Transgenic research

Vector integration in triple R gene transformants and the clustered inheritance of resistance against potato late blight

Suxian Zhu, Anita Duwal, Qi Su, Jack H. Vossen, Richard G. F. Visser, Evert Jacobsen

S. Zhu, A. Duwal, Q. Su, J. H. Vossen, R. G. F. Visser, E. Jacobsen

Wageningen UR Plant Breeding, Wageningen University and Research Center, 6708 PB Wageningen, the Netherlands

E-mail:

Supplementary Table S1 List of primers

Label of primer pairs / Sequence (5’-3’) / Annealing temperature (°C) / Length of product (bp)
nptII / TCGGCTATGACTGGGCACAACAGA / 55.5 / 722
AAGAAGGCGATAGAAGGCGATGCG
Rpi-sto1 / ACCAAGGCCACAAGATTCTC / 65 / 890
CCTGCGGTTCGGTTAATACA
Rpi-vnt1.1 / CCTTCCTCATCCTCACATTTAG / 60 / 302
CTCATCTAATAGATCCTCCAC
Rpi-blb3 / AGCTTTTTGAGTGTGTAATTGG / 63.5 / 305
GTAACTACGGACTCGAGGG
RB 27/28 / GATATATTGGCGGGTAAACCT / 62.8 / 105
CATGCACATACAAATGGACG
RB 29/30 / CCTGGCGTTACCCAACTTAAT
ACCCGCCAATATATCCTGTCA / 60 / 298
traJ / ACGAAGAGCGATTGAGGAAA / 62.5 / 260
CAAGCTCGTCCTGCTTCTCT
oriV / ATAAGTGCCCTGCGGTATTG / 60.8 / 246
GCAGCCCTGGTTAAAAACAA
insB / GCGCTATCTCTGCTCTCACT / 62.7 / 1872
AACGGCCTCACCCCAAAAA
nptIII / GAAAGCTGCCTGTTCCAAAG / 60.8 / 162
GAAAGAGCCTGATGCACTCC
trfA / CGTCAACAAGGACGTGAAGA / 61.5 / 146
CCTGGCAAAGCTCGTAGAAC
tetA / CTGCTAGGTAGCCCGATACG / 61.4 / 296
CCGAGAACATTGGTTCCTGT
tetR / GGGGGAGGGGATGTTGTCTA / 60 / 843
AGGGGTATGTTGGGTTTCAC
oriv3+5 / TGCGGCGAGCGGTATCAG / 63 / 1045
CTTCTTGATGGAGCGCATGGG
LB 31/32 / CAACGCTCTGTCATCGTTA / 64 / 248
TTACACCACAATATATCCTGCC
LB 33/34 / GCAACGCTCTGTCATCGTTA
ATTTCGGAACCACCATCAAA / 60 / 442

Supplementary Table S2 Molecular analysis of triple R gene transformants

clone / Copy no. / T-DNA PCR / LB / backbone PCR / RB
nptII / blb3 / vnt1.1 / sto1 / nptII / LB-T-DNA / LB-backbone / tetA / trfA / nptIII / insB / oriV / traJ / oriv3+5 / tetR / RB-backbone / RB-T-DNA
A14-1 / 1 / - / - / - / + / + / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / -
A14-2 / 1 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-3 / 1 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-4 / 1 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-5 / 1 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-10 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-11 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-12 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / +
A14-14 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-15 / 5 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-16 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-17 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-18 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-22 / 4 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-23 / 5 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-25 / 639 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-28 / 1 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-29 / 1 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-30 / 4 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-31 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-32 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-33 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-34 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-36 / 1 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-38 / 1 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-39 / 2 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-40 / 2 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-41 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-42 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-43 / 4 / + / + / + / + / - / - / + / + / + / + / + / + / + / + / - / -
A14-44 / 2 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / +
A14-45 / 3 / + / + / + / + / - / - / + / + / + / + / - / - / - / - / - / -
A14-46 / 5 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-47 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-48 / 2 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / -
A14-49 / 6 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-56 / 2 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-57 / 2 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-58 / 8 / - / - / - / + / + / + / + / + / + / + / + / - / - / - / - / -
A14-59 / 2 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-60 / 1 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-65 / 2 / + / + / + / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-66 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-67 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-68 / 2 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / +
A14-69 / 3 / - / - / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-70 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-71 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-77 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-78 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-81 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-82 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-83 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-84 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-88 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-89 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-90 / 5 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-91 / 8 / - / - / - / + / + / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / -
A14-92 / 5 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-93 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-94 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-95 / 4 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / +
A14-96 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-97 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-98 / 6 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-99 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-100 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-101 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-102 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-105 / 6 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-106 / 5 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-107 / 3 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-108 / 3 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-109 / 3 / - / - / - / + / + / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / -
A14-150 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-151 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-152 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-153 / 8 / + / + / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-154 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-155 / 7 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / +
A14-156 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-157 / 4 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / - / - / -
A14-158 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-159 / 2 / - / - / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-160 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-161 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-162 / 3 / + / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-163 / 4 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-164 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-165 / 5 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-166 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-167 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-168 / 8 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / - / +
A14-169 / 6 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / - / +
A14-170 / 7 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / - / -
A14-171 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-172 / 3 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / -
A14-173 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-174 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-175 / 3 / + / + / + / + / - / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / -
A14-201 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-202 / 2 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / - / - / +
A14-203 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-204 / 3 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-205 / 1 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-206 / 1 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-207 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-208 / 5 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-209 / 1 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-210 / 6 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-211 / 4 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-212 / 1 / - / - / - / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-213 / 8 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / - / -
A14-214 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-215 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-216 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-217 / 7 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / - / -
A14-218 / 7 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / - / +
A14-219 / 8 / + / + / + / + / + / + / - / - / - / - / - / + / + / + / - / -
A14-220 / 4 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / - / -
A14-221 / 4 / + / + / + / + / - / - / + / + / + / + / + / + / + / + / + / +
A14-222 / 4 / + / + / + / + / - / - / + / + / + / + / + / + / + / + / + / +
A14-223 / 4 / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / + / +
A14-224 / 4 / + / + / + / + / - / - / + / + / + / + / + / + / + / + / + / +
A14-225 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-226 / 2 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-227 / 4 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A14-228 / 1 / + / + / + / + / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -

Supplementary Table S3value

Probability level (alpha)
Df / 0.5 / 0.1 / 0.05 / 0.02 / 0.01 / 0
1 / 0.46 / 2.706 / 3.84 / 5.412 / 6.635 / 10.8
2 / 1.39 / 4.605 / 5.99 / 7.824 / 9.21 / 13.8
3 / 2.37 / 6.251 / 7.82 / 9.837 / 11.35 / 16.3

Supplementary Fig. 1Primer pairs around LB or RB for investigating the presence of the T-DNA borders

Fig. 1 Primer pairs around LB or RB for investigating the presence of the T-DNA borders

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