Online Resource 1. miRNA sequences, precursor structures and loci in the genome.
miR156a supercontig_127:309664:309763:+ 100(nt) -40.30(kcal/mol)
ACATAGAAATTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGAGACAGTTGTATAAAGTTATATTTCTGCACTTGCGTGCTCACTTCTCTTTCTGTCACCTTCCAGCT
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miR156b supercontig_28:1942481:1942585:- 105(nt) -56.40(kcal/mol)
ATAAAGGAGATGACAGAAGAGAGTGAGCACCCATGGCGTTTTTCTTGCATGGATGTTCCATGCTCGAAGCTCTGCGTGCTCTCTCTCTCTCTGTCATCCCTTGTA
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miR156c supercontig_46:1383636:1383737:- 102(nt) -54.00(kcal/mol)
AAAGAGAGACTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGCAGGCAATTGTATGAAGGCATACCTTTGCGGGTGCGTGCTCACTTCTCTTTCTGTCAGCTACTTTCAGT
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miR156d supercontig_7:1524391:1524494:+ 104(nt) -56.00(kcal/mol)
GTAAAGGAGGTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTTCTTTCTTGCATGCTGGGTTCATGCTTGAAGCTCTGCGTGCTCGCTCTCTATCTGTCACCCCGCTAA
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miR156e supercontig_12:1031499:1031602:- 104(nt) -54.20(kcal/mol)
ATATTCATGTTGACAGAAGAGAGAGAGCACAAGCCAGCATTGGCTAAAGAGAGTCTTTAGTCTTGTTGGGAGTGTGCTTTCTCTACTTCTGTCACCATCATCAT
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miR156f supercontig_170:116112:116225:- 114(nt) -50.00(kcal/mol)
ACTGGTGTTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATGAAATGCAAATTAGAAGGACCAAACAGTGCATCTCACTCCTTTGTGCTCTCTATTCTTCTGTCATCACCTTCAGTC
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miR156g supercontig_3:3349052:3349173:- 122(nt) -50.11(kcal/mol)
GGTGATGTTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATGATATGCAATTCATTAATGGATCAGATCAACTCTCTGCATCTCACTCCTTTGTGCTCTCTATGCTTCTGTCATCATCTTCAGCC
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miR159 supercontig_3:3080232:3080428:+ 197(nt) -94.40(kcal/mol)
GAAAGAGGTTAAGTGTAGAGCTCCTTGAAGTCCAATAGAGGATTTTGCAGGGTTGATTGAGCTGCCGAGCTATGGATTCCACAGCCCTACCCGAAGTTATACTTTTTCTGGGTAGGCTTGCGGTTTGCATATCTCAGGAGCTGCATTACCCTAAGCTTAATCCTTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCTCGCTC
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miR160a supercontig_102:191497:191596:- 100(nt) -57.70(kcal/mol)
TTGTTTTGCATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATCTGCAAAGCGCCCATCAGGAGTGGTGGCCTTGGTGGATGGCGTGCGAGGAGCCATGCATGCCTATTTG
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miR160b supercontig_192:167552:167655:+ 104(nt) -56.50(kcal/mol)
TACATAGTTATGCCTGGCTCCCTGTATGCCACAAGCACAACCCGATCTTTCCGATGATTGGCCGGTGCCGGTGGCGTGCGAGGAGCCAAGCATGTCTGTTTATT
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miR160c supercontig_53:453367:453467:+ 101(nt) -54.90(kcal/mol)
GTGAGTGTTGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGCAGAGCCCACCGAGCATCGCTGGCCTCCGTGGATGGCGTATGAGGAGCCATGCATACTCCCACATA
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miR160d supercontig_27:1977824:1977931:+ 108(nt) -49.80(kcal/mol)
AATAGTGATCTGCCTGGCTCCCTGAATGCCATCTAAGAAGCCTTGGCAAAGAGTGTTGGCAACCTTCTTACTTGGCATGAGGGGAGTCATGCAGGCCCCCAACTATTC
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miR162 supercontig_13:841215:841321:+ 107(nt) -36.50(kcal/mol)
GTAAAGTCACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGGGAATTTGGTGTGAAAAATCACAGAACATGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGTTACCCCC
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miR164a supercontig_33:1000653:1000767:+ 115(nt) -43.45(kcal/mol)
TTGAGCAAGATGGAGAAGCAGGGCACGTGCATTACTAACTCATGCACGATTTTTTATATATACCCGCACCCAATGAGTTAGTTCTTCATGTGCCCGTCTTCCCCATCATGACCAT
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miR164b supercontig_9:1693823:1693909:+ 87(nt) -43.50(kcal/mol)
AGCTCCCTGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCAAATTCTCCATGGCTTTCCCCTCTTTGCACGTGCTCCCCTTCTCCAACATGGGTTCC
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miR164c supercontig_327:43479:43566:+ 88(nt) -45.80 kcal/mol
GAAGCTCTTGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCAAAGGCTAGATATTGACACCTGCATTGCACGTGCTCCCCTTCTCCAACATGGGTTCC
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miR166a supercontig_113:681012:681157:- 146(nt) -56.80(kcal/mol)
GAGGTTAATGGGAATGTTGTTTGGCTCGAGGTCATCTGTGATAGCCTCTGAAATTTTCTTAGGGGCCTTTTTACTTTCCCGGAAAATTTCTGCATCTACATACCTCTAGTTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCGTCAACCGAAC
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miR166b supercontig_144:273286:273429:- 144(nt) -52.39(kcal/mol)
TTTTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGACATTTAATTCTATGCATCCATCCATCCATCCATTTACATCTCCAGATCTGGACTACTTGGATTAATTTTGAGTTAGTGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTTCTG
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miR166c supercontig_58:558835:558967:- 133(nt) -58.31(kcal/mol)
NGAGTTGAGGGGAATGCTGTCTGGTTCGAGACCATTCATTAATTCAAACTAAGCTTAATTTGAAGATTGAGTTCATTGTCCATCTCCTCTTAATTAGTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAACGCATG leaf-in-m0238 102208
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miR166d supercontig_52:1394688:1394788:- 101(nt) -55.20(kcal/mol)
ACAGTTGAGGGGAATGTCGTCTGGTTCGAGATCATTCATGTGAAGGTTCGAGATCGTTTCTTGGATGATTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAACTTAGC
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miR166e supercontig_3:1024847:1024993:+ 147(nt) -57.40(kcal/mol)
TCTTTTGAGGTGAATGTTGTCTGGTTCAAGAACACACCAACTTCTAGATCCGTCCTTATATATGCATACGTATATGTATGTATATCTTATTTGTTGTAGCGCAGGAGCAAGTGTTCTTGGACCAGGCTTCATTCCCCTTAACTACTG
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miR167a supercontig_52:1082166:1082270:+ 105(nt) -45.31(kcal/mol)
AAGGAAAAAGTGAAGCTGCCAGCATGATCTAGCTAGCTTTAATGGTTATAGAAGAAATGATAACCCTAGTTAGGTCATGCTCTGACAGCCTCACTCCTTCCTGCT
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miR167b supercontig_52:1083898:1083987:+ 90(nt) -42.00(kcal/mol)
CAGTAGCAGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTAAACTTTCCTTCCACTCTCAAGGATTGATCGGATCATGTGGTAGCTTCACCTGTTCATGG
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miR167c supercontig_44:1619878:1619970:+ 93(nt) -34.00(kcal/mol)
CGCCATCAGATGAAGCTGCCAGCATGATCTTAACCTCTCTCTTATCATGCAGAGTGAAGATCAGATCATATGGCAGTTTCACCCGTTGACTGC
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miR167d supercontig_117:862498:862595:+ 98(nt) -49.00(kcal/mol)
CTATAGCAGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTGAGCTTTTTCCGTGTTGATTTGCCATATCAGGAGAGCATAGATCATGTGGCAGTTTCATCTGCTAATG
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miR169a supercontig_183:1496:1630:- 135(nt) -60.40(kcal/mol)
TGTTGTTGGATAGCCAAGGATGACTTGCCTGAGGCCACAACAATGAGGGTTTGAAGATTAAAATGGAGAGAAATTAATTTAAGGCCTTCTTGTTTGGTTTTCTCAGGCAGTCTCCTTGGCTAAGCTGACACACTC
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miR169b supercontig_183:1884:2000:- 117(nt) -45.00 kcal/mol
TGCTGTTTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGCATGATGCCCTTCATAAATTATCTAAAGAAGCCATTTTTGTTGGGTTAATTCATCTAGGCAGTCTCCTTTGGCTAACTTGACAGGC
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miR169c supercontig_70:617870:618009:- 140(nt) -53.60(kcal/mol)
TCTTGTTTGGTAGCCAAGAATGACTTGCCTGCAGCCTCTTTTCAAGTGTACATATTTTGACTCCATTTATTTGTCAAAAACAAACACGGCACTACTTGTTGAGATCCAGGCAGGCAGTCATCTTGGCTAACTTGACAGGC
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miR169d supercontig_95:481288:481405:- 118(nt) -58.40(kcal/mol)
ATATTAGATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCCGCCGGCATTGGCTTTTACCAGCCGGAAAATAAAAAGCTTCCAAATAATCGCCGGCCGGCAGGTTGTCCTTGGCTACATGTCTTTC
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miR169e supercontig_14:1177055:1177290:+ 236(nt) -71.31(kcal/mol)
TTATGGGGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCAAGCTTAGTTAATAATATATATCTTGCAAAACCACGATATTTATATGTCAAACACTCACAATCAGACAAACACACATACATATGCATATGTATTCATTCTTTTGTCTATGTATGCCCATTATTGTTTAGTGTTAATTAGTAATGTGATGTTAGCTTTACTAAGAAAGGTTCGTCGGCAAGTCGTCTCTGGCTACACGGCTGCCT
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miR169f supercontig_328:7789:7906:- 157(nt) -63.40 kcal/mol
GAGTATAATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCTCAGCATATATATCATATGTGTGTGTGTGTAAGGGCACGCTTGATCTGTTGTCGGCCGGCAAGTTGTTCTTGGCTACATCGTGCTC
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miR169g supercontig_328:17625:17740:- 116(nt)-53.20 kcal/mol
GAGTTGAGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGACATCTATATATATATATATATATATATATCGTAATATATGTAACCTTCTCTCCCGGCAAGTTACTCCTTGGCTACACTTGATTC
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miR169h supercontig_328:17821:17908:- 88(nt) -49.00 kcal/mol
GAGTGCGGTGTAGCCAAGGATGACTTGCCGGCTGGCTGACCGGCCGGCTTGGTGGTCGGCAAGTCTAATCTTTGGCTACATTTTGTTC
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miR169i supercontig_25:2285200:2285305:- 106(nt) -47.00 kcal/mol
GAGTGGGCTTGAGCCAAGGATGACTTGCCAGGAATTTATCAAGTGACAGTATTGATTAATCGTTAAAAGGGTTATCTGGGAAGTCACCCTTGGTTCAATCTCGCTC
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miR169j supercontig_4:2330849:2330979:- 131(nt) -47.30 kcal/mol
CATTGTTTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTAAATTCATTTTAGGGTTTTTATATATATATATATATTAATATTTGAAACCCTCAAAATGGAAGATGGGCAGTCTCCTTTGGCTATCCTAACTGCCTCTAAT
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miR169k supercontig_119: 59994:60108:- 115 (nt)-43.40 kcal/mol
GGTAATTGTGCAGCCAAGAATGACTTGCCGACTCTTCTATTGTCCTTGCTATTCTCTGGCGATGACTCACAGAGTTTTACCAAATTGGCAAGTCGTCCTTGGCTACATGTTT
CTT
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miR171a supercontig_152:127569:127665:- 97(nt) -51.10(kcal/mol)
AGACAAACGAGATATTGGTGCGGTTCAATCGGAGAGCATTACTCTAAAGTGTAGAGACGTGTTGTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTGTGATT
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miR171b supercontig_87:527110:527212:- 103(nt) -40.80(kcal/mol)
TGGTCAATTTAACGGGATATTGGTCCGGTTCAATAAGAAAACAGTGCTCTGATCGTGTTGAGTTCTGCTTTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTATGATT
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miR171c supercontig_13:901143:901245:- 103(nt) -48.60(kcal/mol)
TAAGGTACGGGGATGTTGGAATGGCTCAATCAAATCAAATCTCCAAAGTCTTTGATTTTGGGTCTTTTAATTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTATATGT
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miR171d supercontig_6:2340365:2340503:+ 139(nt) -52.50(kcal/mol)
GTCACTATGATATTGGCCTGGTTCACTCAGACAAGTTAAGCAGCTAGTTGAGAGCTTTTCGGAGAAAAAGCTAAATAGCTGTGTGTTGGTCGGTTGAGCTTTTTCTTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCTCAGTGCGCC
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miR171e supercontig_70:1070966:1071104:- 139(nt) -51.40(kcal/mol)
TTGTGGAGGGATGATAATCATGATGAAAGTTGTTGGATGTTGGCATGGTTCAATCAAATTAAAGCTCTCATTAATGGCTGGAGATATTCATGTTGAGTTCTTTTAGTCTGATTGAGCCGTGCCAATATCATTTTCACTC
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miR172a supercontig_1:5256135:5256332:+ 198(nt) -79.91(kcal/mol)
GTTTGCGGATGGAGCATCATCAAGATTCACAAAATTAAACACATTAGGGCTAGTAGTGTGGGGTTTGTGGTGGTGGGTGACGGTGATGGCCCCTTCTGCTCTTTTTTTTTTCAGTGGTCCCGTTGCTTATTTCACTGCAACACCCTTGGCTCTCTCTCTTTGATTATGGGAATCTTGATGATGCTGCAGCGGCAATAA
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miR172b supercontig_81:529990:530117:- 128(nt) -52.80(kcal/mol)
GTTTGTGCGTGCGGCATCATCAAGATTCACAACAAAACTTTTGTGATGATAAGCTCTTTTTAATCGATCGACTTGATCAAAAGCTTCTCTCCGAAATGGGAATCTTGATGATGCTGCATCCACAGATA
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miR172c supercontig_53:1028975:1029145:- 171(nt) -63.50(kcal/mol)
GTTTGCTGGTGCAGCATCATCGAGATTCACATATATATTGCTAATATAAGGTAGCATATACATATATTTGTAATCAATCATCAGCAGCCATTGATACAAAAAGGATTTGCTAGCTAGCTATCCAGTAAGCTATGAAAATGAGAATCTTGATGATGCTGCATCGGCCATAAA
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miR319a supercontig_19:308106:308203:- 98(nt) -33.50(kcal/mol)
GGGTAGAAGTAGCTGCCGACTCATTCATTCAGCCACTCAGTATGTAAACTCGTCCCACTGTTGACTGTATGAATGATGCGGGAGATATTTTTACATCC
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miR319b supercontig_2:3347722:3347826:- 105(nt) -36.60(kcal/mol)
GGTTTGGATTAGCTGCCGACTCATTCATTCAGACACAGTAGAAATTAAGGGACCGGATCTTTTACTGCTGTGAATGTGTGAATGATGCGGGAGATAATTTCATCT
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miR390a supercontig_2:4098398:4098524:- 127(nt) -62.21(kcal/mol)
AGAATCTGTAAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGAACTCTATATCTATATATATATATATATATATATATGTAAAATCACGATTCATGAGTAGTGGCGCTATCTATCCTGAGTTTCACGGGTTCTTC
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miR390b supercontig_5:1983235:1983327:+ 93(nt) -42.10(kcal/mol)
AGAATCTGTTAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGGCGGGTCTTGAATCTTGATCTTCATTTGCGCTATCCATCCTGAGTTTCACTGCTTCTTC
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miR393 supercontig_19:1806787:1806929:- 143(nt) -59.02(kcal/mol)
AAAGGAGGCATCCAAAGGGATCGCATTGATCCTTTACAAGGTGAAAGCAATCTATATATATATATGTGTGTGTGTGTATATAAGTCTGTCTCCTGTATATATAGAGTTTAGGATCATGCTATCCCTTTGGATTCTTCCTTCGG
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miR394a supercontig_2:17552:17644:+ 93(nt) -34.44(kcal/mol)
CAGAGCCAATTTGGCATTCTGTCCACCTCCATTATACCCAATTCAGCTCGCCTTCTGTTTGGAGGCGGCCAGGATGTCAAACTCGGTCTGTAA
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miR394b supercontig_26:1710990:1711106:- 117(nt) -38.29(kcal/mol)
ACAGAGTTTATTGGCATTCTGTCCACCTCCACTGCGCATCGACCAATTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTACAAGGAAAGGAGGTGGGCATACTGTCAACAGAGCTCTGTTA
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miR395a supercontig_42:184653:184567: -87(nt) -37.50 kcal/mol
TTGTCCCCTAGAGTTCCTCTAATCACTTCATTGGGAGTCTCCAATTACTAAATCCACTGAAGTGTTTGGGGGAACACTGGGTGTCAC
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miR395b supercontig_42:185618:185713:+ 96(nt) -52.20(kcal/mol)
GGTGTCCCCTAGAGTTCCCCTGAGCACTTCACCGGAGATATATATATATATATATATCAATCTCGCTGAAGTGTTTGGGGGAACTCCGGGTGTCAT
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miR395c supercontig_183:228231:228323:- 93(nt) -36.90(kcal/mol)
GAGGTTCTCCCTGGAGTTTCCCTGACCACTTCAATGCATGCGGGCTCATTTTAGGCCTAATACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTGGTAGCTAC
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miR395d supercontig_183:234084:234174:- 91(nt) -43.30(kcal/mol)
GGTGTCCCCCGGAGTTTCCCTGACCACTTCATTGCATGAGGGCTGAATTTAGTCCTAATACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTGGTAGCTAC
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miR395e supercontig_183:234849:234946:+ 98(nt) -43.70(kcal/mol)
AAGAAGCCATAGAGATCAAGTCTCCCCTGGAGTTCCCTTAAACACTTCACTGAATTTCATTATTCCACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTTGGTGTCAT
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miR395f supercontig_183:235073:235150: +78(nt) -44.50 kcal/mol
TTTCTTCTGGAGTTCCCTTAAACACTTCACTGGATGTTATCATTCCACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTTGAAGTCAT
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miR396a supercontig_46:313655:313814:+ 160(nt) -69.81(kcal/mol)
GGTCATGTTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCTTTTTTCACTTCACCTCTCTCTCGTGATTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTCTTTTAAACGAGGGAGACGGTTAAGTATGTGATTTTCCCAGGAGAAGCTCAAGAAAGCTGTGGGAGGACATGGCAAT
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miR396b supercontig_46:319924:320025:- 102(nt) -47.30(kcal/mol)
ATTTGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATGATCTGTATTAGGAGAAAATTCTGTATATCGATTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACAGGCAG
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miR396c supercontig_217:178318:178439:- 122(nt) -39.60(kcal/mol)
CTTTGTGGTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGTGTACGTAAGTTATTGAGGGAAAAAAGCAGCTTATTTAATAAGCATATGCAATTATCAATTCAAGAAGGTTGTGGAATATTACCGGGAGGA
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miR397 supercontig_27:1548883:1548982:- 100(nt) -41.90(kcal/mol)
TGGAGAAACATCATTGAGTGCAGCGTTGATGAGTTATTTTTGCCTTTCAGAGTTTTGTCATGGATCTTACCAGCGCTGCACTCAATTATGTTTTTCACTC
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miR398a supercontig_34:1614391:1614515:+ 125(nt) -52.70(kcal/mol)
GATTCCGACGGGGACGACATGAGATCACACGAAAGGAAGCCCGCAGAAGGACAAAACCGTAAATGTAATCTGGTGGTATAATCCTCTGTGCTTCGTGTGTTCTCAGGTCGCCCCTGCTGGGATTC
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miR398b supercontig_1:3751317:3751410:+ 114(nt) -55.49 kcal/mol
CATAGCAGATGGTTCAGCTCAGAGGGGTGCCACCCGAGAACACATGTGGGTTGGTTGCCTCTCTCCCATCCACCAACGCACTTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGAGTCACCC
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miR399a supercontig_7:813667:813782:+ 116(nt) -48.40 kcal/mol
TGAAGATTACAGGGCAACATCTTCTTAGGCAGGTTGGTGTTCAAGACACTGATATACCATTAGATTTGTTTCTCAGTGTGTTCCCTGCCAAAGGAGATTTGCCCAGTAATTCTTCT
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miR399b supercontig_7:849268:849360:+ 93(nt) -41.40(kcal/mol)
TGAAGATTACTGGGTGAAATCTTTTTTAGGCAGGTGGGCAATTTTCTCTTCAATGAGCCTCCTGCCAAAGGAGATTTGCCCGGCAATTCTTCT
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miR399c supercontig_7:855487:855597:- 111(nt) -44.80(kcal/mol)
AGGTTTGCATTACTGGGCAATTACTCCTCTGGCAGGTAGCAATCCCATTTCACCATTTATAATGGAAGTAACTTGCTCACTGCCAAAGGAGATTTGCCCGGCAATTCAACC
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miR399d supercontig_7:857818:857964:+ 147(nt) -61.60(kcal/mol)
AGAGGGTTTTTGAGTGTGGTTGAGGAATAACAGCGCAGTCCTCCTTTGGCAGAGAGAGCTGCAGCATGTAGCCAGCAAGGCCGATTATGATGATGCATGCATGCATGTTCTTGGTTTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTCCCTC
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miR399e supercontig_7:863722:863868:+ 147(nt) -57.60(kcal/mol)
AGAGGGTTTTTGAGTGTGGTTGAGGAATAACAGCGCAGTCCTCCTTTGGCAGAGAGAGCTGCAGCATGTAGCCAGCGACAATGATCATGGTGATGCATGCATTCATGTTCTTGGTTTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTCCCTC
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miR399 supercontig_4:3751317:3751410:+ 94(nt) -50.90 kcal/mol
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miR403 supercontig_18:535325:535470:- 146(nt) -42.90(kcal/mol)
GCATATTTCAAGTTTGTGCGCGAATCTAATCCAAAAAAACTCATCACTGAAACAGGCTTCTTGCCGTTCCCCTTTGATTTACTAATCAAATGCACTGCTTCATGGCGGGTGTGTGCTAGATTCACGCACAAACTCGTAATCTGTCT
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miR408 supercontig_812:11458:11569:- 112(nt) -52.50 kcal/mol
GAAAGCAGAGACACAGGCTGGGAAGAGGCAGAGCATGGATGGAGTCATTAACAATATACCCTTCTGTTTTTGGTTCTACCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTCTCTTTT
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miR530 supercontig_1:483450:483589:- 140(nt) -52.91(kcal/mol)
TTCCTTTATCTGCATTTGCACCTGCACCTTATTTCTTCTTTCGAGTTATATATATATATATATAGAAGTAGTACAGTATAATATTAACCGGGAAAGATCAAAAAAGGAGAGGTGCAGGTGTAGGTGCAGATGAATGTCAT
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miR535 supercontig_8:330769:330869:+ 101(nt) -45.90(kcal/mol)
GGGATTTGGGTGACAACGAGAGAGAGCACGCTTGTTATCACTCATCCGAGGTATATGATTGTGTACGGGCGTGCTCTATGTCGTTGTCATACAATCTGTTC
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miR3627 supercontig_14:603949:604068:- 120(nt) -65.40(kcal/mol)
TGAGGGATTCTTGTCGCAGGAGCGATGGCACCGGTTGGGTTAATTGCTTTCTGTCTTGATAAACATGAAGCTAAACCTGCAGTCTAGTGGTGCCGTCGCACTGTGACAAGAATCCCTTTA
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miR-c1 supercontig_34:932871:932977:+ 107(nt) -27.10(kcal/mol)
CCAATACTCACTTGGTAGCTGTTGTTGTAGGCGAACTCTATCAGGGGCAGATGGTCGTCCCAATGGCCCCCAAAGTCAATGACACAAGCTCGGAGCATGTCCTCAAG
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miR-c2 supercontig_14:473086:473226:- 141(nt) -41.40(kcal/mol)
AAACGCAAATGGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGCGAGAGGCACGGGGATCGATACCCCGCATCTCCATTTTTATTTTAAGCAAAATATATTTTTCTAATGTCCCGGCTCATCCTGGCTTGATCAC
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miR6-c3 supercontig_121:286775:286884:+ 110(nt) -70.40(kcal/mol)
CGGGGGTCCCAGCCCCGAACCCGTCGGCTGTCGGTGGACTGCTCGAGCTGCTCCCGCGGCGAGAGCAGGTCGCCGTGTGCCGGCCGGGGGACGGACTGGGAATGACTCCC
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miR-c4 supercontig_30:712912:713074:+ 163(nt) -69.70(kcal/mol)
CTTCATATTCCTTTTCAAGACTTCAGCTTCAAATGCATCAATGACAATTTTCTCTCTTTACAAATAGACTGATTTTGAGTACAGAAAATTCAGTCTTTAAGTTGGTGGGAACAATTGCCCTTGATGCAATTGAAGCTGAAGTCTTGAAAGAGAAATTGAGTTT
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miR-c5 supercontig_56:785170:785270:- 101(nt) -49.70(kcal/mol)
AAGGACCAGCTAATCTGCATCCTGAGGTTTGGATCGACATACCTGTCGTGTATATATATATATGTATCCAGACCTTGGGATGCGGATTACCTTTTCCTGCC
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miR-c6 supercontig_184:39842:39941:- 100(nt) -40.60(kcal/mol)
GGATGAACCCATCTGCTGATTCATGGATACCTTTGTGTTGTGCAGGATGGTTGGGCACGGCTCAAGGGTTTTGCATGACTCAGGAGATGTGCTTGCCTTG
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miR-c7 supercontig_57:1165010:1165122:+ 113(nt) -34.60 kcal/mol
CTCATCTGTGAAGGAATAGCAACTTCTGTCAGTTCTAATATTTGTGGGTTTCACAACCACACTACTTAAACTTCTTGTTGACGGTAGTTGTAAATCCTCATAGACTGGAGGTG
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miR-c8 supercontig_139:603617:603722:+ 106(nt) -58.90(kcal/mol)
AGAGATTTCCTACGCAGGAGAGATGGCGCCGTCAGCCGTGCCTATCTCCATTGGGTGAGCGACTAGCTTGGCTGCCGGCATCATGTCTCTTGCATAGGACATCTCG
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miR-c9 supercontig_23:324101:324323:+ 223(nt) -45.90(kcal/mol)
TCGAACTTGGCATTCTTCTTTGTGAGTCGGGTCAGGGGAGCAGCTAGACTAGAAAATCCATCAACAAACATGCGGTAATAGCCTGTCATTCCCAGGAAGCTACAGATCTCTTTAACTGATGTCAATTTCTCCTAGCCGAGCACTGCTTCAACATTTTCAGGGTTCACTGATACTCCATCCTTAAATATGATGTGTCCTAGGAAGGTGGTCTGCTCAAGCCAAA
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miR-c10 supercontig_76:155996:156160:+ 165(nt) -37.10(kcal/mol)
TGAAAAGGATTCTGGTAGAGATTTGAGCATGGGCTTGAAGATGCCAAGAACATTGAGACCATTCAGGATACGAAAAAATGCATCCGGAACTTCATTGCCTAGAAAATTGCCATGAAGAAATAATGATGGGATTTTCTCTGATTTGCTGCTATATCCAACTATTCT
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miR-c11 supercontig_24:2325154:2325256:- 103(nt) -45.90(kcal/mol)
CTAGATGATGTAAAGTGGAATTGGGATAATACCTTTCAAACTCCATAAAAATTAGTGGAATTTGAAATATATTATCCAAATTCCATTTTGAATTATCTAGAAA
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Online Resource2 AGO proteins in Carica papayaPACid / Protein
16410499 / AGO1
16408280 / AGO2
16432306 / AGO3
16415301 / AGO4
16420634 / AGO5
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16404413 / AGO7
16431642 / AGO8
16425934 / AGO9
16420136 / AGO10
Online Resource 3. Phased-miRNAs from the miR169b precursor.
Online Resource4 Predicted targets of Phased-miR159Phased-miRNA / Sequence(5'-3') / Target / Function of target
Cpq-miR159.2-5p / AGGATTTTGCAGGGTTGATTG / 16408664 / targeting protein for Xklp2
Cpa-miR159.3-3p / TTTGCATATCTCAGGAGCTGC / 16414640 / Phototropic-responsive NPH3 family protein
16423904 / transducin family protein / WD-40 repeat family
Ath-miR159a.2-5p / TGAGTTGAGCAGGGTAAAGAAA / AT1G75520.1 / A member of SHI gene family
AT3G04910.1 / Serine/threonine protein kinase
Ath-miR159a.3-3p / ATTGCATATCTCAGGAGCTTT / AT1G43630.1 / Protein of unknown function
AT1G73920.1 / alpha/beta-Hydrolases