************
BRAD-TT8 AGCCGGCGGAAGTTACGGCTGAAGAGGCTGCGTCGGAGAGAAGCCAACAGCTCATGGAGC 360
BjuA.TT8.v AGCCGGCGGAAGTTACGGCTGAAGAGGCTGCGTCGGAGAGAAGCCAACAGCTCATGGAGC 360
BjuA.TT8.h AGCCGGCGGAAGTTACGGCTGAAGAGGCTGCGTCGGAGAGAAGCCAACAGCTCATGGAGC 360
BjuB.TT8.v AGCCGGCGGAAGTTACGGCTGAAGAGGCTGCGTTGGAGAGAACCCAACAGCTCATGGAGC 347
BjuB.TT8.h AGCCGGCGGAAGTTACGGCTGAAGAGGCTGCGTTGGAGAGAACCCAACAGCTCATGGAGC 347
********************************* ******** *****************
BRAD-TT8 TTTACGAGACGCTTTTTGCTGGAGAATCATCGATGGAAGCGAGGGCTTGCACAGCACTGT 420
BjuA.TT8.v TTTACGAGACGCTTTTTGCTGGAGAATCATCGATGGAAGCGAGGGCTTGCACAGCACTGT 420
BjuA.TT8.h TTTACGAGACGCTTTTTGCTGGAGAATCATCGATGGAAGCGAGGGCTTGCACAGCACTGT 420
BjuB.TT8.v TTTACCAGACGCTTTTTTCCGGAGAATCATCGATGGAAGCGAGGGCTTGCACAGCACTGT 407
BjuB.TT8.h TTTACCAGACGCTTTTTTCCGGAGAATCATCGATGGAAGCGAGGGCTTGCACAGCACTGT 407
***** *********** * ****************************************
BRAD-TT8 CGCCGGAGGATTTGACAGATCCTGAATGGTTTTATGTGCTGTGTTTCACTTACTCTTTCG 480
BjuA.TT8.v CGCCGGAGGATTTGACGGATCCTGAATGGTTTTATGTGCTGTGTTTCACTTACTCTTTCG 480
BjuA.TT8.h CGCCGGAGGATTTGACGGATCCTGAATGGTTTTATGTGCTGTGTTTCACTTACTCTTTCG 480
BjuB.TT8.v CGCCGGAGGATTTGACGGACACTGAGTGGTTTTATGTGCTGTGTTTCACTTACTCTTTTG 467
BjuB.TT8.h CGCCGGAGGATTTGACGGACACTGAGTGGTTTTATGTGCTGTGTTTCACTTACTCTTTTG 467
**************** ** **** ******************************** *
BRAD-TT8 AACCTCCTTCTGGgtacaacaactctctctctgt----cttcaaagttttttttttcttt 536
BjuA.TT8.v AACCTCCTTCTGGgtacaacaactctctctctgt----cttcaaagttttttttttcttt 536
BjuA.TT8.h AACCTCCTTCTGGgtacaacaactctctctctgt----cttcaaagttttttttttcttt 536
BjuB.TT8.v AACCTCCTTCTGGgtacaacaactctctctctctatctcttcaaagttttttttttcttt 527
BjuB.TT8.h AACCTCCTTCTGGgtacaacaactctctctctctatctcttcaaagttttttttttcttt 527
******************************** * **********************
BRAD-TT8 tcaaaaagactactcagagtttcttaatttgtctttttcatcttctcttagagaagacaa 596
BjuA.TT8.v tcaaaaagactactcaaagtttcttaatttgtctttttcatctgctcttagagaagacaa 596
BjuA.TT8.h tcaaaaagactactcaaagtttcttaatttgtctttttcatctgctcttagagaagacaa 596
BjuB.TT8.v tcaaaaagactactcagagtttcttaatttgtctttttcatcttctcttagtgaagacaa 587
BjuB.TT8.h tcaaaaagactactcagagtttcttaatttgtctttttcatcttctcttagtgaagacaa 587
**************** ************************** ******* ********
BRAD-TT8 aaatagtattgtgtgttaaatgcgaatcacaaatactatggaagcattaaagacaaactg 656
BjuA.TT8.v aaatagtattgtgtgttaaatgcgaatcacaaatactatggaagcattaaagacaaactg 656
BjuA.TT8.h aaatagtattgtgtgttaaatgcgaatcacaaatactatggaagcattaaagacaaactg 656
BjuB.TT8.v aaatagcattgtgtgttaaatgcgaatcacaaatactatggaagcattaaagacaaactg 647
BjuB.TT8.h aaatagcattgtgtgttaaatgcgaatcacaaatactatggaagcattaaagacaaactg 647
****** *****************************************************
BRAD-TT8 gggagtttaagttactgaaagtagaaatgtattgaagtttgtaaaaacgtacacttcatt 716
BjuA.TT8.v gggagtttaagttactgaaagtagaaatgtattgaagtttgtaaaaacgtacacttcatt 716
BjuA.TT8.h gggagtttaagttactgaaagtagaaatgtattgaagtttgtaaaaacgtacacttcatt 716
BjuB.TT8.v gggagtttaagttactgaaagaagaaatgtattaaagtttgtgaaaacgtacacttcatt 707
BjuB.TT8.h gggagtttaagttactgaaagaagaaatgtattaaagtttgtgaaaacgtacacttcatt 707
********************* *********** ******** *****************
BRAD-TT8 ttggtgaacataattggaccgttgagat--tcttattggtttgtttattgattatctaaa 774
BjuA.TT8.v ttggtgaacctaattggaccgttgagat--tcttattggtttgtttattgattatctaaa 774
BjuA.TT8.h ttggtgaacctaattggaccgttgagat--tcttattggtttgtttattgattatctaaa 774
BjuB.TT8.v ttggtgaacatatctggaccgttgagatgatcttattggtttgtttattgattatctaaa 767
BjuB.TT8.h ttggtgaacatatctggaccgttgagatgatcttattggtttgtttattgattatctaaa 767
********* ** ************** ******************************
BRAD-TT8 gtaggagcatatatagatgataaatgcatataaaagtgtgttagttatcggtataattaa 834
BjuA.TT8.v gtaggagcatatatagatgataaatgcataacaaagtgtgttagttatcggtataattaa 834
BjuA.TT8.h gtaggagcatatatagatgataaatgcataacaaagtgtgttagttatcggtataattaa 834
BjuB.TT8.v gtagaagcat----agatgataaatgcataacaaagtgtgttagttatcggtataattaa 823
BjuB.TT8.h gtagaagcat----agatgataaatgcataacaaagtgtgttagttatcggtataattaa 823
**** ***** **************** ****************************
BRAD-TT8 tgttttttctctatggaggaacaaa-tcaaaatataa-tgtggaagtattaatttgtagG 892
BjuA.TT8.v tgttttttctctatggaggaacaaa-tcaaaatataa-tgtggaagtattaatttgtagG 892
BjuA.TT8.h tgttttttctctatggaggaacaaa-tcaaaatataa-tgtggaagtattaatttgtagG 892
BjuB.TT8.v tgttttttctctatggaggaaaaaaatcaaaatataaatgtggaagtattaatttgtagG 883
BjuB.TT8.h tgttttttctctatggaggaaaaaaatcaaaatataaatgtggaagtattaatttgtagG 883
********************* *** *********** **********************
BRAD-TT8 ATGCCAGGAAAAGCGTATGCGAGGAGGAAGCACATATGGCTACGTGGTGCAAATGAGGTT 952
BjuA.TT8.v ATGCCAGGAAAAGCGTATGCGAGGAGGAAGCACATATGGCTAAGTGGTGCAAATGAGGTT 952
BjuA.TT8.h ATGCCAGGAAAAGCGTATGCGAGGAGGAAGCACATATGGCTAAGTGGTGCAAATGAGGTT 952
BjuB.TT8.v ATGCCAGGAAAGGCGTATGCCAGGAGGAAGCACGTATGGATAAGTGGTGCAAATGAGGTT 943
BjuB.TT8.h ATGCCAGGAAAGGCGTATGCCAGGAGGAAGCACGTATGGATAAGTGGTGCAAATGAGGTT 943
*********** ******** ************ ***** ** *****************
BRAD-TT8 GACAATAAAATCTTCTCTAGGGCTATTTCTGCAAAGgttcacatc-ttttattcattcac 1011
BjuA.TT8.v GACAATAAAATCTTCTCTAGGGCTATTTCTGCAAAGgttcacatc-ttcta--cattcac 1009
BjuA.TT8.h GACAATAAAATCTTCTCTAGGGCTATTTCTGCAAAGgttcacatc-ttcta--cattcac 1009
BjuB.TT8.v GACAGTAAAATCTTCTCTAGGGCTATTTCTGCAAAGgtttatttccttttattcattcac 1003
BjuB.TT8.h GACAGTAAAATCTTCTCTAGGGCTATTTCTGCAAAGgtttatttccttttattcattcac 1003
**** ********************************** * ** ** ** *******
BRAD-TT8 cactacactgtgcatctacttctacttatttagatatatgcaattttatacatctcattc 1071
BjuA.TT8.v cactacactgtgcatctacttctacttatttagatttatgcaattttatatatctcattc 1069
BjuA.TT8.h cactacactgtgcatctacttctacttatttagatttatgcaattttatatatctcattc 1069
BjuB.TT8.v cactacactgtgtatttacttgtacttatttagatatacgcaattttatatatctcattc 1063
BjuB.TT8.h cactacactgtgtatttacttgtacttatttagatatacgcaattttatatatctcattc 1063
************ ** ***** ************* ** *********** *********
BRAD-TT8 tgcaaactaattaattttatcttcttctttacttgaatgctct--ttccacattagAGTG 1129
BjuA.TT8.v tgcaaactaattaattttatcttcttctttacttgaatgctctctttccacattagAGTG 1129
BjuA.TT8.h tgcaaactaattaattttatcttcttctttacttgaatgctctctttccacattagAGTG 1129
BjuB.TT8.v ttcaaactaattaattt-atcttcttctttacttgaatgctct--ttctacattagAGTG 1120
BjuB.TT8.h ttcaaactaattaattt-atcttcttctttacttgaatgctct--ttctacattagAGTG 1120
* *************** ************************* *** ***********
BRAD-TT8 CCAAAATTCAGgtaaattttgct-ttattaattatttatttatttttcgtagaaatgaaa 1188
BjuA.TT8.v CCAAAATTCAGgtaaattttgct-ttattaattaattatttaattttcgtagaaatgaaa 1188
BjuA.TT8.h CCAAAATTCAGgtaaattttgct-ttattaattaattatttaattttcgtagaaatgaaa 1188
BjuB.TT8.v CCAAAATTCAGgtaaatgttgccgttattaattgattatttcattttcgtagaaatgaaa 1180
BjuB.TT8.h CCAAAATTCAGgtaaatgttgccgttattaattgattatttcattttcgtagaaatgaaa 1180
***************** **** ********* ****** *****************
BRAD-TT8 ggtatcaattaataaagttattttacatatttgacaattgttttgtgatgaaaaaaaaaa 1248
BjuA.TT8.v ggtatcaattaataaagttattttacatatttgacaattgttttgtgatgaaaaaaataa 1248
BjuA.TT8.h ggtatcaattaataaagttattttacatatttgacaattgttttgtgatgaaaaaaataa 1248
BjuB.TT8.v ggtatcaattaataaagttattttacatatttgagaattgttttgtgatgaaaaaca-aa 1239
BjuB.TT8.h ggtatcaattaataaagttattttacatatttgagaattgttttgtgatgaaaaaca-aa 1239
********************************** ******************** * **
BRAD-TT8 caaaaaaaaatcagACAGTGGTTTGCATTCCCGTGCTTGATGGCGTTTTGGAACTAGGCA 1308
BjuA.TT8.v taataa----tcagACAGTGGTTTGCATTCCCGTGCTTGATGGCGTTTTGGAACTAGGCA 1304
BjuA.TT8.h taataa----tcagACAGTGGTTTGCATTCCCGTGCTTGATGGCGTTTTGGAACTAGGCA 1304
BjuB.TT8.v taaaaa-----cagACAATGGTTTGCATTCCCGTGCTTGATGGCGTTTTGGAACTCGGCA 1294
BjuB.TT8.h taaaaa-----cagACAATGGTTTGCATTCCCGTGCTTGATGGCGTTTTGGAACTCGGCA 1294
** ** ****** ************************************* ****
BRAD-TT8 CAACGAACAAGgtaaaaatctctatttatgtcggtacccaaaatgtagtcgaatatattc 1368
BjuA.TT8.v CAACGAACAAGgtaaaaatctctatttctgtcggtacccaaaatatagtcgaatatattc 1364
BjuA.TT8.h CAACGAACAAGgtaaaaatctctatttctgtcggtacccaaaatatagtcgaatatattc 1364
BjuB.TT8.v CAACGAACAAGgtaaat-tctctatttatgtcggtaca-aaaatgtagacgagtacatcc 1352
BjuB.TT8.h CAACGAACAAGgtaaat-tctctatttatgtcggtaca-aaaatgtagacgagtacatcc 1352
**************** ********* ********* ***** *** *** ** ** *
BRAD-TT8 agctcattctatatgttacttagatcatctccaaaaagactatatatggtaaagtttcca 1428
BjuA.TT8.v agctcattctatatgttactttgagtatctccaaaaagactatatatggtaaagtttcca 1424
BjuA.TT8.h agctcattctatatgttactttgagtatctccaaaaagactatatatggtaaagtttcca 1424
BjuB.TT8.v agctcgttctatat--tacttcga------1374
BjuB.TT8.h agctcgttctatat--tacttcga------1374
***** ******** ***** **
BRAD-TT8 aaattctatattcaaagtttcaaagtgcttttctc-caacaacaaaattttaaatttaac 1487
BjuA.TT8.v aaattctatattcgaagttttaaggtatttttttttcaaaaacaaaatttcaaatttaac 1484
BjuA.TT8.h aaattctatattcgaagttttaaggtatttttttttcaaaaacaaaatttcaaatttaac 1484
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ttcaaaattatttgtaatttacagtatgatccttatacttatcataattaatataaatac 1547
BjuA.TT8.v tttaaaattatttgtaatttacaatatgatccttatacttatcataattaatataaatac 1544
BjuA.TT8.h tttaaaattatttgtaatttacaatatgatccttatacttatcataattaatataaatac 1544
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ataaaacttttataaataactagcacatataaaaaatattataataatattaattaataa 1607
BjuA.TT8.v ataaaacttttataaataactagcacatataaaaaatattacaataatattaattaataa 1604
BjuA.TT8.h ataaaacttttataaataactagcacatataaaaaatattacaataatattaattaataa 1604
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 attcttacactaaaatataaaattattaacaaaaatacataattaaatattaaaatacaa 1667
BjuA.TT8.v attcttacactaaaatataaaattattaacaaaaatacataattaaatattaaa-tacaa 1663
BjuA.TT8.h attcttacactaaaatataaaattattaacaaaaatacataattaaatattaaa-tacaa 1663
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 gcaaaatatcacattagtcaataaaattatttctgcaatgatccatcttcggttacacaa 1727
BjuA.TT8.v gcaaaatatcacattagtcaataaaattatttctgcaatgctccattttcggttacacaa 1723
BjuA.TT8.h gcaaaatatcacattagtcaataaaattatttctgcaatgctccattttcggttacacaa 1723
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 aatttgtttgaaaaatattctagagcttctggaaaaaatttactagactattagtgttat 1787
BjuA.TT8.v aatttgtttggaaaatattttggagcttctggagcaaatttactagactattagtgttat 1783
BjuA.TT8.h aatttgtttggaaaatattttggagcttctggagcaaatttactagactattagtgttat 1783
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 tgtaatatttaaatttgtgcaataactatgtcttcatgtatttttttaaaaatgtttatt 1847
BjuA.TT8.v tgtaatatttaaatttgtgcaataattatgtcttcatgtatttttt-aaaaatgttt-tt 1841
BjuA.TT8.h tgtaatatttaaatttgtgcaataattatgtcttcatgtatttttt-aaaaatgttt-tt 1841
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 tattgagttttttttttgtaatat-cttgttgtgtaattttagttataaaatattataaa 1906
BjuA.TT8.v tattaagtttttttt--gtaatattctttttgtgtaattttagttataaaatattataaa 1899
BjuA.TT8.h tattaagtttttttt--gtaatattctttttgtgtaattttagttataaaatattataaa 1899
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 tcttaacttaaaatttttatttaattttatgtgtaaattttgaatttaaaaagtaatttt 1966
BjuA.TT8.v tcttaacttaaaatttttgtttaattttatgcgtaaattttgaatttgaaaagtaatttt 1959
BjuA.TT8.h tcttaacttaaaattttagtttaattttatgcgtaaattttgaatttaaaaagtaatttt 1959
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 gaaatatttatgaaataaaaatgtcttaaagattgataagataaatgagaaaatatttaa 2026
BjuA.TT8.v gaaatatttatgatataaaaatgttttaaagattaataagataaatgagaaaatatttaa 2019
BjuA.TT8.h gaaatatttatgatataaaaatgttttaaagattaataagataaatgagaaaatatttaa 2019
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 aaattattaatataatgtgtaattaatta--aagaccaaaatacaaataaaaagaagaaa 2084
BjuA.TT8.v aaatcattaatataatgtgtaattaattataaggaccaaaatacaaataaaaagaaaaaa 2079
BjuA.TT8.h aaatcattaatataatgtgtaattaattataaggaccaaaatacaaataaaaagaaaaaa 2079
BjuB.TT8.v ------caaataaagaaaa---- 1387
BjuB.TT8.h ------caaataaagaaaa---- 1387
******** * **
BRAD-TT8 ttccaaatttggagttttgagtagtgaacttcaaatatgaagtttcattctttaaaactc 2144
BjuA.TT8.v ttctaaatttggagttttgagtagtgaacttcaaatatgaagtttcattctttaaaactc 2139
BjuA.TT8.h ttctaaatttggagttttgagtagtgaacttcaaatatgaagtttcattctttaaaactc 2139
BjuB.TT8.v ------ata------1390
BjuB.TT8.h ------ata------1390
***
BRAD-TT8 taaattctaagtttgaagttttgaagttattttttggagagaaaaaattctatatttgaa 2204
BjuA.TT8.v aaaattctaagtttgaagttttaaagttatattttggagagaaaaaactttatatttgaa 2199
BjuA.TT8.h aaaattctaagtttgaagttttaaagttatattttggagagaaaaaactttatatttgaa 2199
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 gttatagagtttcatttggagatattcttagagaaataaaaa-aaatatatacagaaaca 2263
BjuA.TT8.v gtcatagagtttcatttggagatgttattagagaaaaaaaaatatatatatacagaaaca 2259
BjuA.TT8.h gtcatagagtttcatttggagatgttattagagaaaaaaaaatatatatatacagaaaca 2259
BjuB.TT8.v ------atatacagacaca 1403
BjuB.TT8.h ------atatacagacaca 1403
********* ***
BRAD-TT8 tcaaccatt-cgcagtcatatgataaaaaa-tatagttttcgattacattaaatacacaa 2321
BjuA.TT8.v tcaaccctt-cgcagtcatatgataaaaaaatatagttttcgattacattaaatacacaa 2318
BjuA.TT8.h tcaaccctt-cgcagtcatatgataaaaaaatatagttttcgattacattaaatagacaa 2318
BjuB.TT8.v tcaaccatttcgcagtcatatgataaaaaa-tatagttatttcatacattatatacacaa 1462
BjuB.TT8.h tcaaccatttcgcagtcatatgataaaaaa-tatagttatttcatacattatatacacaa 1462
****** ** ******************** ******* * ******* *** ****
BRAD-TT8 ccaaattatgtaaaactaaacaacctaatgaaaatatgcataagcgggagaaccagggag 2381
BjuA.TT8.v ccaaattatgtaaaactatacaacctaatgaaaatatgcataagcgggagaaccagggag 2378
BjuA.TT8.h ccaaattatgtaaaactatacaacctaatgaaaatatgcataagcgggagaaccagggag 2378
BjuB.TT8.v gcaaatgatgtcaaaatacacaacctaatgaaaa-----ata------1499
BjuB.TT8.h gcaaatgatgtcaaaatacacaacctaatgaaaa-----ata------1499
***** **** *** ** *************** ***
BRAD-TT8 atgaatgtatgatatattgtgtttgtatgtgaagGTCAAAGAGAGTGAAGAGTTTGTTGA 2441
BjuA.TT8.v atggatgcatgatatattgtgtttgtatgtgaagGTCAAAGAGAGTGAAGAGTTTGTTGA 2438
BjuA.TT8.h atggatgcatgatatattgtgtttgtatgtgaagGTCAAAGAGAGTGAAGAGTTTGTTGA 2438
BjuB.TT8.v -----tgcgtgatatgttgtgtttatatgtgaagGTCAAAGAAAGTGAAGAGTTTGTTGA 1554
BjuB.TT8.h -----tgcgtgatatgttgtgtttatatgtgaagGTCAAAGAAAGTGAAGAGTTTGTTGA 1554
** ****** ******** ***************** *****************
BRAD-TT8 GCACATAAAGAGTTTCTTCCACAACCACCCGAAGTCAAACACTAAGCCTACTCTTTCTGA 2501
BjuA.TT8.v GCACATAAAGAGTTTCTTCCACAACCACCCGAAGTCAAACACTAAGCCTACTCTTTCTGA 2498
BjuA.TT8.h GCACATAAAGAGTTTCTTCCACAACCACCCGAAGTCAAACACTAAGCCTACTCTTTCTGA 2498
BjuB.TT8.v GCACATAAAGAGTTTCTTCCACAACCACCCGAAGTCAAACACTAAGCCTGCTCTTTTTGA 1614
BjuB.TT8.h GCACATAAAGAGTTTCTTCCACAACCACCCGAAGTCAAACACTAAGCCTGCTCTTTTTGA 1614
************************************************* ****** ***
BRAD-TT8 ACACTTCATCAACGAAGAGCACGAAGAAGACGAAGAAGAAGTAGAAGAAGAAGAAATGAC 2561
BjuA.TT8.v ACACTTCATCAACGAAGAGCATGAAGAAGACGAAGAAGAAGTAGAAGAAGAAGAAATGAC 2558
BjuA.TT8.h ACACTTCATCAACGAAGAGCATGAAGAAGACGAAGAAGAAGTAGAAGAAGAAGAAATGAC 2558
BjuB.TT8.v ACACTCAATCAACGAAGAGCATGAAGAAG------TAGAAGAAGAAGAAATGAC 1662
BjuB.TT8.h ACACTCAATCAACGAAGAGCATGAAGAAG------TAGAAGAAGAAGAAATGAC 1662
***** ************** ******* *******************
BRAD-TT8 AATGTCAGAAGAGATAAGACTTGGTTCTCCTGATGACGATGACGTCTCCAATCAAAATCT 2621
BjuA.TT8.v AATGTCAGAAGAGATAAGACTTGGTTCTCCTGATGACGATGACGTCTCCAATCAAAATCT 2618
BjuA.TT8.h AATGTCAGAAGAGATAAGACTTGGTTCTCCTGATGACGATGACGTCTCCAATCAAAATCT 2618
BjuB.TT8.v AATGTCAGAGGAGATAAGACTTGGTTCTCCTGATGACGATGACGTCTCCAATCAAAATCT 1722
BjuB.TT8.h AATGTCAGAGGAGATAAGACTTGGTTCTCCTGATGACGATGACGTCTCCAATCAAAATCT 1722
********* **************************************************
BRAD-TT8 ACTCTCTGATTTCCATATAGAAGCAACCAATAGTTTAGgtataccgtacac------2672
BjuA.TT8.v ACTCTCTGATTTCCATATAGAAGCAACCAATAGTTTAGgtataccgtacac------2669
BjuA.TT8.h ACTCTCTGATTTCCATATAGAAGCAACCAATAGTTTAGgtataccgtacac------2669
BjuB.TT8.v AATCTCTGATTTTCATATAGAAGCAACCAATAGTTTAGgtataccgtacacctttcttat 1782
BjuB.TT8.h AATCTCTGATTTTCATATAGAAGCAACCAATAGTTTAGgtataccgtacacctttcttat 1782
* ********** **************************************
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h ------
BjuB.TT8.v tacgttaaattagaataacattttaattaattttctaataatatatttttaaatctgctc 1842
BjuB.TT8.h tacgttaaattagaataacattttaattaattttctaataatatatttttaaatctgctc 1842
BRAD-TT8 ------acctttcttattaca 2687
BjuA.TT8.v ------acctttcttattaca 2684
BjuA.TT8.h ------acctttcttattaca 2684
BjuB.TT8.v tctgatttccatatagaagcaaccaatagtgtaggtataccgtgcacctttcctgttaca 1902
BjuB.TT8.h tctgatttccatatagaagcaaccaatagtgtaggtataccgtgcacctttcctgttaca 1902
******* * *****
BRAD-TT8 ttaaattagttaacaatatcattataattaattttctaataataaattttttaaactggt 2747
BjuA.TT8.v ttaaattagttaacaatatcattataattaattttctaataataaattttttaaactggt 2744
BjuA.TT8.h ttaaattagttaacaatatcattataattaattttctaataataaattttttaaactggt 2744
BjuB.TT8.v ttaaattagttaacaatatcattataattaatttcctaacaatatagatttttaagtgtt 1962
BjuB.TT8.h ttaaattagttaacaatatcattataattaatttcctaacaatatagatttttaagtgtt 1962
********************************** **** **** * **** ** ** *
BRAD-TT8 tctcatgtctggtaattctaacatctatcattgtataaatagATACACACATGGACATGA 2807
BjuA.TT8.v tctcatgtctggtaattctaacatctatcattgtataaatagATACACACATGGACATGA 2804
BjuA.TT8.h tctcatgtctggtaattctaacatctatcattgtataaatagATACACACATGGACATGA 2804
BjuB.TT8.v tctcatgtctggtaattctaacatctatcattgtatatatagATACACATATGGACATGA 2022
BjuB.TT8.h tctcatgtctggtaattctaacatctatcattgtatatatagATACACATATGGACATGA 2022
************************************* *********** **********
BRAD-TT8 TGAATCTAATGGAGGAAGGCGGAAATTATTCTCAGACAGTATCAACACTTCTCATGTCAC 2867
BjuA.TT8.v TGAATCTAATGGAGGAAGGAGGAAATTATTCTCAGACAGTATCAACACTTCTCATGTCAC 2864
BjuA.TT8.h TGAATCTAATGGAGGAAGGAGGAAATTATTCTCAGACAGTATCAACACTTCTCATGTCAC 2864
BjuB.TT8.v TGAATCTAATGGAGGAAGGCGGAAAATATTCTCAGACAGTATCAACACTTCTCATGTCAC 2082
BjuB.TT8.h TGAATCTAATGGAGGAAGGCGGAAAATATTCTCAGACAGTATCAACACTTCTCATGTCAC 2082
******************* ***** **********************************
BRAD-TT8 AACCCACAAGTCTTCTTTCAGATTCAGTTTCCACATCTTCTTACGTTCAATCATCGTTTG 2927
BjuA.TT8.v AACCCACAAGTCTTCTTTCAGAATCAGTTTCCACATCTTCTTACGTTCAATCATCGTTTG 2924
BjuA.TT8.h AACCCACAAGTCTTCTTTCAGAATCAGTTTCCACATCTTCTTACGTTCAATCATCGTTTG 2924
BjuB.TT8.v AACCCACCAGTCTTCTTTCAGATTCAGTTTCCACATCTTCTTACGTTCAATCATCGTTTG 2142
BjuB.TT8.h AACCCACCAGTCTTCTTTCAGATTCAGTTTCCACATCTTCTTACGTTCAATCATCGTTTG 2142
******* ************** *************************************
BRAD-TT8 TCTCGTGGAGAGTTGAGAATGTCAAAGAGCATCAGCAATATCAGCGAGTGGAGAAAGCGG 2987
BjuA.TT8.v TCTCGTGGAGAGTTGAGAATGTCAAAGAGCATCAGCAATATCAGCGAGTGGAGAAAGCGG 2984
BjuA.TT8.h TCTCGTGGAGAGTTGAGAATGTCAAAGAGCATCAGCAATATCAGCGAGTGGAGAAAGCGG 2984
BjuB.TT8.v TCTCGTGGAGAGTTGAGAATGTCAAAGAGCATCAGCAATATCAGCGAGTGGAGAAAGCGT 2202
BjuB.TT8.h TCTCGTGGAGAGTTGAGAATGTCAAAGAGCATCAGCAATATCAGCGAGTGGAGAAAGCGT 2202
***********************************************************
BRAD-TT8 CGTGGTCATCGTCGCAATGGATGCTCAAACACATAATCTTGAAAGTTCCTTTCCTCCACG 3047
BjuA.TT8.v CGTGGTCATCGTCGCAATGGATGCTCAAACACATAATCTTGAAAGTTCCTTTCCTCCACG 3044
BjuA.TT8.h CGTGGTCATCGTCGCAATGGATGCTCAAACACATAATCTTGAAAGTTCCTTTCCTCCACG 3044
BjuB.TT8.v CGTCGTCGTCGTCTCAATGGATGCTCAAACACATAATCTTGAGAGTTCCTTTCCTCCACG 2262
BjuB.TT8.h CGTCGTCGTCGTCTCAATGGATGCTCAAACACATAATCTTGAGAGTTCCTTTCCTCCACG 2262
*** *** ***** **************************** *****************
BRAD-TT8 AC------3049
BjuA.TT8.v AC------3046
BjuA.TT8.h TCCCGTCGTCCCTCTTCTGTATCTTCTCCGGTGGCCGACGGTGGGCCTCGTCCCGTCGGT 3104
BjuB.TT8.v AC------2264
BjuB.TT8.h AC------2264
*
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h CGCCACCCCCACTTCGCCCCGCCGTATCCAATCCTCTCCCTGTCAAGATACGGTCACTTC 3164
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h ACCTCCTCTTTGCTTCTCCTTCTCTGGTTTTCACCGGATTGCGGCCGGATCCGGTGACCA 3224
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h AATCGATTTTTGGGTGTGTCCCCAATGTCTCTGGAGAGAGGGCGAGGTCGTGACTGTCCG 3284
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h GAAGCTTACAGGAGGCACCAATTGTTTTGTAGATCTAGGGTTTGTTTTGTCGCGGTTCTG 3344
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h GGTCAGATCTGTGTCGGAGGTTTGCCGGACCGAGAGCGTCGCTGCCTCTCTTCCACCGGG 3404
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h TTTATCGCCTCCTCTGCTCTCCCCTGTCTCTCTCTCTTCGGTTGCTGTTGCAGGTGCTTC 3464
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h CCCATCTTCGTACTCTGGTCCGAGATGTAAAGGCGAGTCTGAGGAACTCGTTGGGGACCT 3524
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h CCTCCCGTTCTGATGTCTGAGCATTTACCATGGTGTTTGGTTGGTGATCCTTTCGATGGG 3584
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h TTCAAGATGGTCTAGGGTTCGTGCCGTTCTCTCTTTCGTCAGATCTCCATAGTCGGGTCT 3644
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h AGCCTCTCTTCCACCTGCTGATTGGAGCTTTTTCGTCTCCTCCGCCCTTCAAGTTTCAGA 3704
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h AGGAAGCCGTCAGCCGTTACCTGCCTTTCCGATGCTCTGCAGCCAATCCTTCTGTGCGGT 3764
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h ACTTGCGTGATGGGACCGGAGCTGAGCTGTATAACCTCCGCTTCCATCAGCCTGTCCCTC 3824
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h ACCTGCTCTTCATCTCCTGGCTTATTTGTGTTGGGTGGGACTCACAGGGACACGCCTTGC 3884
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h CGTCTTCTGGAGTGGACAGCGTCTGGAGTAGATTTCACTGGGTCTCGAAGGCCGGACCCA 3944
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h AGGCTTGGTCTCCCTTGCTTCGCCTGTCGCCCCTGTTGGAGTCGCCTTCGGGATGGTCTG 4004
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h CGGGTCCTTGGACCATTCTCCGGTTGAATCCTCCATTGATCTCTGTTGTTTGATGCAGGT 4064
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h CCCGGCATCATGTCTGTTCCGAGATCTACTGAAGCTAAATGTTTGCTCCTGGTATCTTCA 4124
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h ATTGTCAAGCTTTGGTCACATTCTTTGATTGTGATCAAACCTTTCATTGTCCTAGAAGAG 4184
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h TCTTTTTTACCTTTTTTTGTGGCTCTTTTAGGCAGCTTGCTTTGATAAGCTTCTTAGATG 4244
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h CTAGGATTTGATCTTTCAAAACCTTTGTATCCCCTGTGTCATTAGTTTCTAATGAAAATT 4304
BjuB.TT8.v ------
BjuB.TT8.h ------
BRAD-TT8 ------AACACTAAAAATAAGAGGCTACCGCGAGAAGAGCTTAAC 3088
BjuA.TT8.v ------AACACTAAAAATAAGAGGCTACCGCGAGAAGAGCTTAAC 3085
BjuA.TT8.h CACATACTTAACAAAAAAAAAAACACTAAAAATAAGAGGCTACCGCGAGAAGAGCTTAAC 4364
BjuB.TT8.v ------AACACTAAAAATAAGAAGCTACCGCGGGAAGAGCTTAAC 2303
BjuB.TT8.h ------AACACTAAAAATAAGAAGCTACCGCGGGAAGAGCTTAAC 2303
**************** ********* ************
BRAD-TT8 CATGTGGTGGCCGAGCGACGCAGAAGAGAGAAGCTAAATGAGAGATTCATAACGTTGAGA 3148
BjuA.TT8.v CATGTGGTGGCCGAGCGACGCAGAAGAGAGAAGCTAAATGAGAGATTCATAACGTTGAGA 3145
BjuA.TT8.h CATGTGGTGGCCGAGCGACGCAGAAGAGAGAAGCTAAATGAGAGATTCATAACGTTGAGA 4424
BjuB.TT8.v CATGTGGTGGCTGAGCGACGCAGAAGAGAGAAGCTAAACGAGAGATTCATAACGTTGAGA 2363
BjuB.TT8.h CATGTGGTGGCTGAGCGACGCAGAAGAGAGAAGCTAAACGAGAGATTCATAACGTTGAGA 2363
*********** ************************** *********************
BRAD-TT8 TCATTGGTTCCATTTGTGACCAAGATGGATAAAGTCTCGATCCTTGGAGACACCATTGAA 3208
BjuA.TT8.v TCATTGGTTCCATTTGTGACCAAGATGGATAAAGTCTCGATCCTTGGAGACACCATTGAA 3205
BjuA.TT8.h TCATTGGTTCCATTTGTGACCAAGATGGATAAAGTCTCGATCCTTGGAGACACCATTGAA 4484
BjuB.TT8.v TCATTGGTTCCATTTGTGACCAAGATGGATAAAGTCTCAATCCTTGGAGACACCATTCAG 2423
BjuB.TT8.h TCATTGGTTCCATTTGTGACCAAGATGGATAAAGTCTCAATCCTTGGAGACACCATTCAG 2423
************************************** ****************** *
BRAD-TT8 TACGTAAACCATCTTTCTAAGAGGATACATGAGCTGGAATCTACTCATCACGAGCCAAAC 3268
BjuA.TT8.v TACGTAAACCATCTTTCTAAGAGGATACATGAGCTGGAATCTACTCATCACGAGCCAAAC 3265
BjuA.TT8.h TACGTAAACCATCTTTCTAAGAGGATACATGAGCTGGAATCTACTCATCACGAGCCAAAC 4544
BjuB.TT8.v TACGTAAACCATCTTTGTAAGAGGATCCATGAGCTAGAATCTACTCATCACGAGCCAGCA 2483
BjuB.TT8.h TACGTAAACCATCTTTGTAAGAGGATCCATGAGCTAGAATCTACTCATCACGAGCCAGCA 2483
**************** ********* ******** *********************
BRAD-TT8 CAAAAGCGGATGCGTATCGGTAAGGGAAGAACTTGGGAAGAGGTGGAGGTTTCCATTATA 3328
BjuA.TT8.v CAAAAGCGGATGCGTATCGGTAAGGGAAGAACTTGGGAAGAGGTGGAGGTTTCCATTATA 3325
BjuA.TT8.h CAAAAGCGGATGCGTATCGGTAAGGGAAGAACTTGGGAAGAGGTGGAGGTTTCCATTATA 4604
BjuB.TT8.v CATAAGCGGATGCGTATCGGTAAGGGAAGAACTTGGGAAGAGGTGGAGGTTTCCATTATA 2543
BjuB.TT8.h CATAAGCGGATGCGTATCGGTAAGGGAAGAACTTGGGAAGAGGTGGAGGTTTCCATTATA 2543
** *********************************************************
BRAD-TT8 GAGAGCGATGTTTTGTTAGAGATGAGATGCGAGTACCGAGATGGTTTATTGCTCAACATT 3388
BjuA.TT8.v GAGAGCGATGTTTTGTTAGAGATGAGATGCGAGTACCGAGATGGTTTATTGCTCAACATT 3385
BjuA.TT8.h GAGAGCGATGTTTTGTTAGAGATGAGATGCGAGTACCGAGATGGTTTATTGCTCAACATT 4664
BjuB.TT8.v GAGAGCGATGTTTTATTAGAGATGAGATGCGTGTACCGAGATGGTTTATTGCTCGACATT 2603
BjuB.TT8.h GAGAGCGATGTTTTATTAGAGATGAGATGCGTGTACCGAGATGGTTTATTGCTCGACATT 2603
************** **************** ********************** *****
BRAD-TT8 CTTCAGGTACTTAAGGAGCTGGGTATAGAGACCACTGCGGTTCACACTGCCTTGAACGAC 3448
BjuA.TT8.v CTTCAGGTACTTAAGGAGCTGGGTATAGAGACCACTGCGGTTCACACTGCCTTGAACGAC 3445
BjuA.TT8.h CTTCAGGTACTTAAGGAGCTGGGTATAGAGACCACTGCGGTTCACACTGCCTTGAACGAC 4724
BjuB.TT8.v CTTCAGGTACTTAAGGTGCTGGGTATAGAGACCACTGCGGTTCACACCGTCGTGAACGAC 2663
BjuB.TT8.h CTTCAGGTACTTAAGGTGCTGGGTATAGAGACCACTGCGGTTCACACCGTCGTGAACGAC 2663
**************** ****************************** * * ********
BRAD-TT8 AATCATTTTGAGGCAGAGATAAGGGCGAAAGTGAGAGGGAAGAAACCAACCATTGCTGAG 3508
BjuA.TT8.v AATCATTTTGAGGCAGAGATAAGGGCGAAAGTGAGAGGGAAGAAACCAACCATTGCTGAG 3505
BjuA.TT8.h AATCATTTTGAGGCAGAGATAAGGGCGAAAGTGAGAGGGAAGAAACCAACCATTGCTGAG 4784
BjuB.TT8.v CATGATTTTGAGGCAGAGATAAGGGCGAAGGTGAGAGGGAAGAAACCAACCATTGCTGAG 2723
BjuB.TT8.h CATGATTTTGAGGCAGAGATAAGGGCGAAGGTGAGAGGGAAGAAACCAACCATTGCTGAG 2723
** ************************* ******************************
BRAD-TT8 GTTAAAATAGCCATCCATCAAATCATATATAATAATAAACTCTAG 3553
BjuA.TT8.v GTTAAAATAGCCATCCATCAAATCATATATAATAATAAACTCTAG 3550
BjuA.TT8.h GTTAAAATAGCCATCCATCAAATCATATATAATAATAAACTCTAG 4829
BjuB.TT8.v GTTAAAATAGCCATCCATCAAATCATATCTCAAAATAAACTCTAG 2768
BjuB.TT8.h GTTAAAATAGCCATCCATTAAATCATATCTCAAAATAAACTCTAG 2768
****************** ********* ****************
3’UTR region
BRAD-TT8 TTCCGAGATTCTAACCTTAATGATGC-AACTTTAGAGAAGGACATGTGATCGCTTATTTA
BjuA.TT8.v TTCCGAGATTCTAACCTTAATGATGC-AACTTTAGA------
BjuA.TT8.h ------
BjuB.TT8.v TTCCTAGAATCTAACTTTACTGATGCCAACTTTAGAGAAGAACATGTGA--GCTTATTTT
BjuB.TT8.h TTCCTAGAATCTAACTTTACTGATGCCAACTTTAGAGAAGAACATGTGA--GCTTATTTT
BRAD-TT8 ATTTTAGCGTCGTCTATGCTACATTATCAGTTTCACATATACAAAATATTGTCTATGT-T
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h ------
BjuB.TT8.v ATTTTAGCGTCGTCTATGCTACATTATCAGTTTTACATATACAAA-TATTGTCTACATCT
BjuB.TT8.h ATTTTAGCGTCGTCTATGCTACATTATCAGTTTTACATATACAAA-TATTGTCTACATCT
BRAD-TT8 AC---TATATGGTGTGAATTTAAGTCGAATTAATAAATACAAAAACAAAAATTAGTAATC
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h ------
BjuB.TT8.v ATATATATATGGTGTGAATT------GTTTGAAAATT
BjuB.TT8.h ATATATATATGGTGTGAATT------GTTTGAAAATT
BRAD-TT8 AAAATTAAAGCAAAATACCCACTTAGATTATTGTTTTATTAATAGTGTGAGTTAATAAGT
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h ------
BjuB.TT8.v ACAATTAAAGCAAAATACCTACTTAGATTATTGTTTTATTAATAGTGTGAATTAATAAGT
BjuB.TT8.h ACAATTAAAGCAAAATACCTACTTAGATTATTGTTTTATTAATAGTGTGAATTAATAAGT
BRAD-TT8 AATAATC------ATTACTTGTATAGTTGTA------
BjuA.TT8.v ------
BjuA.TT8.h ------
BjuB.TT8.v AATAACCTGTTTCAAAAAAGTAATAACCATTACTTGTATATTTATAACTCCAAAATCCAA
BjuB.TT8.h AATAACCTGTTTCAAAAAAGTAATAACCATTACTTGTATATTTATAACTCCAAAATCCAA
Sequence alignment of TT8 genes characterised from A and B genome of B. junceacvsVaruna (BjuA.TT8.v, BjuB.TT8.v) and Heera (BjuA.TT8.h, BjuB.TT8.h). BRAD-TT8 is the genomic sequence of TT8 gene of B. rapafrom scaffold000135 of BRAD database. Exons are marked in capitals, introns in small case letters and UTR regions in italics capitals.