Table S3 Numbers of horses, observed (Ho) and expected (He) heterozygosities and the p values for HWE in SNPs markers (significant differences p<0.05, in bold)

grey 1997 / grey 2010 / black 2010
locus / n / Ho / He / HW / n / Ho / He / HW / n / Ho / He / HW
CD14/b / 67 / 0.612 / 0.493 / 0.051 / 74 / 0.514 / 0.485 / 0.637 / 70 / 0.686 / 0.493 / 0.001
TLR4/a / 33 / 0.303 / 0.261 / 1.000 / 73 / 0.479 / 0.367 / 0.008 / 70 / 0.586 / 0.449 / 0.014
TLR4/b / 31 / 0.065 / 0.063 / 1.000 / 67 / 0.104 / 0.100 / 1.000 / 70 / 0.400 / 0.462 / 0.300
TLR4/c / 31 / 0.258 / 0.228 / 1.000 / 67 / 0.373 / 0.389 / 0.757 / 70 / 0.214 / 0.257 / 0.169
IL4/a / 30 / 0.567 / 0.508 / 0.714 / 67 / 0.612 / 0.503 / 0.089 / 70 / 0.371 / 0.398 / 0.559
IL4/b / 31 / 0.452 / 0.508 / 0.719 / 67 / 0.433 / 0.500 / 0.328 / 66 / 0.409 / 0.432 / 0.774
IL10 / 29 / 0.207 / 0.242 / 0.427 / 63 / 0.222 / 0.311 / 0.034 / 69 / 0.420 / 0.432 / 1.000
IL13 / 32 / 0.344 / 0.496 / 0.143 / 70 / 0.386 / 0.467 / 0.195 / 63 / 0.444 / 0.437 / 1.000
IL12p35 / 31 / 0.097 / 0.151 / 0.160 / 63 / 0.175 / 0.187 / 0.497 / 70 / 0.171 / 0.158 / 1.000
IL1B/a / 64 / 0.500 / 0.496 / 1.000 / 75 / 0.653 / 0.503 / 0.012 / 70 / 0.600 / 0.502 / 0.148
IL1B/b / 37 / 0.378 / 0.424 / 0.693 / 30 / 0.500 / 0.494 / 1.000
MYD88 / 17 / 0.412 / 0.487 / 0.626 / 55 / 0.473 / 0.491 / 0.787 / 70 / 0.386 / 0.429 / 0.410
IRF7 / 18 / 0.111 / 0.108 / 1.000 / 59 / 0.136 / 0.156 / 0.340 / 70 / 0.371 / 0.355 / 1.000
MxA / 18 / 0.111 / 0.108 / 1.000 / 63 / 0.127 / 0.120 / 1.000 / 69 / 0.406 / 0.359 / 0.330
TLR3 / 12 / 0.500 / 0.464 / 1.000 / 51 / 0.588 / 0.461 / 0.065 / 69 / 0.362 / 0.334 / 0.718
JAK2 / 24 / 0.583 / 0.496 / 0.431 / 69 / 0.551 / 0.503 / 0.471
INVO / 24 / 0.292 / 0.254 / 1.000 / 72 / 0.292 / 0.289 / 1.000
DRA / 31 / 0.419 / 0.447 / 0.433 / 69 / 0.478 / 0.459 / 0.967 / 66 / 0.591 / 0.523 / 0.202