Figure S3

Sequence alignment of TT8 gene from B. rapa, B. nigra and B. junceacvsVaruna and Heera

5’UTR region
BRAD-TT8 CTCTACTGAAATATGTTATGCTTTTTTCCCAATAAAATTTTATAACATATTAAGAAGTAT

BjuA.TT8.v ------TTATAACATATTAAGAAATAT

BjuA.TT8.h ------TTATAACATATTAAGAAATAT

BjuB.TT8.v CTCTACTGAAATATGTTATACTTTTTTCCCAATAAAATATTATAACATATTAAGAAATAT

BjuB.TT8.h CTCTACTGAAATATGTTATACTTTTTTCCCAATAAAATATTATAACATATTATGAAATAT

************* *** ***

BRAD-TT8 GCATTCTGTATTCTTATATTCCAATCAGTGGATGACACGA-TTATAAGACCATT-AGGTT

BjuA.TT8.v GCATTCTGTATTCTTATATTCCAATCAGTGGATGACACGG-TTATAAGACCATT-AGGTT

BjuA.TT8.h GCATTCTGTATTCTTATATTCCAATCAGTGGATGACACGG-TTATAAGACCATT-AGGTT

BjuB.TT8.v GCATTCTGCATTTTGATTCTCCAATCAGTGGGGGACACGAATTACAAGACCATTTAGATC

BjuB.TT8.h GCATTCTGCATTTTGATTCTCCAATCAGTGGGGGACACGA-TTACAAGACCATTTAGATC

******** *** * ** ************ ****** *** ********* ** *

BRAD-TT8 TTTTTATTAATTTCATCTGTATTCTACTTTCTCATCCAACGTCTGGTGGACCAACCAGTC

BjuA.TT8.v TTTTTATTAATTTCATCTGTATTCTACTTTCTCATCCAACGTCTGGTGGACCAACCAGTC

BjuA.TT8.h TTTTTATTAATTTCATCTGTATTCTACTTTCTCATCCAACGTCTGGTGGACCAACCAGTC

BjuB.TT8.v TTTTTATT----TCATCTGTATTCTACTCTCTCATCCAACGTCTGGTGAACCAACCAGTC

BjuB.TT8.h TTTTTATT----TCATCTGTATTCTACTCTCTCATCCAACGTCTGGTGAACCAACCAGTC

******** **************** ******************* ***********

BRAD-TT8 AAAACTCATAAAAGTCAAA------ACATCTTGAGTTTTT-GGTCATGCATTTATACCC

BjuA.TT8.v AAAACTCATAAAAGTCAAA------ACATCTTGAGTTTTT-GGTCATGCATTTATACCC

BjuA.TT8.h AAAACTCATAAAAGTCAAA------ACATCTTGAGTTTTT-GGTCATGCATTTATACCC

BjuB.TT8.v AGAACTCATAAAAGTCAACTTTTACTACATCTTGAGTTTTTCAGTCATGCATTTATACCC

BjuB.TT8.h AGAACTCATAAAAGTCAACTTTTACTACATCTTGAGTTTTTCAGTCATGCATTTATACCC

* **************** *************** *****************

BRAD-TT8 ATACATAGAATTAATCTACATTAATTTACTTATGTCAGCATGTTACGAAAACATTAAAAT

BjuA.TT8.v ATACATAGAATTAATCTACATTAATTTACTTATGTCAGCATGTTACGAAAACATTAAAAT

BjuA.TT8.h ATACATAGAATTAATCTACATTAATTTACTTATGTCAGCATGTTACGAAAACATTAAAAT

BjuB.TT8.v ATACATAGAATTAATCTAGATTTCTTTACTTATGTCAGCATGTTACGAAAATATTAAAAT

BjuB.TT8.h ATACATAGAATTAATCTAGATTTCTTTACTTATGTCAGCATGTTACGAAAATATTAAAAT

****************** *** *************************** ********

BRAD-TT8 GGTATATATATATATATATACATACATACTTATATATTGAATTAGCC-GTGGTC------

BjuA.TT8.v GGTATATATATACATA----CATACATACTTATATATTGAATTAGCC-GTGGTC------

BjuA.TT8.h GGTATATATATACATA----CATACATACTTATATATTGAATTAGCC-GTGGTC------

BjuB.TT8.v GGTATATTTATACATG------CATACTGAATTAACCCGTGGTCCCAAAC

BjuB.TT8.h GGTATATTTATACATG------CATACTGAATTAACC-GTGGTCCCAAAC

******* **** ** *** ******* ** ******

BRAD-TT8 -AATTTAAATCAGCATAAAGAATATCTTCCTCTTTCATATCAAA-CTCCTTCAAGGTTGC

BjuA.TT8.v -AATTTAAATCAGCATAAAGAATATCTTCCTCTTTCATATCAAA-CTCCTTCAAAGTTGC

BjuA.TT8.h -AATTTAAATCAGCATAAAGAATATCTTCCTCTTTCATATCAAA-CTCCTTCAAAGTTGC

BjuB.TT8.v CAATTTACATCAGGATAAAGAATATCTTCCTCTTTCATATCAAAACCCCTTCAAAGTTGC

BjuB.TT8.h CAATTTACATCAGGATAAAGAATATCTTCCTCTTTCATATCAAAACCCCTTCAAAGTTGC

****** ***** ****************************** * ******* *****

BRAD-TT8 ACGATCTTACTCTCTTCATTAGAGAGAGAGAGATCGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGGGAG

BjuA.TT8.v ACGATCTTACTCTCTTCATTAGAGAGAGAGACA------GAGGGGGAG

BjuA.TT8.h ACGATCTTACTCTCTTCATTAGAGAGAGAGACA------GAGGGGGAG

BjuB.TT8.v AAGATCTTACTCTCTTAATTAGAGACAGGGA------

BjuB.TT8.h AAGATCTTACTCTCTTAATTAGAGACAGGGA------

* ************** ******** ** **

BRAD-TT8 AAAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGGGAGAGAGAGAGAG

BjuA.TT8.v AGAGAGAGGGAGAGGGAGAGAGAGATAGAGA------

BjuA.TT8.h AGAGAGAGGGAGAGGGAGAGAGAGATAGAGA------

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 GTAGAGAGAGGGATAATACAGGTTTTCATCTCGGGGAAAG

BjuA.TT8.v -TAGAGAGAGGGATAATACAGGTTTTCATCTCGGGGAAAG

BjuA.TT8.h -TAGAGAGAGGGATAATACAGGTTTTCATCTCGGGGAAAG

BjuB.TT8.v -----GAGAGGGCTAATAAAGGTTTTCATCTCGGGGAAAG

BjuB.TT8.h -----GAGAGGGCTAATAAAGGTTTTCATCTCGGGGAAAG

******* ***** *********************

ORF

+1

BRAD-TT8 ATGGATGAATTAAGTATTATACCGTTATGGAAAGTGATCGGGGCTGAGAAAGAAGAGATT 60

BjuA.TT8.v ATGGATGAATTAAGTATCATACCGTTATGGAAAGTGATCGGGGCTGAGAAAGAAGAGATT 60

BjuA.TT8.h ATGGATGAATTAAGTATCATACCGTTATGGAAAGTGATCGGGGCTGAGAAAGAAGAGATT 60

BjuB.TT8.v ATGGATGAATCAAGTATTATACAGGTATGGAAAGTGATCGGAGCTGAGGAAAAAGAGATT 60

BjuB.TT8.h ATGGATGAATCAAGTATTATACAGGTATGGAAAGTGATCGGAGCTGAGGAAAAAGAGATT 60

********** ****** **** * **************** ****** ** ********

BRAD-TT8 CAAGGGCTACTTAAGGCGGTGGTGCAATCTGTGGGGTGGACTTATAGTGTCTTCTGGCAA 120

BjuA.TT8.v CAAGGGCTACTTAAGGCGGTGGTGCAATCTGTGGAGTGGACTTATAGTGTCTTCTGGCAA 120

BjuA.TT8.h CAAGGGCTACTTAAGGCGGTGGTGCAATCTGTGGAGTGGACTTATAGTGTCTTCTGGCAA 120

BjuB.TT8.v CAAGGGCTACTTAAGGCGGTGGTACAATCTGTGGGGTGGACTTATAGTCTCTTCTGGCAA 120

BjuB.TT8.h CAAGGGCTACTTAAGGCGGTGGTACAATCTGTGGGGTGGACTTATAGTCTCTTCTGGCAA 120

*********************** ********** ************* ***********

BRAD-TT8 CTTTGTCCTCAACGAAGgttcactttcttttcatttcatccatctctcacagtatataaa 180

BjuA.TT8.v CTTTGTCCTCAACGAAGgttcactttcttttcattttatccatctctcacagtatataaa 180

BjuA.TT8.h CTTTGTCCTCAACGAAGgttcactttcttttcattttatccatctctcacagtatataaa 180

BjuB.TT8.v CTTTGTCCTCAACGAAGgttc----tcttttcatttcatccatctctcacaatatat--- 173

BjuB.TT8.h CTTTGTCCTCAACGAAGgttc----tcttttcatttcatccatctctcacaatatat--- 173

********************* *********** ************** *****

BRAD-TT8 gcaatatagttatctttattaattataataagtagaagtgactaaatgttaaatcgatta 240

BjuA.TT8.v gcaatatagtaatctttattaattataataagtagaagtgactaaatgttaaatcgatta 240

BjuA.TT8.h gcaatatagtaatctttattaattataataagtagaagtgactaaatgttaaatcgatta 240

BjuB.TT8.v ------ttataatccttatcaattataataagtagaagtgaccaaatgttaaatcgatta 227

BjuB.TT8.h ------ttataatccttatcaattataataagtagaagtgaccaaatgttaaatcgatta 227

* * *** **** ********************** *****************

BRAD-TT8 gGAAATTGATGTGGAGTAGTGGATACTACAACGGCGCAATAAAGACTAGAAAGACAACTC 300

BjuA.TT8.v gGAAATTGATGTGGAGTAGTGGATACTACAACGGCGCAATAAAGACTAGAAAGACAACTC 300

BjuA.TT8.h gGAAATTGATGTGGAGTAGTGGATACTACAACGGCGCAATAAAGACTAGAAAGACAACTC 300

BjuB.TT8.v gGAAATTGGTGTGGAGTAGTGGATTCTACAACGGTGCAATAAAGACTAGAAAGACAACTC 287

BjuB.TT8.h gGAAATTGGTGTGGAGTAGTGGATTCTACAACGGTGCAATAAAGACTAGAAAGACAACTC 287

******** *************** ********* *************************

BRAD-TT8 AGCCGGCGGAAGTTACGGCTGAAGAGGCTGCGTCGGAGAGAAGCCAACAGCTCATGGAGC 360

BjuA.TT8.v AGCCGGCGGAAGTTACGGCTGAAGAGGCTGCGTCGGAGAGAAGCCAACAGCTCATGGAGC 360

BjuA.TT8.h AGCCGGCGGAAGTTACGGCTGAAGAGGCTGCGTCGGAGAGAAGCCAACAGCTCATGGAGC 360

BjuB.TT8.v AGCCGGCGGAAGTTACGGCTGAAGAGGCTGCGTTGGAGAGAACCCAACAGCTCATGGAGC 347

BjuB.TT8.h AGCCGGCGGAAGTTACGGCTGAAGAGGCTGCGTTGGAGAGAACCCAACAGCTCATGGAGC 347

********************************* ******** *****************

BRAD-TT8 TTTACGAGACGCTTTTTGCTGGAGAATCATCGATGGAAGCGAGGGCTTGCACAGCACTGT 420

BjuA.TT8.v TTTACGAGACGCTTTTTGCTGGAGAATCATCGATGGAAGCGAGGGCTTGCACAGCACTGT 420

BjuA.TT8.h TTTACGAGACGCTTTTTGCTGGAGAATCATCGATGGAAGCGAGGGCTTGCACAGCACTGT 420

BjuB.TT8.v TTTACCAGACGCTTTTTTCCGGAGAATCATCGATGGAAGCGAGGGCTTGCACAGCACTGT 407

BjuB.TT8.h TTTACCAGACGCTTTTTTCCGGAGAATCATCGATGGAAGCGAGGGCTTGCACAGCACTGT 407

***** *********** * ****************************************

BRAD-TT8 CGCCGGAGGATTTGACAGATCCTGAATGGTTTTATGTGCTGTGTTTCACTTACTCTTTCG 480

BjuA.TT8.v CGCCGGAGGATTTGACGGATCCTGAATGGTTTTATGTGCTGTGTTTCACTTACTCTTTCG 480

BjuA.TT8.h CGCCGGAGGATTTGACGGATCCTGAATGGTTTTATGTGCTGTGTTTCACTTACTCTTTCG 480

BjuB.TT8.v CGCCGGAGGATTTGACGGACACTGAGTGGTTTTATGTGCTGTGTTTCACTTACTCTTTTG 467

BjuB.TT8.h CGCCGGAGGATTTGACGGACACTGAGTGGTTTTATGTGCTGTGTTTCACTTACTCTTTTG 467

**************** ** **** ******************************** *

BRAD-TT8 AACCTCCTTCTGGgtacaacaactctctctctgt----cttcaaagttttttttttcttt 536

BjuA.TT8.v AACCTCCTTCTGGgtacaacaactctctctctgt----cttcaaagttttttttttcttt 536

BjuA.TT8.h AACCTCCTTCTGGgtacaacaactctctctctgt----cttcaaagttttttttttcttt 536

BjuB.TT8.v AACCTCCTTCTGGgtacaacaactctctctctctatctcttcaaagttttttttttcttt 527

BjuB.TT8.h AACCTCCTTCTGGgtacaacaactctctctctctatctcttcaaagttttttttttcttt 527

******************************** * **********************

BRAD-TT8 tcaaaaagactactcagagtttcttaatttgtctttttcatcttctcttagagaagacaa 596

BjuA.TT8.v tcaaaaagactactcaaagtttcttaatttgtctttttcatctgctcttagagaagacaa 596

BjuA.TT8.h tcaaaaagactactcaaagtttcttaatttgtctttttcatctgctcttagagaagacaa 596

BjuB.TT8.v tcaaaaagactactcagagtttcttaatttgtctttttcatcttctcttagtgaagacaa 587

BjuB.TT8.h tcaaaaagactactcagagtttcttaatttgtctttttcatcttctcttagtgaagacaa 587

**************** ************************** ******* ********

BRAD-TT8 aaatagtattgtgtgttaaatgcgaatcacaaatactatggaagcattaaagacaaactg 656

BjuA.TT8.v aaatagtattgtgtgttaaatgcgaatcacaaatactatggaagcattaaagacaaactg 656

BjuA.TT8.h aaatagtattgtgtgttaaatgcgaatcacaaatactatggaagcattaaagacaaactg 656

BjuB.TT8.v aaatagcattgtgtgttaaatgcgaatcacaaatactatggaagcattaaagacaaactg 647

BjuB.TT8.h aaatagcattgtgtgttaaatgcgaatcacaaatactatggaagcattaaagacaaactg 647

****** *****************************************************

BRAD-TT8 gggagtttaagttactgaaagtagaaatgtattgaagtttgtaaaaacgtacacttcatt 716

BjuA.TT8.v gggagtttaagttactgaaagtagaaatgtattgaagtttgtaaaaacgtacacttcatt 716

BjuA.TT8.h gggagtttaagttactgaaagtagaaatgtattgaagtttgtaaaaacgtacacttcatt 716

BjuB.TT8.v gggagtttaagttactgaaagaagaaatgtattaaagtttgtgaaaacgtacacttcatt 707

BjuB.TT8.h gggagtttaagttactgaaagaagaaatgtattaaagtttgtgaaaacgtacacttcatt 707

********************* *********** ******** *****************

BRAD-TT8 ttggtgaacataattggaccgttgagat--tcttattggtttgtttattgattatctaaa 774

BjuA.TT8.v ttggtgaacctaattggaccgttgagat--tcttattggtttgtttattgattatctaaa 774

BjuA.TT8.h ttggtgaacctaattggaccgttgagat--tcttattggtttgtttattgattatctaaa 774

BjuB.TT8.v ttggtgaacatatctggaccgttgagatgatcttattggtttgtttattgattatctaaa 767

BjuB.TT8.h ttggtgaacatatctggaccgttgagatgatcttattggtttgtttattgattatctaaa 767

********* ** ************** ******************************

BRAD-TT8 gtaggagcatatatagatgataaatgcatataaaagtgtgttagttatcggtataattaa 834

BjuA.TT8.v gtaggagcatatatagatgataaatgcataacaaagtgtgttagttatcggtataattaa 834

BjuA.TT8.h gtaggagcatatatagatgataaatgcataacaaagtgtgttagttatcggtataattaa 834

BjuB.TT8.v gtagaagcat----agatgataaatgcataacaaagtgtgttagttatcggtataattaa 823

BjuB.TT8.h gtagaagcat----agatgataaatgcataacaaagtgtgttagttatcggtataattaa 823

**** ***** **************** ****************************

BRAD-TT8 tgttttttctctatggaggaacaaa-tcaaaatataa-tgtggaagtattaatttgtagG 892

BjuA.TT8.v tgttttttctctatggaggaacaaa-tcaaaatataa-tgtggaagtattaatttgtagG 892

BjuA.TT8.h tgttttttctctatggaggaacaaa-tcaaaatataa-tgtggaagtattaatttgtagG 892

BjuB.TT8.v tgttttttctctatggaggaaaaaaatcaaaatataaatgtggaagtattaatttgtagG 883

BjuB.TT8.h tgttttttctctatggaggaaaaaaatcaaaatataaatgtggaagtattaatttgtagG 883

********************* *** *********** **********************

BRAD-TT8 ATGCCAGGAAAAGCGTATGCGAGGAGGAAGCACATATGGCTACGTGGTGCAAATGAGGTT 952

BjuA.TT8.v ATGCCAGGAAAAGCGTATGCGAGGAGGAAGCACATATGGCTAAGTGGTGCAAATGAGGTT 952

BjuA.TT8.h ATGCCAGGAAAAGCGTATGCGAGGAGGAAGCACATATGGCTAAGTGGTGCAAATGAGGTT 952

BjuB.TT8.v ATGCCAGGAAAGGCGTATGCCAGGAGGAAGCACGTATGGATAAGTGGTGCAAATGAGGTT 943

BjuB.TT8.h ATGCCAGGAAAGGCGTATGCCAGGAGGAAGCACGTATGGATAAGTGGTGCAAATGAGGTT 943

*********** ******** ************ ***** ** *****************

BRAD-TT8 GACAATAAAATCTTCTCTAGGGCTATTTCTGCAAAGgttcacatc-ttttattcattcac 1011

BjuA.TT8.v GACAATAAAATCTTCTCTAGGGCTATTTCTGCAAAGgttcacatc-ttcta--cattcac 1009

BjuA.TT8.h GACAATAAAATCTTCTCTAGGGCTATTTCTGCAAAGgttcacatc-ttcta--cattcac 1009

BjuB.TT8.v GACAGTAAAATCTTCTCTAGGGCTATTTCTGCAAAGgtttatttccttttattcattcac 1003

BjuB.TT8.h GACAGTAAAATCTTCTCTAGGGCTATTTCTGCAAAGgtttatttccttttattcattcac 1003

**** ********************************** * ** ** ** *******

BRAD-TT8 cactacactgtgcatctacttctacttatttagatatatgcaattttatacatctcattc 1071

BjuA.TT8.v cactacactgtgcatctacttctacttatttagatttatgcaattttatatatctcattc 1069

BjuA.TT8.h cactacactgtgcatctacttctacttatttagatttatgcaattttatatatctcattc 1069

BjuB.TT8.v cactacactgtgtatttacttgtacttatttagatatacgcaattttatatatctcattc 1063

BjuB.TT8.h cactacactgtgtatttacttgtacttatttagatatacgcaattttatatatctcattc 1063

************ ** ***** ************* ** *********** *********

BRAD-TT8 tgcaaactaattaattttatcttcttctttacttgaatgctct--ttccacattagAGTG 1129

BjuA.TT8.v tgcaaactaattaattttatcttcttctttacttgaatgctctctttccacattagAGTG 1129

BjuA.TT8.h tgcaaactaattaattttatcttcttctttacttgaatgctctctttccacattagAGTG 1129

BjuB.TT8.v ttcaaactaattaattt-atcttcttctttacttgaatgctct--ttctacattagAGTG 1120

BjuB.TT8.h ttcaaactaattaattt-atcttcttctttacttgaatgctct--ttctacattagAGTG 1120

* *************** ************************* *** ***********

BRAD-TT8 CCAAAATTCAGgtaaattttgct-ttattaattatttatttatttttcgtagaaatgaaa 1188

BjuA.TT8.v CCAAAATTCAGgtaaattttgct-ttattaattaattatttaattttcgtagaaatgaaa 1188

BjuA.TT8.h CCAAAATTCAGgtaaattttgct-ttattaattaattatttaattttcgtagaaatgaaa 1188

BjuB.TT8.v CCAAAATTCAGgtaaatgttgccgttattaattgattatttcattttcgtagaaatgaaa 1180

BjuB.TT8.h CCAAAATTCAGgtaaatgttgccgttattaattgattatttcattttcgtagaaatgaaa 1180

***************** **** ********* ****** *****************

BRAD-TT8 ggtatcaattaataaagttattttacatatttgacaattgttttgtgatgaaaaaaaaaa 1248

BjuA.TT8.v ggtatcaattaataaagttattttacatatttgacaattgttttgtgatgaaaaaaataa 1248

BjuA.TT8.h ggtatcaattaataaagttattttacatatttgacaattgttttgtgatgaaaaaaataa 1248

BjuB.TT8.v ggtatcaattaataaagttattttacatatttgagaattgttttgtgatgaaaaaca-aa 1239

BjuB.TT8.h ggtatcaattaataaagttattttacatatttgagaattgttttgtgatgaaaaaca-aa 1239

********************************** ******************** * **

BRAD-TT8 caaaaaaaaatcagACAGTGGTTTGCATTCCCGTGCTTGATGGCGTTTTGGAACTAGGCA 1308

BjuA.TT8.v taataa----tcagACAGTGGTTTGCATTCCCGTGCTTGATGGCGTTTTGGAACTAGGCA 1304

BjuA.TT8.h taataa----tcagACAGTGGTTTGCATTCCCGTGCTTGATGGCGTTTTGGAACTAGGCA 1304

BjuB.TT8.v taaaaa-----cagACAATGGTTTGCATTCCCGTGCTTGATGGCGTTTTGGAACTCGGCA 1294

BjuB.TT8.h taaaaa-----cagACAATGGTTTGCATTCCCGTGCTTGATGGCGTTTTGGAACTCGGCA 1294

** ** ****** ************************************* ****

BRAD-TT8 CAACGAACAAGgtaaaaatctctatttatgtcggtacccaaaatgtagtcgaatatattc 1368

BjuA.TT8.v CAACGAACAAGgtaaaaatctctatttctgtcggtacccaaaatatagtcgaatatattc 1364

BjuA.TT8.h CAACGAACAAGgtaaaaatctctatttctgtcggtacccaaaatatagtcgaatatattc 1364

BjuB.TT8.v CAACGAACAAGgtaaat-tctctatttatgtcggtaca-aaaatgtagacgagtacatcc 1352

BjuB.TT8.h CAACGAACAAGgtaaat-tctctatttatgtcggtaca-aaaatgtagacgagtacatcc 1352

**************** ********* ********* ***** *** *** ** ** *

BRAD-TT8 agctcattctatatgttacttagatcatctccaaaaagactatatatggtaaagtttcca 1428

BjuA.TT8.v agctcattctatatgttactttgagtatctccaaaaagactatatatggtaaagtttcca 1424

BjuA.TT8.h agctcattctatatgttactttgagtatctccaaaaagactatatatggtaaagtttcca 1424

BjuB.TT8.v agctcgttctatat--tacttcga------1374

BjuB.TT8.h agctcgttctatat--tacttcga------1374

***** ******** ***** **

BRAD-TT8 aaattctatattcaaagtttcaaagtgcttttctc-caacaacaaaattttaaatttaac 1487

BjuA.TT8.v aaattctatattcgaagttttaaggtatttttttttcaaaaacaaaatttcaaatttaac 1484

BjuA.TT8.h aaattctatattcgaagttttaaggtatttttttttcaaaaacaaaatttcaaatttaac 1484

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ttcaaaattatttgtaatttacagtatgatccttatacttatcataattaatataaatac 1547

BjuA.TT8.v tttaaaattatttgtaatttacaatatgatccttatacttatcataattaatataaatac 1544

BjuA.TT8.h tttaaaattatttgtaatttacaatatgatccttatacttatcataattaatataaatac 1544

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ataaaacttttataaataactagcacatataaaaaatattataataatattaattaataa 1607

BjuA.TT8.v ataaaacttttataaataactagcacatataaaaaatattacaataatattaattaataa 1604

BjuA.TT8.h ataaaacttttataaataactagcacatataaaaaatattacaataatattaattaataa 1604

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 attcttacactaaaatataaaattattaacaaaaatacataattaaatattaaaatacaa 1667

BjuA.TT8.v attcttacactaaaatataaaattattaacaaaaatacataattaaatattaaa-tacaa 1663

BjuA.TT8.h attcttacactaaaatataaaattattaacaaaaatacataattaaatattaaa-tacaa 1663

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 gcaaaatatcacattagtcaataaaattatttctgcaatgatccatcttcggttacacaa 1727

BjuA.TT8.v gcaaaatatcacattagtcaataaaattatttctgcaatgctccattttcggttacacaa 1723

BjuA.TT8.h gcaaaatatcacattagtcaataaaattatttctgcaatgctccattttcggttacacaa 1723

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 aatttgtttgaaaaatattctagagcttctggaaaaaatttactagactattagtgttat 1787

BjuA.TT8.v aatttgtttggaaaatattttggagcttctggagcaaatttactagactattagtgttat 1783

BjuA.TT8.h aatttgtttggaaaatattttggagcttctggagcaaatttactagactattagtgttat 1783

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 tgtaatatttaaatttgtgcaataactatgtcttcatgtatttttttaaaaatgtttatt 1847

BjuA.TT8.v tgtaatatttaaatttgtgcaataattatgtcttcatgtatttttt-aaaaatgttt-tt 1841

BjuA.TT8.h tgtaatatttaaatttgtgcaataattatgtcttcatgtatttttt-aaaaatgttt-tt 1841

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 tattgagttttttttttgtaatat-cttgttgtgtaattttagttataaaatattataaa 1906

BjuA.TT8.v tattaagtttttttt--gtaatattctttttgtgtaattttagttataaaatattataaa 1899

BjuA.TT8.h tattaagtttttttt--gtaatattctttttgtgtaattttagttataaaatattataaa 1899

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 tcttaacttaaaatttttatttaattttatgtgtaaattttgaatttaaaaagtaatttt 1966

BjuA.TT8.v tcttaacttaaaatttttgtttaattttatgcgtaaattttgaatttgaaaagtaatttt 1959

BjuA.TT8.h tcttaacttaaaattttagtttaattttatgcgtaaattttgaatttaaaaagtaatttt 1959

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 gaaatatttatgaaataaaaatgtcttaaagattgataagataaatgagaaaatatttaa 2026

BjuA.TT8.v gaaatatttatgatataaaaatgttttaaagattaataagataaatgagaaaatatttaa 2019

BjuA.TT8.h gaaatatttatgatataaaaatgttttaaagattaataagataaatgagaaaatatttaa 2019

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 aaattattaatataatgtgtaattaatta--aagaccaaaatacaaataaaaagaagaaa 2084

BjuA.TT8.v aaatcattaatataatgtgtaattaattataaggaccaaaatacaaataaaaagaaaaaa 2079

BjuA.TT8.h aaatcattaatataatgtgtaattaattataaggaccaaaatacaaataaaaagaaaaaa 2079

BjuB.TT8.v ------caaataaagaaaa---- 1387

BjuB.TT8.h ------caaataaagaaaa---- 1387

******** * **

BRAD-TT8 ttccaaatttggagttttgagtagtgaacttcaaatatgaagtttcattctttaaaactc 2144

BjuA.TT8.v ttctaaatttggagttttgagtagtgaacttcaaatatgaagtttcattctttaaaactc 2139

BjuA.TT8.h ttctaaatttggagttttgagtagtgaacttcaaatatgaagtttcattctttaaaactc 2139

BjuB.TT8.v ------ata------1390

BjuB.TT8.h ------ata------1390

***

BRAD-TT8 taaattctaagtttgaagttttgaagttattttttggagagaaaaaattctatatttgaa 2204

BjuA.TT8.v aaaattctaagtttgaagttttaaagttatattttggagagaaaaaactttatatttgaa 2199

BjuA.TT8.h aaaattctaagtttgaagttttaaagttatattttggagagaaaaaactttatatttgaa 2199

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 gttatagagtttcatttggagatattcttagagaaataaaaa-aaatatatacagaaaca 2263

BjuA.TT8.v gtcatagagtttcatttggagatgttattagagaaaaaaaaatatatatatacagaaaca 2259

BjuA.TT8.h gtcatagagtttcatttggagatgttattagagaaaaaaaaatatatatatacagaaaca 2259

BjuB.TT8.v ------atatacagacaca 1403

BjuB.TT8.h ------atatacagacaca 1403

********* ***

BRAD-TT8 tcaaccatt-cgcagtcatatgataaaaaa-tatagttttcgattacattaaatacacaa 2321

BjuA.TT8.v tcaaccctt-cgcagtcatatgataaaaaaatatagttttcgattacattaaatacacaa 2318

BjuA.TT8.h tcaaccctt-cgcagtcatatgataaaaaaatatagttttcgattacattaaatagacaa 2318

BjuB.TT8.v tcaaccatttcgcagtcatatgataaaaaa-tatagttatttcatacattatatacacaa 1462

BjuB.TT8.h tcaaccatttcgcagtcatatgataaaaaa-tatagttatttcatacattatatacacaa 1462

****** ** ******************** ******* * ******* *** ****

BRAD-TT8 ccaaattatgtaaaactaaacaacctaatgaaaatatgcataagcgggagaaccagggag 2381

BjuA.TT8.v ccaaattatgtaaaactatacaacctaatgaaaatatgcataagcgggagaaccagggag 2378

BjuA.TT8.h ccaaattatgtaaaactatacaacctaatgaaaatatgcataagcgggagaaccagggag 2378

BjuB.TT8.v gcaaatgatgtcaaaatacacaacctaatgaaaa-----ata------1499

BjuB.TT8.h gcaaatgatgtcaaaatacacaacctaatgaaaa-----ata------1499

***** **** *** ** *************** ***

BRAD-TT8 atgaatgtatgatatattgtgtttgtatgtgaagGTCAAAGAGAGTGAAGAGTTTGTTGA 2441

BjuA.TT8.v atggatgcatgatatattgtgtttgtatgtgaagGTCAAAGAGAGTGAAGAGTTTGTTGA 2438

BjuA.TT8.h atggatgcatgatatattgtgtttgtatgtgaagGTCAAAGAGAGTGAAGAGTTTGTTGA 2438

BjuB.TT8.v -----tgcgtgatatgttgtgtttatatgtgaagGTCAAAGAAAGTGAAGAGTTTGTTGA 1554

BjuB.TT8.h -----tgcgtgatatgttgtgtttatatgtgaagGTCAAAGAAAGTGAAGAGTTTGTTGA 1554

** ****** ******** ***************** *****************

BRAD-TT8 GCACATAAAGAGTTTCTTCCACAACCACCCGAAGTCAAACACTAAGCCTACTCTTTCTGA 2501

BjuA.TT8.v GCACATAAAGAGTTTCTTCCACAACCACCCGAAGTCAAACACTAAGCCTACTCTTTCTGA 2498

BjuA.TT8.h GCACATAAAGAGTTTCTTCCACAACCACCCGAAGTCAAACACTAAGCCTACTCTTTCTGA 2498

BjuB.TT8.v GCACATAAAGAGTTTCTTCCACAACCACCCGAAGTCAAACACTAAGCCTGCTCTTTTTGA 1614

BjuB.TT8.h GCACATAAAGAGTTTCTTCCACAACCACCCGAAGTCAAACACTAAGCCTGCTCTTTTTGA 1614

************************************************* ****** ***

BRAD-TT8 ACACTTCATCAACGAAGAGCACGAAGAAGACGAAGAAGAAGTAGAAGAAGAAGAAATGAC 2561

BjuA.TT8.v ACACTTCATCAACGAAGAGCATGAAGAAGACGAAGAAGAAGTAGAAGAAGAAGAAATGAC 2558

BjuA.TT8.h ACACTTCATCAACGAAGAGCATGAAGAAGACGAAGAAGAAGTAGAAGAAGAAGAAATGAC 2558

BjuB.TT8.v ACACTCAATCAACGAAGAGCATGAAGAAG------TAGAAGAAGAAGAAATGAC 1662

BjuB.TT8.h ACACTCAATCAACGAAGAGCATGAAGAAG------TAGAAGAAGAAGAAATGAC 1662

***** ************** ******* *******************

BRAD-TT8 AATGTCAGAAGAGATAAGACTTGGTTCTCCTGATGACGATGACGTCTCCAATCAAAATCT 2621

BjuA.TT8.v AATGTCAGAAGAGATAAGACTTGGTTCTCCTGATGACGATGACGTCTCCAATCAAAATCT 2618

BjuA.TT8.h AATGTCAGAAGAGATAAGACTTGGTTCTCCTGATGACGATGACGTCTCCAATCAAAATCT 2618

BjuB.TT8.v AATGTCAGAGGAGATAAGACTTGGTTCTCCTGATGACGATGACGTCTCCAATCAAAATCT 1722

BjuB.TT8.h AATGTCAGAGGAGATAAGACTTGGTTCTCCTGATGACGATGACGTCTCCAATCAAAATCT 1722

********* **************************************************

BRAD-TT8 ACTCTCTGATTTCCATATAGAAGCAACCAATAGTTTAGgtataccgtacac------2672

BjuA.TT8.v ACTCTCTGATTTCCATATAGAAGCAACCAATAGTTTAGgtataccgtacac------2669

BjuA.TT8.h ACTCTCTGATTTCCATATAGAAGCAACCAATAGTTTAGgtataccgtacac------2669

BjuB.TT8.v AATCTCTGATTTTCATATAGAAGCAACCAATAGTTTAGgtataccgtacacctttcttat 1782

BjuB.TT8.h AATCTCTGATTTTCATATAGAAGCAACCAATAGTTTAGgtataccgtacacctttcttat 1782

* ********** **************************************

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h ------

BjuB.TT8.v tacgttaaattagaataacattttaattaattttctaataatatatttttaaatctgctc 1842

BjuB.TT8.h tacgttaaattagaataacattttaattaattttctaataatatatttttaaatctgctc 1842

BRAD-TT8 ------acctttcttattaca 2687

BjuA.TT8.v ------acctttcttattaca 2684

BjuA.TT8.h ------acctttcttattaca 2684

BjuB.TT8.v tctgatttccatatagaagcaaccaatagtgtaggtataccgtgcacctttcctgttaca 1902

BjuB.TT8.h tctgatttccatatagaagcaaccaatagtgtaggtataccgtgcacctttcctgttaca 1902

******* * *****

BRAD-TT8 ttaaattagttaacaatatcattataattaattttctaataataaattttttaaactggt 2747

BjuA.TT8.v ttaaattagttaacaatatcattataattaattttctaataataaattttttaaactggt 2744

BjuA.TT8.h ttaaattagttaacaatatcattataattaattttctaataataaattttttaaactggt 2744

BjuB.TT8.v ttaaattagttaacaatatcattataattaatttcctaacaatatagatttttaagtgtt 1962

BjuB.TT8.h ttaaattagttaacaatatcattataattaatttcctaacaatatagatttttaagtgtt 1962

********************************** **** **** * **** ** ** *

BRAD-TT8 tctcatgtctggtaattctaacatctatcattgtataaatagATACACACATGGACATGA 2807

BjuA.TT8.v tctcatgtctggtaattctaacatctatcattgtataaatagATACACACATGGACATGA 2804

BjuA.TT8.h tctcatgtctggtaattctaacatctatcattgtataaatagATACACACATGGACATGA 2804

BjuB.TT8.v tctcatgtctggtaattctaacatctatcattgtatatatagATACACATATGGACATGA 2022

BjuB.TT8.h tctcatgtctggtaattctaacatctatcattgtatatatagATACACATATGGACATGA 2022

************************************* *********** **********

BRAD-TT8 TGAATCTAATGGAGGAAGGCGGAAATTATTCTCAGACAGTATCAACACTTCTCATGTCAC 2867

BjuA.TT8.v TGAATCTAATGGAGGAAGGAGGAAATTATTCTCAGACAGTATCAACACTTCTCATGTCAC 2864

BjuA.TT8.h TGAATCTAATGGAGGAAGGAGGAAATTATTCTCAGACAGTATCAACACTTCTCATGTCAC 2864

BjuB.TT8.v TGAATCTAATGGAGGAAGGCGGAAAATATTCTCAGACAGTATCAACACTTCTCATGTCAC 2082

BjuB.TT8.h TGAATCTAATGGAGGAAGGCGGAAAATATTCTCAGACAGTATCAACACTTCTCATGTCAC 2082

******************* ***** **********************************

BRAD-TT8 AACCCACAAGTCTTCTTTCAGATTCAGTTTCCACATCTTCTTACGTTCAATCATCGTTTG 2927

BjuA.TT8.v AACCCACAAGTCTTCTTTCAGAATCAGTTTCCACATCTTCTTACGTTCAATCATCGTTTG 2924

BjuA.TT8.h AACCCACAAGTCTTCTTTCAGAATCAGTTTCCACATCTTCTTACGTTCAATCATCGTTTG 2924

BjuB.TT8.v AACCCACCAGTCTTCTTTCAGATTCAGTTTCCACATCTTCTTACGTTCAATCATCGTTTG 2142

BjuB.TT8.h AACCCACCAGTCTTCTTTCAGATTCAGTTTCCACATCTTCTTACGTTCAATCATCGTTTG 2142

******* ************** *************************************

BRAD-TT8 TCTCGTGGAGAGTTGAGAATGTCAAAGAGCATCAGCAATATCAGCGAGTGGAGAAAGCGG 2987

BjuA.TT8.v TCTCGTGGAGAGTTGAGAATGTCAAAGAGCATCAGCAATATCAGCGAGTGGAGAAAGCGG 2984

BjuA.TT8.h TCTCGTGGAGAGTTGAGAATGTCAAAGAGCATCAGCAATATCAGCGAGTGGAGAAAGCGG 2984

BjuB.TT8.v TCTCGTGGAGAGTTGAGAATGTCAAAGAGCATCAGCAATATCAGCGAGTGGAGAAAGCGT 2202

BjuB.TT8.h TCTCGTGGAGAGTTGAGAATGTCAAAGAGCATCAGCAATATCAGCGAGTGGAGAAAGCGT 2202

***********************************************************

BRAD-TT8 CGTGGTCATCGTCGCAATGGATGCTCAAACACATAATCTTGAAAGTTCCTTTCCTCCACG 3047

BjuA.TT8.v CGTGGTCATCGTCGCAATGGATGCTCAAACACATAATCTTGAAAGTTCCTTTCCTCCACG 3044

BjuA.TT8.h CGTGGTCATCGTCGCAATGGATGCTCAAACACATAATCTTGAAAGTTCCTTTCCTCCACG 3044

BjuB.TT8.v CGTCGTCGTCGTCTCAATGGATGCTCAAACACATAATCTTGAGAGTTCCTTTCCTCCACG 2262

BjuB.TT8.h CGTCGTCGTCGTCTCAATGGATGCTCAAACACATAATCTTGAGAGTTCCTTTCCTCCACG 2262

*** *** ***** **************************** *****************

BRAD-TT8 AC------3049

BjuA.TT8.v AC------3046

BjuA.TT8.h TCCCGTCGTCCCTCTTCTGTATCTTCTCCGGTGGCCGACGGTGGGCCTCGTCCCGTCGGT 3104

BjuB.TT8.v AC------2264

BjuB.TT8.h AC------2264

*

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h CGCCACCCCCACTTCGCCCCGCCGTATCCAATCCTCTCCCTGTCAAGATACGGTCACTTC 3164

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h ACCTCCTCTTTGCTTCTCCTTCTCTGGTTTTCACCGGATTGCGGCCGGATCCGGTGACCA 3224

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h AATCGATTTTTGGGTGTGTCCCCAATGTCTCTGGAGAGAGGGCGAGGTCGTGACTGTCCG 3284

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h GAAGCTTACAGGAGGCACCAATTGTTTTGTAGATCTAGGGTTTGTTTTGTCGCGGTTCTG 3344

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h GGTCAGATCTGTGTCGGAGGTTTGCCGGACCGAGAGCGTCGCTGCCTCTCTTCCACCGGG 3404

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h TTTATCGCCTCCTCTGCTCTCCCCTGTCTCTCTCTCTTCGGTTGCTGTTGCAGGTGCTTC 3464

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h CCCATCTTCGTACTCTGGTCCGAGATGTAAAGGCGAGTCTGAGGAACTCGTTGGGGACCT 3524

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h CCTCCCGTTCTGATGTCTGAGCATTTACCATGGTGTTTGGTTGGTGATCCTTTCGATGGG 3584

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h TTCAAGATGGTCTAGGGTTCGTGCCGTTCTCTCTTTCGTCAGATCTCCATAGTCGGGTCT 3644

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h AGCCTCTCTTCCACCTGCTGATTGGAGCTTTTTCGTCTCCTCCGCCCTTCAAGTTTCAGA 3704

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h AGGAAGCCGTCAGCCGTTACCTGCCTTTCCGATGCTCTGCAGCCAATCCTTCTGTGCGGT 3764

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h ACTTGCGTGATGGGACCGGAGCTGAGCTGTATAACCTCCGCTTCCATCAGCCTGTCCCTC 3824

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h ACCTGCTCTTCATCTCCTGGCTTATTTGTGTTGGGTGGGACTCACAGGGACACGCCTTGC 3884

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h CGTCTTCTGGAGTGGACAGCGTCTGGAGTAGATTTCACTGGGTCTCGAAGGCCGGACCCA 3944

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h AGGCTTGGTCTCCCTTGCTTCGCCTGTCGCCCCTGTTGGAGTCGCCTTCGGGATGGTCTG 4004

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h CGGGTCCTTGGACCATTCTCCGGTTGAATCCTCCATTGATCTCTGTTGTTTGATGCAGGT 4064

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h CCCGGCATCATGTCTGTTCCGAGATCTACTGAAGCTAAATGTTTGCTCCTGGTATCTTCA 4124

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h ATTGTCAAGCTTTGGTCACATTCTTTGATTGTGATCAAACCTTTCATTGTCCTAGAAGAG 4184

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h TCTTTTTTACCTTTTTTTGTGGCTCTTTTAGGCAGCTTGCTTTGATAAGCTTCTTAGATG 4244

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h CTAGGATTTGATCTTTCAAAACCTTTGTATCCCCTGTGTCATTAGTTTCTAATGAAAATT 4304

BjuB.TT8.v ------

BjuB.TT8.h ------

BRAD-TT8 ------AACACTAAAAATAAGAGGCTACCGCGAGAAGAGCTTAAC 3088

BjuA.TT8.v ------AACACTAAAAATAAGAGGCTACCGCGAGAAGAGCTTAAC 3085

BjuA.TT8.h CACATACTTAACAAAAAAAAAAACACTAAAAATAAGAGGCTACCGCGAGAAGAGCTTAAC 4364

BjuB.TT8.v ------AACACTAAAAATAAGAAGCTACCGCGGGAAGAGCTTAAC 2303

BjuB.TT8.h ------AACACTAAAAATAAGAAGCTACCGCGGGAAGAGCTTAAC 2303

**************** ********* ************

BRAD-TT8 CATGTGGTGGCCGAGCGACGCAGAAGAGAGAAGCTAAATGAGAGATTCATAACGTTGAGA 3148

BjuA.TT8.v CATGTGGTGGCCGAGCGACGCAGAAGAGAGAAGCTAAATGAGAGATTCATAACGTTGAGA 3145

BjuA.TT8.h CATGTGGTGGCCGAGCGACGCAGAAGAGAGAAGCTAAATGAGAGATTCATAACGTTGAGA 4424

BjuB.TT8.v CATGTGGTGGCTGAGCGACGCAGAAGAGAGAAGCTAAACGAGAGATTCATAACGTTGAGA 2363

BjuB.TT8.h CATGTGGTGGCTGAGCGACGCAGAAGAGAGAAGCTAAACGAGAGATTCATAACGTTGAGA 2363

*********** ************************** *********************

BRAD-TT8 TCATTGGTTCCATTTGTGACCAAGATGGATAAAGTCTCGATCCTTGGAGACACCATTGAA 3208

BjuA.TT8.v TCATTGGTTCCATTTGTGACCAAGATGGATAAAGTCTCGATCCTTGGAGACACCATTGAA 3205

BjuA.TT8.h TCATTGGTTCCATTTGTGACCAAGATGGATAAAGTCTCGATCCTTGGAGACACCATTGAA 4484

BjuB.TT8.v TCATTGGTTCCATTTGTGACCAAGATGGATAAAGTCTCAATCCTTGGAGACACCATTCAG 2423

BjuB.TT8.h TCATTGGTTCCATTTGTGACCAAGATGGATAAAGTCTCAATCCTTGGAGACACCATTCAG 2423

************************************** ****************** *

BRAD-TT8 TACGTAAACCATCTTTCTAAGAGGATACATGAGCTGGAATCTACTCATCACGAGCCAAAC 3268

BjuA.TT8.v TACGTAAACCATCTTTCTAAGAGGATACATGAGCTGGAATCTACTCATCACGAGCCAAAC 3265

BjuA.TT8.h TACGTAAACCATCTTTCTAAGAGGATACATGAGCTGGAATCTACTCATCACGAGCCAAAC 4544

BjuB.TT8.v TACGTAAACCATCTTTGTAAGAGGATCCATGAGCTAGAATCTACTCATCACGAGCCAGCA 2483

BjuB.TT8.h TACGTAAACCATCTTTGTAAGAGGATCCATGAGCTAGAATCTACTCATCACGAGCCAGCA 2483

**************** ********* ******** *********************

BRAD-TT8 CAAAAGCGGATGCGTATCGGTAAGGGAAGAACTTGGGAAGAGGTGGAGGTTTCCATTATA 3328

BjuA.TT8.v CAAAAGCGGATGCGTATCGGTAAGGGAAGAACTTGGGAAGAGGTGGAGGTTTCCATTATA 3325

BjuA.TT8.h CAAAAGCGGATGCGTATCGGTAAGGGAAGAACTTGGGAAGAGGTGGAGGTTTCCATTATA 4604

BjuB.TT8.v CATAAGCGGATGCGTATCGGTAAGGGAAGAACTTGGGAAGAGGTGGAGGTTTCCATTATA 2543

BjuB.TT8.h CATAAGCGGATGCGTATCGGTAAGGGAAGAACTTGGGAAGAGGTGGAGGTTTCCATTATA 2543

** *********************************************************

BRAD-TT8 GAGAGCGATGTTTTGTTAGAGATGAGATGCGAGTACCGAGATGGTTTATTGCTCAACATT 3388

BjuA.TT8.v GAGAGCGATGTTTTGTTAGAGATGAGATGCGAGTACCGAGATGGTTTATTGCTCAACATT 3385

BjuA.TT8.h GAGAGCGATGTTTTGTTAGAGATGAGATGCGAGTACCGAGATGGTTTATTGCTCAACATT 4664

BjuB.TT8.v GAGAGCGATGTTTTATTAGAGATGAGATGCGTGTACCGAGATGGTTTATTGCTCGACATT 2603

BjuB.TT8.h GAGAGCGATGTTTTATTAGAGATGAGATGCGTGTACCGAGATGGTTTATTGCTCGACATT 2603

************** **************** ********************** *****

BRAD-TT8 CTTCAGGTACTTAAGGAGCTGGGTATAGAGACCACTGCGGTTCACACTGCCTTGAACGAC 3448

BjuA.TT8.v CTTCAGGTACTTAAGGAGCTGGGTATAGAGACCACTGCGGTTCACACTGCCTTGAACGAC 3445

BjuA.TT8.h CTTCAGGTACTTAAGGAGCTGGGTATAGAGACCACTGCGGTTCACACTGCCTTGAACGAC 4724

BjuB.TT8.v CTTCAGGTACTTAAGGTGCTGGGTATAGAGACCACTGCGGTTCACACCGTCGTGAACGAC 2663

BjuB.TT8.h CTTCAGGTACTTAAGGTGCTGGGTATAGAGACCACTGCGGTTCACACCGTCGTGAACGAC 2663

**************** ****************************** * * ********

BRAD-TT8 AATCATTTTGAGGCAGAGATAAGGGCGAAAGTGAGAGGGAAGAAACCAACCATTGCTGAG 3508

BjuA.TT8.v AATCATTTTGAGGCAGAGATAAGGGCGAAAGTGAGAGGGAAGAAACCAACCATTGCTGAG 3505

BjuA.TT8.h AATCATTTTGAGGCAGAGATAAGGGCGAAAGTGAGAGGGAAGAAACCAACCATTGCTGAG 4784

BjuB.TT8.v CATGATTTTGAGGCAGAGATAAGGGCGAAGGTGAGAGGGAAGAAACCAACCATTGCTGAG 2723

BjuB.TT8.h CATGATTTTGAGGCAGAGATAAGGGCGAAGGTGAGAGGGAAGAAACCAACCATTGCTGAG 2723

** ************************* ******************************

BRAD-TT8 GTTAAAATAGCCATCCATCAAATCATATATAATAATAAACTCTAG 3553

BjuA.TT8.v GTTAAAATAGCCATCCATCAAATCATATATAATAATAAACTCTAG 3550

BjuA.TT8.h GTTAAAATAGCCATCCATCAAATCATATATAATAATAAACTCTAG 4829

BjuB.TT8.v GTTAAAATAGCCATCCATCAAATCATATCTCAAAATAAACTCTAG 2768

BjuB.TT8.h GTTAAAATAGCCATCCATTAAATCATATCTCAAAATAAACTCTAG 2768

****************** ********* ****************

3’UTR region

BRAD-TT8 TTCCGAGATTCTAACCTTAATGATGC-AACTTTAGAGAAGGACATGTGATCGCTTATTTA

BjuA.TT8.v TTCCGAGATTCTAACCTTAATGATGC-AACTTTAGA------

BjuA.TT8.h ------

BjuB.TT8.v TTCCTAGAATCTAACTTTACTGATGCCAACTTTAGAGAAGAACATGTGA--GCTTATTTT

BjuB.TT8.h TTCCTAGAATCTAACTTTACTGATGCCAACTTTAGAGAAGAACATGTGA--GCTTATTTT

BRAD-TT8 ATTTTAGCGTCGTCTATGCTACATTATCAGTTTCACATATACAAAATATTGTCTATGT-T

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h ------

BjuB.TT8.v ATTTTAGCGTCGTCTATGCTACATTATCAGTTTTACATATACAAA-TATTGTCTACATCT

BjuB.TT8.h ATTTTAGCGTCGTCTATGCTACATTATCAGTTTTACATATACAAA-TATTGTCTACATCT

BRAD-TT8 AC---TATATGGTGTGAATTTAAGTCGAATTAATAAATACAAAAACAAAAATTAGTAATC

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h ------

BjuB.TT8.v ATATATATATGGTGTGAATT------GTTTGAAAATT

BjuB.TT8.h ATATATATATGGTGTGAATT------GTTTGAAAATT

BRAD-TT8 AAAATTAAAGCAAAATACCCACTTAGATTATTGTTTTATTAATAGTGTGAGTTAATAAGT

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h ------

BjuB.TT8.v ACAATTAAAGCAAAATACCTACTTAGATTATTGTTTTATTAATAGTGTGAATTAATAAGT

BjuB.TT8.h ACAATTAAAGCAAAATACCTACTTAGATTATTGTTTTATTAATAGTGTGAATTAATAAGT

BRAD-TT8 AATAATC------ATTACTTGTATAGTTGTA------

BjuA.TT8.v ------

BjuA.TT8.h ------

BjuB.TT8.v AATAACCTGTTTCAAAAAAGTAATAACCATTACTTGTATATTTATAACTCCAAAATCCAA

BjuB.TT8.h AATAACCTGTTTCAAAAAAGTAATAACCATTACTTGTATATTTATAACTCCAAAATCCAA

Sequence alignment of TT8 genes characterised from A and B genome of B. junceacvsVaruna (BjuA.TT8.v, BjuB.TT8.v) and Heera (BjuA.TT8.h, BjuB.TT8.h). BRAD-TT8 is the genomic sequence of TT8 gene of B. rapafrom scaffold000135 of BRAD database. Exons are marked in capitals, introns in small case letters and UTR regions in italics capitals.