E-Table 1 primers used in this study

Virus / gene / Primer / Sequence5’-3’ / Length（bp）
PiVs / 3Dpol / 3Dpol-F / CYTATHTRAARGATGAGCTKAGA / 571
3Dpol-R / GCAATNACRTCATCKCCRTA
PaVs / L1 / FAP-F / TAACWGTIGGICAYCCWTATT / 450
FAP-R / CCWATATCWVHCATITCICCATC
RVAs / VP7 / VP7F / AAC TTG CCA CCA TTT TTT CC
VP7R / AAC TTG CCA CCA TTT TTT CC / 863
aBT1 / CAA GTA CTC AAA TCA ATG ATG G / 618
aCT2 / CAA TGA TAT TAA CAC ATT TTC TGT G / 521
G3 / CGT TTC TGG TGA GGA GTT G / 682
aDT4 / GTC ACA CCA TTT GTA AAT TCG / 452
aAT8 / GTC ACA CCA TTT GTA AAT TCG / 754
G9 / CTT GAT GTG ACT AYA AAT AC / 179
CVs / RdRp / P290 / GATTACTCCAAGTGGGACTCCAC / 319-331
P289 / TGACAATGTAATCATCACCATA
virome / - / Primer K-8N / GACCATCTAGCGACCTCCACNNNNNNNN / 500-1000
Primer K / GACCATCTAGCGACCTCCAC

E-Table 2. Samples of the six bat species used in this study and the provinces and dates of collection

No. of samples
collected
Bat species / Sample pool / Huizhou
(2011.8) / Haikou
(2011.10) / Haikou
(2013.7) / Yunfu
(2013.11) / Guangzhou
(2014.5)
Cynopterus sphinx / GZ.CS / - / - / - / - / 15
Miniopterus schreibersi / HN.MS / - / 16 / - / - / -
Rousettus leschenaulti / HN.RL / - / - / 14 / - / -
Hipposideros larvatus / HZ.HL / 10 / - / - / - / -
Rhinolophus blythi / YF.RB / - / - / - / 15 / -
Scotophilus kuhlii / YF.SK / - / - / - / 16 / -

E-Table 3. Distribution of bat papillomavirus (PaV), rotavirus A (RVA), calicivirus(CV) and picornavirus(PiV)stratified by geography and bat species

Virus / Bat species / Specimen collection sites / Total
Huizhou
(Aug2011) / Hainan
(Oct2011) / Haikou
(Jul2013) / Guangzhou (Sep 2012) / Guangzhou (Nov 2014) / Yunfu
(Dec 2013)
No. (+) / No. (+) / No. (+) / No. (+) / No. (+) / No. (+) / No. (+) / Positive %
Hipposideridae
Hipposideros larvatus / 10 (0) / 2 (0) / 3 (0) / - / - / - / 15 (0) / 0
Vespertilionidae
PVs / Miniopterus schreibersi / - / 105 (0) / 39 (0) / - / - / - / 144 (0) / 0
Scotophilus kuhlii / 13 (0) / - / 1 (0) / - / - / 163 (2) / 177 (2) / 1.1
Rhinolophidae
Rhinolophus blythi / - / - / 20 (0) / - / - / 84 (9) / 104 (9) / 8.7
Pteropodidae
Rousettus leschenaultii / - / - / 30 (0) / - / - / - / 30(0) / 0
Cynopterus sphinx / - / - / - / 4 (0) / 26 (0) / - / 30 (0) / 0
Total / 23 (0) / 107 (0) / 93 (0) / 4 (0) / 26 (0) / 247 (11) / 500 (11) / 2.2
Hipposideridae
Hipposideros larvatus / 10 (0) / 2 (0) / 3 (0) / - / - / - / 15 (0) / 0
Vespertilionidae
RVAs / Miniopterus schreibersi / - / 105 (0) / 39 (0) / - / - / - / 144 (0) / 0
Scotophilus kuhlii / 13 (0) / - / 1 (0) / - / - / 163 (4) / 177 (4) / 2.3
Rhinolophidae
Rhinolophus blythi / - / - / 20 (0) / - / - / 84 (0) / 103 (0) / 0
Pteropodidae
Rousettus leschenaultii / - / - / 30 (0) / - / - / - / 30(0) / 0
Cynopterus sphinx / - / - / - / 4 (0) / 26 (0) / - / 30 (0) / 0
Total / 23 (0) / 107 (0) / 93 (0) / 4 (0) / 26 (0) / 247 (11) / 500(4) / 0.8
Hipposideridae
Hipposideros larvatus / 10 (0) / 2 (0) / 3 (0) / - / - / - / 15 (0) / 0
Vespertilionidae
CVs / Miniopterus schreibersi / - / 105 (0) / 39 (0) / - / - / - / 144 (0) / 0
Scotophilus kuhlii / 13 (0) / - / 1 (0) / - / - / 163 (0) / 177 (0) / 0
Rhinolophidae
Rhinolophus blythi / - / - / 20 (0) / - / - / 84 (0) / 103 (0) / 0
Pteropodidae
Rousettus leschenaultii / - / - / 30 (0) / - / - / - / 30(0) / 0
Cynopterus sphinx / - / - / - / 4 (0) / 26 (0) / - / 30 (0) / 0
Total / 23 (0) / 107 (0) / 93 (0) / 4 (0) / 26 (0) / 247 (0) / 500 (0) / 0
Hipposideridae
Hipposideros larvatus / 10 (0) / 2 (0) / 3 (0) / - / - / - / 15 (0) / 0
Vespertilionidae
Miniopterus schreibersi / - / 105 (0) / 39 (0) / - / - / - / 144 (0) / 0
PiVs / Scotophilus kuhlii / 13 (0) / - / 1 (0) / - / - / 163 (4) / 177 (4) / 2.3
Rhinolophidae
Rhinolophus blythi / - / - / 20 (0) / - / - / 84 (0) / 103 (0) / 0
Pteropodidae
Rousettus leschenaultii / - / - / 30 (0) / - / - / - / 30(0) / 0
Cynopterus sphinx / - / - / - / 4 (0) / 26 (0) / - / 30 (0) / 0
Total / 23 (0) / 107 (0) / 93 (0) / 4 (0) / 26 (0) / 247 (0) / 500 (0) / 0

No.: The number of bats collected; (+): The number of bats detected positive for papillomavirus (PVs), rotavirus A(RVAs), calicivirus

(CVs) and Picornavirus (PiVs); Positive%: the positive detection rate of four virusesin different bat species.