Table S1. Heavy Chain Aggregation-Prone AmylPred Calculation
JOB ID: 1302975527
NAME : BevacizumabHC
Time : 20:38:47 , Apr 16 2011
_CONSENSUS PREDICTION_:
18 - 22
27 - 31
34 - 37
47 - 55
68 - 72
91 - 97
107 - 112
117 - 121
149 - 153
202 - 207
265 - 271
280 - 286
306 - 317
370 - 377
408 - 415
429 - 433
_DETAILS_:
->* The presence of values in a column indicates a hit. For methods that return scores, the scores
are used to mark the hit. Otherwise the aminocid sequence of the region is repeated into the
column. SecStr hits are marked as "a~b" for no reason other than to improve readability.
Columns - Values
AA : Residue numbering
SEQ : Sequence
graph : Joint prediction histogram showing the number of methods with positive results (hits) at each
aminoacid residue position.
G : Sequence regions with Average Packing Density values above threshold (Galzitskaya et al., 2006)
S : Conformational Switches detected by SecStr (Hamodrakas et al., 2007)
P : Sequence regions that match the Amyloidogenic Pattern (Lopez de la Paz & Serrano, 2004 )
T : Sequence regions with Tango scores above threshold (Fernandez-Escamilla et al., 2004)
Z : Sequence regions with Conformational Energy values below threshold (Zhang et al., 2007)
CON : Sequence regions predicted as hits by the Consensus method (AmylPred)
AA SEQ | graph | G ' S ' P ' T ' Z | CON
------| ------| ------' --- ' --- ' ----- ' ------| ---
1 E | ' | ' ' ' ' |
2 V | ' | ' ' ' ' |
3 Q | ' | ' ' ' ' |
4 L | ' | ' ' ' ' |
5 V | ' | ' ' ' ' |
6 E | ' | ' ' ' ' |
7 S | ' | ' ' ' ' |
8 G | ' | ' ' ' ' |
9 G | ' | ' ' ' ' |
10 G | ' | ' ' ' ' |
11 L | ' | ' ' ' ' |
12 V | ' | ' ' ' ' |
13 Q | ' | ' ' ' ' |
14 P | ' | ' ' ' ' |
15 G | ' | ' ' ' ' |
16 G | ' | ' ' ' ' |
17 S | ' | ' ' ' ' |
18 L | * * | 21.524 ' ' ' ' -36.410 | L
19 R | * * | 21.758 ' ' ' ' -36.410 | R
20 L | * * | 22.886 ' ' ' ' -52.569 | L
21 S | * * | 21.774 ' ' ' ' -52.569 | S
22 C | * * | 21.562 ' ' ' ' -35.253 | C
23 A | * ' | ' ' ' ' -35.253 |
24 A | * ' | ' ' ' ' -35.253 |
25 S | * ' | ' ' ' ' -35.253 |
26 G | * ' | ' ' ' ' -35.253 |
27 Y | * * | 21.806 ' ' ' ' -40.962 | Y
28 T | * * | 22.118 ' ' ' ' -40.962 | T
29 F | * * | 22.396 ' ' ' ' -40.962 | F
30 T | * * | 22.396 ' ' ' ' -40.962 | T
31 N | * * | 21.85 ' ' ' ' -40.962 | N
32 Y | * ' | ' ' ' ' -30.617 |
33 G | * ' | ' ' ' ' -30.617 |
34 M | * * | 23.05 ' ' ' ' -30.617 | M
35 N | * * | 22.626 ' ' ' ' -30.617 | N
36 W | * * | 23.396 ' ' ' ' -30.617 | W
37 V | * * | 22.274 ' ' ' ' -30.617 | V
38 R | * ' | 22.554 ' ' ' ' |
39 Q | ' | ' ' ' ' |
40 A | ' | ' ' ' ' |
41 P | ' | ' ' ' ' |
42 G | ' | ' ' ' ' |
43 K | ' | ' ' ' ' |
44 G | ' | ' ' ' ' |
45 L | ' | ' ' ' ' |
46 E | * ' | 22.544 ' ' ' ' |
47 W | * * | 22.544 ' ' ' ' -48.207 | W
48 V | * * | 23.144 ' ' ' ' -28.886 | V
49 G | * * | 24.85 ' ' ' ' -27.183 | G
50 W | * * * | 22.858 ' ' W ' ' -34.670 | W
51 I | * * * | 22.03 ' ' I ' ' -34.670 | I
52 N | * * * | 23.828 ' ' N ' ' -34.670 | N
53 T | * * * | 22.104 ' ' T ' ' -34.670 | T
54 Y | * * | ' ' Y ' ' -34.670 | Y
55 T | * * | ' ' T ' ' -34.670 | T
56 G | ' | ' ' ' ' |
57 E | ' | ' ' ' ' |
58 P | ' | ' ' ' ' |
59 T | ' | ' ' ' ' |
60 Y | ' | ' ' ' ' |
61 A | ' | ' ' ' ' |
62 A | ' | ' ' ' ' |
63 D | ' | ' ' ' ' |
64 F | ' | ' ' ' ' |
65 K | ' | ' ' ' ' |
66 R | * ' | 22.924 ' ' ' ' |
67 R | * ' | 21.422 ' ' ' ' |
68 F | * * | 23.362 ' ' ' ' -41.901 | F
69 T | * * | 22.826 ' ' ' ' -41.901 | T
70 F | * * | 23.726 ' ' ' ' -41.901 | F
71 S | * * | 21.72 ' ' ' ' -41.901 | S
72 L | * * | 21.72 ' ' ' ' -41.901 | L
73 D | * ' | ' ' ' ' -41.901 |
74 T | ' | ' ' ' ' |
75 S | ' | ' ' ' ' |
76 K | ' | ' ' ' ' |
77 S | ' | ' ' ' ' |
78 T | ' | ' ' ' ' |
79 A | ' | ' ' ' ' |
80 Y | ' | ' ' ' ' |
81 L | ' | ' ' ' ' |
82 Q | ' | ' ' ' ' |
83 M | ' | ' ' ' ' |
84 N | ' | ' ' ' ' |
85 S | ' | ' ' ' ' |
86 L | ' | ' ' ' ' |
87 R | ' | ' ' ' ' |
88 A | ' | ' ' ' ' |
89 E | ' | ' ' ' ' |
90 D | ' | ' ' ' ' |
91 T | * * | ' ' T ' ' -58.229 | T
92 A | * * * | 21.498 ' ' A ' ' -66.262 | A
93 V | * * * | 23.254 ' ' V ' ' -53.596 | V
94 Y | * * * | 24.07 ' ' Y ' ' -43.064 | Y
95 Y | * * * | 24.07 ' ' Y ' ' -43.064 | Y
96 C | * * * | 22.804 ' ' C ' ' -43.064 | C
97 A | * * | 22.804 ' ' ' ' -43.064 | A
98 K | * ' | ' ' ' ' -43.064 |
99 Y | * ' | ' ' ' ' -33.986 |
100 P | * ' | ' ' ' ' -33.986 |
101 H | * ' | ' ' ' ' -33.986 |
102 Y | * ' | ' ' ' ' -33.986 |
103 Y | * ' | ' ' ' ' -33.986 |
104 G | * ' | ' ' ' ' -33.986 |
105 S | * ' | ' ' ' ' -37.098 |
106 S | * ' | ' ' ' ' -43.801 |
107 H | * * | 22.608 ' ' ' ' -46.027 | H
108 W | * * | 24.422 ' ' ' ' -66.490 | W
109 Y | * * | 24.23 ' ' ' ' -66.490 | Y
110 F | * * | 24.712 ' ' ' ' -66.490 | F
111 D | * * | 24.712 ' ' ' ' -66.490 | D
112 V | * * | 22.914 ' ' ' ' -66.490 | V
113 W | * ' | ' ' ' ' -66.490 |
114 G | ' | ' ' ' ' |
115 Q | ' | ' ' ' ' |
116 G | * ' | ' ' ' ' -37.247 |
117 T | * * | ' ' ' 5.20 ' -50.734 | T
118 L | * * | ' ' ' 6.26 ' -36.992 | L
119 V | * * | ' ' ' 6.26 ' -35.439 | V
120 T | * * | ' ' ' 6.26 ' -35.439 | T
121 V | * * | ' ' ' 6.26 ' -35.439 | V
122 S | * ' | ' ' ' ' -35.439 |
123 S | * ' | ' ' ' ' -35.439 |
124 A | * ' | ' ' ' ' -35.439 |
125 S | ' | ' ' ' ' |
126 T | ' | ' ' ' ' |
127 K | ' | ' ' ' ' |
128 G | ' | ' ' ' ' |
129 P | ' | ' ' ' ' |
130 S | ' | ' ' ' ' |
131 V | ' | ' ' ' ' |
132 F | ' | ' ' ' ' |
133 P | ' | ' ' ' ' |
134 L | ' | ' ' ' ' |
135 A | ' | ' ' ' ' |
136 P | ' | ' ' ' ' |
137 S | ' | ' ' ' ' |
138 S | ' | ' ' ' ' |
139 K | ' | ' ' ' ' |
140 S | ' | ' ' ' ' |
141 T | ' | ' ' ' ' |
142 S | ' | ' ' ' ' |
143 G | ' | ' ' ' ' |
144 G | ' | ' ' ' ' |
145 T | * ' | ' ' ' ' -35.114 |
146 A | * ' | ' ' ' ' -43.835 |
147 A | * ' | ' ' ' ' -50.332 |
148 L | * ' | ' ' ' ' -52.099 |
149 G | * * | 22.44 ' ' ' ' -52.099 | G
150 C | * * | 23.256 ' ' ' ' -52.099 | C
151 L | * * | 21.694 ' ' ' ' -52.099 | L
152 V | * * | 21.736 ' ' ' ' -52.099 | V
153 K | * * | 22.172 ' ' ' ' -52.099 | K
154 D | * ' | 22.55 ' ' ' ' |
155 Y | ' | ' ' ' ' |
156 F | ' | ' ' ' ' |
157 P | ' | ' ' ' ' |
158 E | ' | ' ' ' ' |
159 P | ' | ' ' ' ' |
160 V | * ' | ' ' ' ' -46.523 |
161 T | * ' | ' ' ' ' -46.523 |
162 V | * ' | ' ' ' ' -46.523 |
163 S | * ' | ' ' ' ' -46.523 |
164 W | * ' | ' ' ' ' -46.523 |
165 N | * ' | ' ' ' ' -46.523 |
166 S | ' | ' ' ' ' |
167 G | ' | ' ' ' ' |
168 A | ' | ' ' ' ' |
169 L | ' | ' ' ' ' |
170 T | ' | ' ' ' ' |
171 S | ' | ' ' ' ' |
172 G | ' | ' ' ' ' |
173 V | ' | ' ' ' ' |
174 H | ' | ' ' ' ' |
175 T | ' | ' ' ' ' |
176 F | ' | ' ' ' ' |
177 P | ' | ' ' ' ' |
178 A | ' | ' ' ' ' |
179 V | ' | ' ' ' ' |
180 L | ' | ' ' ' ' |
181 Q | ' | ' ' ' ' |
182 S | ' | ' ' ' ' |
183 S | ' | ' ' ' ' |
184 G | ' | ' ' ' ' |
185 L | ' | ' ' ' ' |
186 Y | ' | ' ' ' ' |
187 S | ' | ' ' ' ' |
188 L | * ' | ' ' ' ' -33.094 |
189 S | * ' | ' ' ' ' -34.972 |
190 S | * ' | ' ' ' ' -38.526 |
191 V | * ' | ' ' ' ' -30.841 |
192 V | * ' | ' ' ' ' -30.841 |
193 T | * ' | ' ' ' ' -30.841 |
194 V | * ' | ' ' ' ' -30.841 |
195 P | * ' | ' ' ' ' -30.841 |
196 S | * ' | ' ' ' ' -30.841 |
197 S | ' | ' ' ' ' |
198 S | ' | ' ' ' ' |
199 L | ' | ' ' ' ' |
200 G | * ' | ' ' G ' ' |
201 T | * ' | ' ' T ' ' |
202 Q | * * | ' ' Q ' ' -28.722 | Q
203 T | * * * | 22.228 ' ' T ' ' -50.851 | T
204 Y | * * * | 23.044 ' ' Y ' ' -69.558 | Y
205 I | * * * | 22.92 ' ' I ' ' -69.558 | I
206 C | * * | 23.748 ' ' ' ' -69.558 | C
207 N | * * | 22.228 ' ' ' ' -69.558 | N
208 V | * ' | ' ' ' ' -69.558 |
209 N | * ' | ' ' ' ' -69.558 |
210 H | ' | ' ' ' ' |
211 K | ' | ' ' ' ' |
212 P | ' | ' ' ' ' |
213 S | ' | ' ' ' ' |
214 N | ' | ' ' ' ' |
215 T | ' | ' ' ' ' |
216 K | ' | ' ' ' ' |
217 V | ' | ' ' ' ' |
218 D | ' | ' ' ' ' |
219 K | ' | ' ' ' ' |
220 K | ' | ' ' ' ' |
221 V | ' | ' ' ' ' |
222 E | ' | ' ' ' ' |
223 P | ' | ' ' ' ' |
224 K | ' | ' ' ' ' |
225 S | ' | ' ' ' ' |
226 C | ' | ' ' ' ' |
227 D | ' | ' ' ' ' |
228 K | ' | ' ' ' ' |
229 T | ' | ' ' ' ' |
230 H | * ' | ' ' ' ' -35.198 |
231 T | * ' | ' ' ' ' -35.198 |
232 C | * ' | ' ' ' ' -35.198 |
233 P | * ' | ' ' ' ' -35.198 |
234 P | * ' | ' ' ' ' -35.198 |
235 C | * ' | ' ' ' ' -35.198 |
236 P | ' | ' ' ' ' |
237 A | ' | ' ' ' ' |
238 P | ' | ' ' ' ' |
239 E | ' | ' ' ' ' |
240 L | ' | ' ' ' ' |
241 L | ' | ' ' ' ' |
242 G | ' | ' ' ' ' |
243 G | ' | ' ' ' ' |
244 P | ' | ' ' ' ' |
245 S | * ' | ' ' ' ' -53.203 |
246 V | * ' | ' ' ' ' -44.467 |
247 F | * ' | ' ' ' ' -44.467 |
248 L | * ' | ' ' ' ' -44.467 |
249 F | * ' | ' ' ' ' -44.467 |
250 P | * ' | ' ' ' ' -44.467 |
251 P | * ' | ' ' ' ' -44.467 |
252 K | ' | ' ' ' ' |
253 P | ' | ' ' ' ' |
254 K | ' | ' ' ' ' |
255 D | ' | ' ' ' ' |
256 T | * ' | ' ' ' ' -28.330 |
257 L | * ' | ' ' ' ' -28.330 |
258 M | * ' | ' ' ' ' -28.330 |
259 I | * ' | ' ' ' ' -28.330 |
260 S | * ' | ' ' ' ' -28.330 |
261 R | * ' | ' ' ' ' -28.330 |
262 T | ' | ' ' ' ' |
263 P | ' | ' ' ' ' |
264 E | ' | ' ' ' ' |
265 V | * * | ' ' ' 5.92 ' -105.39 | V
266 T | * * * | 21.886 ' ' ' 6.37 ' -64.503 | T
267 C | * * * | 23.21 ' ' ' 6.37 ' -65.442 | C
268 V | * * * | 23.21 ' ' ' 6.37 ' -60.896 | V
269 V | * * * | 22.706 ' ' ' 6.37 ' -60.896 | V
270 V | * * * | 22.718 ' ' ' 5.92 ' -60.896 | V
271 D | * * | 21.578 ' ' ' ' -60.896 | D
272 V | * ' | ' ' ' ' -60.896 |
273 S | * ' | ' ' ' ' -60.896 |
274 H | ' | ' ' ' ' |
275 E | ' | ' ' ' ' |
276 D | ' | ' ' ' ' |
277 P | ' | ' ' ' ' |
278 E | ' | ' ' ' ' |
279 V | * ' | ' ' ' ' -28.634 |
280 K | * * * | ' a~b ' K ' ' -28.634 | K
281 F | * * * * * | 23.258 ' a~b ' F ' 9.16 ' -51.156 | F
282 N | * * * * * | 23.682 ' a~b ' N ' 9.16 ' -51.156 | N
283 W | * * * * | 24.948 ' ' W ' 9.16 ' -32.040 | W
284 Y | * * * * | 22.942 ' ' Y ' 9.16 ' -32.040 | Y
285 V | * * * * | 22.664 ' ' V ' 9.16 ' -32.040 | V
286 D | * * | 21.768 ' ' ' ' -32.040 | D
287 G | * ' | ' ' ' ' -32.040 |
288 V | * ' | ' ' ' ' -32.040 |
289 E | ' | ' ' ' ' |
290 V | ' | ' ' ' ' |
291 H | ' | ' ' ' ' |
292 N | ' | ' ' ' ' |
293 A | ' | ' ' ' ' |
294 K | ' | ' ' ' ' |
295 T | ' | ' ' ' ' |
296 K | ' | ' ' ' ' |
297 P | ' | ' ' ' ' |
298 R | ' | ' ' ' ' |
299 E | ' | ' ' ' ' |
300 E | ' | ' ' ' ' |
301 Q | ' | ' ' ' ' |
302 Y | ' | ' ' ' ' |
303 N | ' | ' ' ' ' |
304 S | ' | ' ' ' ' |
305 T | ' | ' ' ' ' |
306 Y | * * | 21.902 ' ' ' ' -29.761 | Y
307 R | * * | 23.042 ' ' ' ' -35.906 | R
308 V | * * * | 22.73 ' ' ' 70.03 ' -54.012 | V
309 V | * * * | 22.306 ' ' ' 75.65 ' -58.982 | V
310 S | * * * | 23.206 ' ' ' 77.07 ' -46.255 | S
311 V | * * * | 22.378 ' ' ' 86.67 ' -60.641 | V
312 L | * * * | 22.378 ' ' ' 86.67 ' -42.053 | L
313 T | * * * | 23.814 ' ' ' 85.30 ' -42.053 | T
314 V | * * * | 23.332 ' ' ' 84.42 ' -42.053 | V
315 L | * * * | 22.064 ' ' ' 73.46 ' -42.053 | L
316 H | * * | 21.56 ' ' ' ' -42.053 | H
317 Q | * * | 22.456 ' ' ' ' -42.053 | Q
318 D | * ' | 22.456 ' ' ' ' |
319 W | * ' | 21.842 ' ' ' ' |
320 L | * ' | 21.44 ' ' ' ' |
321 N | * ' | 21.506 ' ' ' ' |
322 G | ' | ' ' ' ' |
323 K | ' | ' ' ' ' |
324 E | ' | ' ' ' ' |
325 Y | ' | ' ' ' ' |
326 K | ' | ' ' ' ' |
327 C | ' | ' ' ' ' |
328 K | ' | ' ' ' ' |
329 V | ' | ' ' ' ' |
330 S | ' | ' ' ' ' |
331 N | ' | ' ' ' ' |
332 K | ' | ' ' ' ' |
333 A | ' | ' ' ' ' |
334 L | ' | ' ' ' ' |
335 P | ' | ' ' ' ' |
336 A | ' | ' ' ' ' |
337 P | ' | ' ' ' ' |
338 I | ' | ' ' ' ' |
339 E | ' | ' ' ' ' |
340 K | ' | ' ' ' ' |
341 T | ' | ' ' ' ' |
342 I | ' | ' ' ' ' |
343 S | ' | ' ' ' ' |
344 K | ' | ' ' ' ' |
345 A | ' | ' ' ' ' |
346 K | ' | ' ' ' ' |
347 G | ' | ' ' ' ' |
348 Q | ' | ' ' ' ' |
349 P | ' | ' ' ' ' |
350 R | ' | ' ' ' ' |
351 E | ' | ' ' ' ' |
352 P | ' | ' ' ' ' |
353 Q | ' | ' ' ' ' |
354 V | ' | ' ' ' ' |
355 Y | ' | ' ' ' ' |
356 T | ' | ' ' ' ' |
357 L | ' | ' ' ' ' |
358 P | ' | ' ' ' ' |
359 P | ' | ' ' ' ' |
360 S | ' | ' ' ' ' |
361 R | ' | ' ' ' ' |
362 E | ' | ' ' ' ' |
363 E | ' | ' ' ' ' |
364 M | ' | ' ' ' ' |
365 T | ' | ' ' ' ' |
366 K | ' | ' ' ' ' |
367 N | ' | ' ' ' ' |
368 Q | ' | ' ' ' ' |
369 V | * ' | ' ' ' ' -56.974 |
370 S | * * | 21.406 ' ' ' ' -43.226 | S
371 L | * * | 22.366 ' ' ' ' -61.709 | L
372 T | * * | 22.662 ' ' ' ' -61.709 | T
373 C | * * | 23.802 ' ' ' ' -33.112 | C
374 L | * * | 22.24 ' ' ' ' -33.112 | L
375 V | * * | 21.694 ' ' ' ' -33.112 | V
376 K | * * | 22.38 ' ' ' ' -33.112 | K
377 G | * * | 22.508 ' ' ' ' -33.112 | G
378 F | * ' | ' ' ' ' -33.112 |
379 Y | ' | ' ' ' ' |
380 P | ' | ' ' ' ' |
381 S | ' | ' ' ' ' |
382 D | ' | ' ' ' ' |
383 I | ' | ' ' ' ' |
384 A | ' | ' ' ' ' |
385 V | ' | ' ' ' ' |
386 E | ' | ' ' ' ' |
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388 E | ' | ' ' ' ' |
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390 N | ' | ' ' ' ' |
391 G | ' | ' ' ' ' |
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393 P | ' | ' ' ' ' |
394 E | ' | ' ' ' ' |
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396 N | ' | ' ' ' ' |
397 Y | ' | ' ' ' ' |
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