Online Resource 1 . Mirna Sequences, Precursor Structures and Loci in the Genome

Online Resource 1. miRNA sequences, precursor structures and loci in the genome.

miR156a supercontig_127:309664:309763:+ 100(nt) -40.30(kcal/mol)

ACATAGAAATTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGAGACAGTTGTATAAAGTTATATTTCTGCACTTGCGTGCTCACTTCTCTTTCTGTCACCTTCCAGCT

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miR156b supercontig_28:1942481:1942585:- 105(nt) -56.40(kcal/mol)

ATAAAGGAGATGACAGAAGAGAGTGAGCACCCATGGCGTTTTTCTTGCATGGATGTTCCATGCTCGAAGCTCTGCGTGCTCTCTCTCTCTCTGTCATCCCTTGTA

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miR156c supercontig_46:1383636:1383737:- 102(nt) -54.00(kcal/mol)

AAAGAGAGACTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGCAGGCAATTGTATGAAGGCATACCTTTGCGGGTGCGTGCTCACTTCTCTTTCTGTCAGCTACTTTCAGT

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miR156d supercontig_7:1524391:1524494:+ 104(nt) -56.00(kcal/mol)

GTAAAGGAGGTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTTCTTTCTTGCATGCTGGGTTCATGCTTGAAGCTCTGCGTGCTCGCTCTCTATCTGTCACCCCGCTAA

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miR156e supercontig_12:1031499:1031602:- 104(nt) -54.20(kcal/mol)

ATATTCATGTTGACAGAAGAGAGAGAGCACAAGCCAGCATTGGCTAAAGAGAGTCTTTAGTCTTGTTGGGAGTGTGCTTTCTCTACTTCTGTCACCATCATCAT

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miR156f supercontig_170:116112:116225:- 114(nt) -50.00(kcal/mol)

ACTGGTGTTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATGAAATGCAAATTAGAAGGACCAAACAGTGCATCTCACTCCTTTGTGCTCTCTATTCTTCTGTCATCACCTTCAGTC

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miR156g supercontig_3:3349052:3349173:- 122(nt) -50.11(kcal/mol)

GGTGATGTTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATGATATGCAATTCATTAATGGATCAGATCAACTCTCTGCATCTCACTCCTTTGTGCTCTCTATGCTTCTGTCATCATCTTCAGCC

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miR159 supercontig_3:3080232:3080428:+ 197(nt) -94.40(kcal/mol)

GAAAGAGGTTAAGTGTAGAGCTCCTTGAAGTCCAATAGAGGATTTTGCAGGGTTGATTGAGCTGCCGAGCTATGGATTCCACAGCCCTACCCGAAGTTATACTTTTTCTGGGTAGGCTTGCGGTTTGCATATCTCAGGAGCTGCATTACCCTAAGCTTAATCCTTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCTCGCTC

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miR160a supercontig_102:191497:191596:- 100(nt) -57.70(kcal/mol)

TTGTTTTGCATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATCTGCAAAGCGCCCATCAGGAGTGGTGGCCTTGGTGGATGGCGTGCGAGGAGCCATGCATGCCTATTTG

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miR160b supercontig_192:167552:167655:+ 104(nt) -56.50(kcal/mol)

TACATAGTTATGCCTGGCTCCCTGTATGCCACAAGCACAACCCGATCTTTCCGATGATTGGCCGGTGCCGGTGGCGTGCGAGGAGCCAAGCATGTCTGTTTATT

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miR160c supercontig_53:453367:453467:+ 101(nt) -54.90(kcal/mol)

GTGAGTGTTGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGCAGAGCCCACCGAGCATCGCTGGCCTCCGTGGATGGCGTATGAGGAGCCATGCATACTCCCACATA

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miR160d supercontig_27:1977824:1977931:+ 108(nt) -49.80(kcal/mol)

AATAGTGATCTGCCTGGCTCCCTGAATGCCATCTAAGAAGCCTTGGCAAAGAGTGTTGGCAACCTTCTTACTTGGCATGAGGGGAGTCATGCAGGCCCCCAACTATTC

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miR162 supercontig_13:841215:841321:+ 107(nt) -36.50(kcal/mol)

GTAAAGTCACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGGGAATTTGGTGTGAAAAATCACAGAACATGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGTTACCCCC

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miR164a supercontig_33:1000653:1000767:+ 115(nt) -43.45(kcal/mol)

TTGAGCAAGATGGAGAAGCAGGGCACGTGCATTACTAACTCATGCACGATTTTTTATATATACCCGCACCCAATGAGTTAGTTCTTCATGTGCCCGTCTTCCCCATCATGACCAT

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miR164b supercontig_9:1693823:1693909:+ 87(nt) -43.50(kcal/mol)

AGCTCCCTGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCAAATTCTCCATGGCTTTCCCCTCTTTGCACGTGCTCCCCTTCTCCAACATGGGTTCC

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miR164c supercontig_327:43479:43566:+ 88(nt) -45.80 kcal/mol

GAAGCTCTTGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCAAAGGCTAGATATTGACACCTGCATTGCACGTGCTCCCCTTCTCCAACATGGGTTCC

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miR166a supercontig_113:681012:681157:- 146(nt) -56.80(kcal/mol)

GAGGTTAATGGGAATGTTGTTTGGCTCGAGGTCATCTGTGATAGCCTCTGAAATTTTCTTAGGGGCCTTTTTACTTTCCCGGAAAATTTCTGCATCTACATACCTCTAGTTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCGTCAACCGAAC

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miR166b supercontig_144:273286:273429:- 144(nt) -52.39(kcal/mol)

TTTTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGACATTTAATTCTATGCATCCATCCATCCATCCATTTACATCTCCAGATCTGGACTACTTGGATTAATTTTGAGTTAGTGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTTCTG

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miR166c supercontig_58:558835:558967:- 133(nt) -58.31(kcal/mol)

NGAGTTGAGGGGAATGCTGTCTGGTTCGAGACCATTCATTAATTCAAACTAAGCTTAATTTGAAGATTGAGTTCATTGTCCATCTCCTCTTAATTAGTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAACGCATG leaf-in-m0238 102208

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miR166d supercontig_52:1394688:1394788:- 101(nt) -55.20(kcal/mol)

ACAGTTGAGGGGAATGTCGTCTGGTTCGAGATCATTCATGTGAAGGTTCGAGATCGTTTCTTGGATGATTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAACTTAGC

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miR166e supercontig_3:1024847:1024993:+ 147(nt) -57.40(kcal/mol)

TCTTTTGAGGTGAATGTTGTCTGGTTCAAGAACACACCAACTTCTAGATCCGTCCTTATATATGCATACGTATATGTATGTATATCTTATTTGTTGTAGCGCAGGAGCAAGTGTTCTTGGACCAGGCTTCATTCCCCTTAACTACTG

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miR167a supercontig_52:1082166:1082270:+ 105(nt) -45.31(kcal/mol)

AAGGAAAAAGTGAAGCTGCCAGCATGATCTAGCTAGCTTTAATGGTTATAGAAGAAATGATAACCCTAGTTAGGTCATGCTCTGACAGCCTCACTCCTTCCTGCT

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miR167b supercontig_52:1083898:1083987:+ 90(nt) -42.00(kcal/mol)

CAGTAGCAGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTAAACTTTCCTTCCACTCTCAAGGATTGATCGGATCATGTGGTAGCTTCACCTGTTCATGG

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miR167c supercontig_44:1619878:1619970:+ 93(nt) -34.00(kcal/mol)

CGCCATCAGATGAAGCTGCCAGCATGATCTTAACCTCTCTCTTATCATGCAGAGTGAAGATCAGATCATATGGCAGTTTCACCCGTTGACTGC

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miR167d supercontig_117:862498:862595:+ 98(nt) -49.00(kcal/mol)

CTATAGCAGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTGAGCTTTTTCCGTGTTGATTTGCCATATCAGGAGAGCATAGATCATGTGGCAGTTTCATCTGCTAATG

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miR169a supercontig_183:1496:1630:- 135(nt) -60.40(kcal/mol)

TGTTGTTGGATAGCCAAGGATGACTTGCCTGAGGCCACAACAATGAGGGTTTGAAGATTAAAATGGAGAGAAATTAATTTAAGGCCTTCTTGTTTGGTTTTCTCAGGCAGTCTCCTTGGCTAAGCTGACACACTC

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miR169b supercontig_183:1884:2000:- 117(nt) -45.00 kcal/mol

TGCTGTTTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGCATGATGCCCTTCATAAATTATCTAAAGAAGCCATTTTTGTTGGGTTAATTCATCTAGGCAGTCTCCTTTGGCTAACTTGACAGGC

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miR169c supercontig_70:617870:618009:- 140(nt) -53.60(kcal/mol)

TCTTGTTTGGTAGCCAAGAATGACTTGCCTGCAGCCTCTTTTCAAGTGTACATATTTTGACTCCATTTATTTGTCAAAAACAAACACGGCACTACTTGTTGAGATCCAGGCAGGCAGTCATCTTGGCTAACTTGACAGGC

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miR169d supercontig_95:481288:481405:- 118(nt) -58.40(kcal/mol)

ATATTAGATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCCGCCGGCATTGGCTTTTACCAGCCGGAAAATAAAAAGCTTCCAAATAATCGCCGGCCGGCAGGTTGTCCTTGGCTACATGTCTTTC

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miR169e supercontig_14:1177055:1177290:+ 236(nt) -71.31(kcal/mol)

TTATGGGGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCAAGCTTAGTTAATAATATATATCTTGCAAAACCACGATATTTATATGTCAAACACTCACAATCAGACAAACACACATACATATGCATATGTATTCATTCTTTTGTCTATGTATGCCCATTATTGTTTAGTGTTAATTAGTAATGTGATGTTAGCTTTACTAAGAAAGGTTCGTCGGCAAGTCGTCTCTGGCTACACGGCTGCCT

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miR169f supercontig_328:7789:7906:- 157(nt) -63.40 kcal/mol

GAGTATAATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCTCAGCATATATATCATATGTGTGTGTGTGTAAGGGCACGCTTGATCTGTTGTCGGCCGGCAAGTTGTTCTTGGCTACATCGTGCTC

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miR169g supercontig_328:17625:17740:- 116(nt)-53.20 kcal/mol

GAGTTGAGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGACATCTATATATATATATATATATATATATCGTAATATATGTAACCTTCTCTCCCGGCAAGTTACTCCTTGGCTACACTTGATTC

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miR169h supercontig_328:17821:17908:- 88(nt) -49.00 kcal/mol

GAGTGCGGTGTAGCCAAGGATGACTTGCCGGCTGGCTGACCGGCCGGCTTGGTGGTCGGCAAGTCTAATCTTTGGCTACATTTTGTTC

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miR169i supercontig_25:2285200:2285305:- 106(nt) -47.00 kcal/mol

GAGTGGGCTTGAGCCAAGGATGACTTGCCAGGAATTTATCAAGTGACAGTATTGATTAATCGTTAAAAGGGTTATCTGGGAAGTCACCCTTGGTTCAATCTCGCTC

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miR169j supercontig_4:2330849:2330979:- 131(nt) -47.30 kcal/mol

CATTGTTTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTAAATTCATTTTAGGGTTTTTATATATATATATATATTAATATTTGAAACCCTCAAAATGGAAGATGGGCAGTCTCCTTTGGCTATCCTAACTGCCTCTAAT

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miR169k supercontig_119: 59994:60108:- 115 (nt)-43.40 kcal/mol

GGTAATTGTGCAGCCAAGAATGACTTGCCGACTCTTCTATTGTCCTTGCTATTCTCTGGCGATGACTCACAGAGTTTTACCAAATTGGCAAGTCGTCCTTGGCTACATGTTT
CTT

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miR171a supercontig_152:127569:127665:- 97(nt) -51.10(kcal/mol)

AGACAAACGAGATATTGGTGCGGTTCAATCGGAGAGCATTACTCTAAAGTGTAGAGACGTGTTGTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTGTGATT

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miR171b supercontig_87:527110:527212:- 103(nt) -40.80(kcal/mol)

TGGTCAATTTAACGGGATATTGGTCCGGTTCAATAAGAAAACAGTGCTCTGATCGTGTTGAGTTCTGCTTTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTATGATT

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miR171c supercontig_13:901143:901245:- 103(nt) -48.60(kcal/mol)

TAAGGTACGGGGATGTTGGAATGGCTCAATCAAATCAAATCTCCAAAGTCTTTGATTTTGGGTCTTTTAATTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTATATGT

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miR171d supercontig_6:2340365:2340503:+ 139(nt) -52.50(kcal/mol)

GTCACTATGATATTGGCCTGGTTCACTCAGACAAGTTAAGCAGCTAGTTGAGAGCTTTTCGGAGAAAAAGCTAAATAGCTGTGTGTTGGTCGGTTGAGCTTTTTCTTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCTCAGTGCGCC

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miR171e supercontig_70:1070966:1071104:- 139(nt) -51.40(kcal/mol)

TTGTGGAGGGATGATAATCATGATGAAAGTTGTTGGATGTTGGCATGGTTCAATCAAATTAAAGCTCTCATTAATGGCTGGAGATATTCATGTTGAGTTCTTTTAGTCTGATTGAGCCGTGCCAATATCATTTTCACTC

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miR172a supercontig_1:5256135:5256332:+ 198(nt) -79.91(kcal/mol)

GTTTGCGGATGGAGCATCATCAAGATTCACAAAATTAAACACATTAGGGCTAGTAGTGTGGGGTTTGTGGTGGTGGGTGACGGTGATGGCCCCTTCTGCTCTTTTTTTTTTCAGTGGTCCCGTTGCTTATTTCACTGCAACACCCTTGGCTCTCTCTCTTTGATTATGGGAATCTTGATGATGCTGCAGCGGCAATAA

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miR172b supercontig_81:529990:530117:- 128(nt) -52.80(kcal/mol)

GTTTGTGCGTGCGGCATCATCAAGATTCACAACAAAACTTTTGTGATGATAAGCTCTTTTTAATCGATCGACTTGATCAAAAGCTTCTCTCCGAAATGGGAATCTTGATGATGCTGCATCCACAGATA

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miR172c supercontig_53:1028975:1029145:- 171(nt) -63.50(kcal/mol)

GTTTGCTGGTGCAGCATCATCGAGATTCACATATATATTGCTAATATAAGGTAGCATATACATATATTTGTAATCAATCATCAGCAGCCATTGATACAAAAAGGATTTGCTAGCTAGCTATCCAGTAAGCTATGAAAATGAGAATCTTGATGATGCTGCATCGGCCATAAA

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miR319a supercontig_19:308106:308203:- 98(nt) -33.50(kcal/mol)

GGGTAGAAGTAGCTGCCGACTCATTCATTCAGCCACTCAGTATGTAAACTCGTCCCACTGTTGACTGTATGAATGATGCGGGAGATATTTTTACATCC

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miR319b supercontig_2:3347722:3347826:- 105(nt) -36.60(kcal/mol)

GGTTTGGATTAGCTGCCGACTCATTCATTCAGACACAGTAGAAATTAAGGGACCGGATCTTTTACTGCTGTGAATGTGTGAATGATGCGGGAGATAATTTCATCT

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miR390a supercontig_2:4098398:4098524:- 127(nt) -62.21(kcal/mol)

AGAATCTGTAAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGAACTCTATATCTATATATATATATATATATATATATGTAAAATCACGATTCATGAGTAGTGGCGCTATCTATCCTGAGTTTCACGGGTTCTTC

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miR390b supercontig_5:1983235:1983327:+ 93(nt) -42.10(kcal/mol)

AGAATCTGTTAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGGCGGGTCTTGAATCTTGATCTTCATTTGCGCTATCCATCCTGAGTTTCACTGCTTCTTC

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miR393 supercontig_19:1806787:1806929:- 143(nt) -59.02(kcal/mol)

AAAGGAGGCATCCAAAGGGATCGCATTGATCCTTTACAAGGTGAAAGCAATCTATATATATATATGTGTGTGTGTGTATATAAGTCTGTCTCCTGTATATATAGAGTTTAGGATCATGCTATCCCTTTGGATTCTTCCTTCGG

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miR394a supercontig_2:17552:17644:+ 93(nt) -34.44(kcal/mol)

CAGAGCCAATTTGGCATTCTGTCCACCTCCATTATACCCAATTCAGCTCGCCTTCTGTTTGGAGGCGGCCAGGATGTCAAACTCGGTCTGTAA

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miR394b supercontig_26:1710990:1711106:- 117(nt) -38.29(kcal/mol)

ACAGAGTTTATTGGCATTCTGTCCACCTCCACTGCGCATCGACCAATTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTACAAGGAAAGGAGGTGGGCATACTGTCAACAGAGCTCTGTTA

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miR395a supercontig_42:184653:184567: -87(nt) -37.50 kcal/mol

TTGTCCCCTAGAGTTCCTCTAATCACTTCATTGGGAGTCTCCAATTACTAAATCCACTGAAGTGTTTGGGGGAACACTGGGTGTCAC

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miR395b supercontig_42:185618:185713:+ 96(nt) -52.20(kcal/mol)

GGTGTCCCCTAGAGTTCCCCTGAGCACTTCACCGGAGATATATATATATATATATATCAATCTCGCTGAAGTGTTTGGGGGAACTCCGGGTGTCAT

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miR395c supercontig_183:228231:228323:- 93(nt) -36.90(kcal/mol)

GAGGTTCTCCCTGGAGTTTCCCTGACCACTTCAATGCATGCGGGCTCATTTTAGGCCTAATACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTGGTAGCTAC

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miR395d supercontig_183:234084:234174:- 91(nt) -43.30(kcal/mol)

GGTGTCCCCCGGAGTTTCCCTGACCACTTCATTGCATGAGGGCTGAATTTAGTCCTAATACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTGGTAGCTAC

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miR395e supercontig_183:234849:234946:+ 98(nt) -43.70(kcal/mol)

AAGAAGCCATAGAGATCAAGTCTCCCCTGGAGTTCCCTTAAACACTTCACTGAATTTCATTATTCCACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTTGGTGTCAT

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miR395f supercontig_183:235073:235150: +78(nt) -44.50 kcal/mol

TTTCTTCTGGAGTTCCCTTAAACACTTCACTGGATGTTATCATTCCACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTTGAAGTCAT

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miR396a supercontig_46:313655:313814:+ 160(nt) -69.81(kcal/mol)

GGTCATGTTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCTTTTTTCACTTCACCTCTCTCTCGTGATTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTCTTTTAAACGAGGGAGACGGTTAAGTATGTGATTTTCCCAGGAGAAGCTCAAGAAAGCTGTGGGAGGACATGGCAAT

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miR396b supercontig_46:319924:320025:- 102(nt) -47.30(kcal/mol)

ATTTGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATGATCTGTATTAGGAGAAAATTCTGTATATCGATTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACAGGCAG

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miR396c supercontig_217:178318:178439:- 122(nt) -39.60(kcal/mol)

CTTTGTGGTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGTGTACGTAAGTTATTGAGGGAAAAAAGCAGCTTATTTAATAAGCATATGCAATTATCAATTCAAGAAGGTTGTGGAATATTACCGGGAGGA

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miR397 supercontig_27:1548883:1548982:- 100(nt) -41.90(kcal/mol)

TGGAGAAACATCATTGAGTGCAGCGTTGATGAGTTATTTTTGCCTTTCAGAGTTTTGTCATGGATCTTACCAGCGCTGCACTCAATTATGTTTTTCACTC

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miR398a supercontig_34:1614391:1614515:+ 125(nt) -52.70(kcal/mol)

GATTCCGACGGGGACGACATGAGATCACACGAAAGGAAGCCCGCAGAAGGACAAAACCGTAAATGTAATCTGGTGGTATAATCCTCTGTGCTTCGTGTGTTCTCAGGTCGCCCCTGCTGGGATTC

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miR398b supercontig_1:3751317:3751410:+ 114(nt) -55.49 kcal/mol

CATAGCAGATGGTTCAGCTCAGAGGGGTGCCACCCGAGAACACATGTGGGTTGGTTGCCTCTCTCCCATCCACCAACGCACTTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGAGTCACCC

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miR399a supercontig_7:813667:813782:+ 116(nt) -48.40 kcal/mol

TGAAGATTACAGGGCAACATCTTCTTAGGCAGGTTGGTGTTCAAGACACTGATATACCATTAGATTTGTTTCTCAGTGTGTTCCCTGCCAAAGGAGATTTGCCCAGTAATTCTTCT

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miR399b supercontig_7:849268:849360:+ 93(nt) -41.40(kcal/mol)

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miR399c supercontig_7:855487:855597:- 111(nt) -44.80(kcal/mol)

AGGTTTGCATTACTGGGCAATTACTCCTCTGGCAGGTAGCAATCCCATTTCACCATTTATAATGGAAGTAACTTGCTCACTGCCAAAGGAGATTTGCCCGGCAATTCAACC

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miR399d supercontig_7:857818:857964:+ 147(nt) -61.60(kcal/mol)

AGAGGGTTTTTGAGTGTGGTTGAGGAATAACAGCGCAGTCCTCCTTTGGCAGAGAGAGCTGCAGCATGTAGCCAGCAAGGCCGATTATGATGATGCATGCATGCATGTTCTTGGTTTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTCCCTC

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miR399e supercontig_7:863722:863868:+ 147(nt) -57.60(kcal/mol)

AGAGGGTTTTTGAGTGTGGTTGAGGAATAACAGCGCAGTCCTCCTTTGGCAGAGAGAGCTGCAGCATGTAGCCAGCGACAATGATCATGGTGATGCATGCATTCATGTTCTTGGTTTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTCCCTC

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miR399 supercontig_4:3751317:3751410:+ 94(nt) -50.90 kcal/mol

AAATCAGTTGTAGGGCACCTCTTTCTTGGCAGGTGATGATAGTGCCCAGAAGGTCATATAACTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGCGACTGCTTC

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miR403 supercontig_18:535325:535470:- 146(nt) -42.90(kcal/mol)

GCATATTTCAAGTTTGTGCGCGAATCTAATCCAAAAAAACTCATCACTGAAACAGGCTTCTTGCCGTTCCCCTTTGATTTACTAATCAAATGCACTGCTTCATGGCGGGTGTGTGCTAGATTCACGCACAAACTCGTAATCTGTCT

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miR408 supercontig_812:11458:11569:- 112(nt) -52.50 kcal/mol

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miR530 supercontig_1:483450:483589:- 140(nt) -52.91(kcal/mol)

TTCCTTTATCTGCATTTGCACCTGCACCTTATTTCTTCTTTCGAGTTATATATATATATATATAGAAGTAGTACAGTATAATATTAACCGGGAAAGATCAAAAAAGGAGAGGTGCAGGTGTAGGTGCAGATGAATGTCAT

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miR535 supercontig_8:330769:330869:+ 101(nt) -45.90(kcal/mol)

GGGATTTGGGTGACAACGAGAGAGAGCACGCTTGTTATCACTCATCCGAGGTATATGATTGTGTACGGGCGTGCTCTATGTCGTTGTCATACAATCTGTTC

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miR3627 supercontig_14:603949:604068:- 120(nt) -65.40(kcal/mol)

TGAGGGATTCTTGTCGCAGGAGCGATGGCACCGGTTGGGTTAATTGCTTTCTGTCTTGATAAACATGAAGCTAAACCTGCAGTCTAGTGGTGCCGTCGCACTGTGACAAGAATCCCTTTA

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miR-c1 supercontig_34:932871:932977:+ 107(nt) -27.10(kcal/mol)

CCAATACTCACTTGGTAGCTGTTGTTGTAGGCGAACTCTATCAGGGGCAGATGGTCGTCCCAATGGCCCCCAAAGTCAATGACACAAGCTCGGAGCATGTCCTCAAG

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miR-c2 supercontig_14:473086:473226:- 141(nt) -41.40(kcal/mol)

AAACGCAAATGGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGCGAGAGGCACGGGGATCGATACCCCGCATCTCCATTTTTATTTTAAGCAAAATATATTTTTCTAATGTCCCGGCTCATCCTGGCTTGATCAC

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miR6-c3 supercontig_121:286775:286884:+ 110(nt) -70.40(kcal/mol)

CGGGGGTCCCAGCCCCGAACCCGTCGGCTGTCGGTGGACTGCTCGAGCTGCTCCCGCGGCGAGAGCAGGTCGCCGTGTGCCGGCCGGGGGACGGACTGGGAATGACTCCC

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miR-c4 supercontig_30:712912:713074:+ 163(nt) -69.70(kcal/mol)

CTTCATATTCCTTTTCAAGACTTCAGCTTCAAATGCATCAATGACAATTTTCTCTCTTTACAAATAGACTGATTTTGAGTACAGAAAATTCAGTCTTTAAGTTGGTGGGAACAATTGCCCTTGATGCAATTGAAGCTGAAGTCTTGAAAGAGAAATTGAGTTT

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miR-c5 supercontig_56:785170:785270:- 101(nt) -49.70(kcal/mol)

AAGGACCAGCTAATCTGCATCCTGAGGTTTGGATCGACATACCTGTCGTGTATATATATATATGTATCCAGACCTTGGGATGCGGATTACCTTTTCCTGCC

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miR-c6 supercontig_184:39842:39941:- 100(nt) -40.60(kcal/mol)

GGATGAACCCATCTGCTGATTCATGGATACCTTTGTGTTGTGCAGGATGGTTGGGCACGGCTCAAGGGTTTTGCATGACTCAGGAGATGTGCTTGCCTTG

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miR-c7 supercontig_57:1165010:1165122:+ 113(nt) -34.60 kcal/mol

CTCATCTGTGAAGGAATAGCAACTTCTGTCAGTTCTAATATTTGTGGGTTTCACAACCACACTACTTAAACTTCTTGTTGACGGTAGTTGTAAATCCTCATAGACTGGAGGTG

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miR-c8 supercontig_139:603617:603722:+ 106(nt) -58.90(kcal/mol)

AGAGATTTCCTACGCAGGAGAGATGGCGCCGTCAGCCGTGCCTATCTCCATTGGGTGAGCGACTAGCTTGGCTGCCGGCATCATGTCTCTTGCATAGGACATCTCG

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miR-c9 supercontig_23:324101:324323:+ 223(nt) -45.90(kcal/mol)

TCGAACTTGGCATTCTTCTTTGTGAGTCGGGTCAGGGGAGCAGCTAGACTAGAAAATCCATCAACAAACATGCGGTAATAGCCTGTCATTCCCAGGAAGCTACAGATCTCTTTAACTGATGTCAATTTCTCCTAGCCGAGCACTGCTTCAACATTTTCAGGGTTCACTGATACTCCATCCTTAAATATGATGTGTCCTAGGAAGGTGGTCTGCTCAAGCCAAA

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miR-c10 supercontig_76:155996:156160:+ 165(nt) -37.10(kcal/mol)

TGAAAAGGATTCTGGTAGAGATTTGAGCATGGGCTTGAAGATGCCAAGAACATTGAGACCATTCAGGATACGAAAAAATGCATCCGGAACTTCATTGCCTAGAAAATTGCCATGAAGAAATAATGATGGGATTTTCTCTGATTTGCTGCTATATCCAACTATTCT

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miR-c11 supercontig_24:2325154:2325256:- 103(nt) -45.90(kcal/mol)

CTAGATGATGTAAAGTGGAATTGGGATAATACCTTTCAAACTCCATAAAAATTAGTGGAATTTGAAATATATTATCCAAATTCCATTTTGAATTATCTAGAAA

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Online Resource 3. Phased-miRNAs from the miR169b precursor.